PDB-9ddy: The Crystal Structure of Geranyltranstransferase from Streptococc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ddy

タイトル

The Crystal Structure of Geranyltranstransferase from Streptococcus pneumoniae TIGR4

要素

Geranyltranstransferase

キーワード

TRANSFERASE / ISOPRENOID SYNTHASE / CSBID / STRUCTURAL GENOMICS / Center for Structural Biology of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tan, A. / Endres, M. / Tan, K. / Joachimik, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Geranyltranstransferase from Streptococcus pneumoniae TIGR4
著者: Kim, Y. / Tan, A. / Endres, M. / Tan, K. / Joachimik, A.

履歴

登録	2024年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ddy.cif.gz	268.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ddy.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ddy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ddy_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ddy_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	9ddy_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	9ddy_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/9ddy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/9ddy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Geranyltranstransferase

B: Geranyltranstransferase

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.643, 101.496, 119.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Geranyltranstransferase / Geranylgeranyl diphosphate synthase 分子量: 32172.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: ispA, SP_1205 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: A0A0H2UQ53
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS, 25%w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 28000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 43.15 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 0.535 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.909 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 1383 / CC_1/2: 0.57 / CC star: 0.852 / R_pim(I) all: 0.436 / R_rim(I) all: 1.011 / Χ²: 0.362 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→46.73 Å / SU ML: 0.2927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.2538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	1307	4.68 %
R_work	0.2092	26627	-
obs	0.2113	27934	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→46.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4255	0	6	49	4310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	4328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4444	5853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5315	1606

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.41	0.3459	117	0.2842	2724	X-RAY DIFFRACTION	92.09
2.41-2.52	0.3149	163	0.2724	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.52-2.65	0.3177	140	0.2579	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.3048	142	0.2444	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.03	0.2943	147	0.2537	2976	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.03-3.34	0.2797	150	0.2428	2960	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.34-3.82	0.2603	147	0.208	2985	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.82-4.81	0.222	147	0.168	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.82-46.73	0.198	154	0.1756	3152	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.80398885564	-2.71960877147	-1.18774771733	3.89499382363	1.54344887939	1.88281743955	0.18272375802	0.5868684346	-0.490641808223	-0.456818206754	-0.291550217258	0.522849175124	0.266595401382	-0.334253542386	0.121709198285	0.425901515745	-0.0850264960003	-0.103987280733	0.518746592563	-0.0785944273986	0.436546265464	9.55193931384	3.39041564899	13.3555515006
2	2.70315147865	-2.91668594954	-0.796685151109	7.83637780016	0.980019808133	1.97713262001	-0.0422985165024	0.297729821309	-0.302524520421	-0.236402001123	-0.0436557896762	0.292758777514	0.301682417492	-0.368543622223	0.0853841219109	0.302801476202	-0.0776231385677	-0.00999638256116	0.333097882043	-0.0671476425511	0.310384397939	21.1957063707	1.30127105182	15.8010452289
3	6.98232900416	2.80682027033	1.40030774784	1.44534479489	1.29267004903	5.926224934	0.0741917578859	1.16478772207	0.20070255814	-0.395761056712	-0.074953121543	0.133418062753	-0.152470766261	-0.116342074022	0.0232996168405	0.579496573422	0.175137747317	-0.0591764826924	0.797077425285	0.0781251620364	0.34867432135	13.650657601	20.7497342939	6.33534242787
4	2.90436403719	-0.730202117539	0.380450171888	2.86145526178	0.311449220392	1.90455268729	0.0289751355312	0.162201486033	-0.107064524507	-0.0224682177916	0.020544887018	-0.033542802791	0.0506841025258	-0.0815983442243	-0.0446282142801	0.241006510951	-0.0162551362817	0.0116148930153	0.270643453443	0.0181392350051	0.241598086736	20.6176318519	11.5254797362	23.8277046361
5	4.06504073551	1.79752686749	-1.06305501445	5.47214870675	0.486247307697	2.22502505282	0.0389798104381	0.581042430666	0.84952177612	-0.727994950662	-0.178283573899	-0.688333659364	-1.04569956592	0.374719421697	-0.259114874738	0.612932769381	0.0109886572946	0.159089811051	0.567796128444	0.151327259866	0.660069857614	36.4991189233	22.186479076	12.3846739685
6	4.73746695175	0.542969925693	-0.679191766016	5.21442533581	0.420228236259	3.61148248587	0.139517439571	0.902891452126	-0.0978632840802	-0.543858991879	-0.0389929874066	-0.274696213823	0.0366878328687	0.241150942985	0.0127671972043	0.479202594666	0.0476731383143	0.0268841474119	0.523789874466	-0.0535126453799	0.406131485235	36.3502569504	4.098926996	10.4626108143
7	4.30532379707	0.890387961194	-1.13235313964	3.75144116558	-3.28704535993	6.21902096624	0.346220708356	-1.01981727897	0.551253953603	0.729883653197	-0.229713102011	0.187563897439	-1.18767204095	0.732628644793	-0.0470414532091	0.44403747446	-0.107148200854	0.00849530180099	0.441039779752	-0.0805049858697	0.409848223261	26.3490604612	24.8175018756	37.1724125432
8	3.88004048831	-0.2353456484	-0.362866349284	2.87283818651	-1.09840444036	2.79812847845	0.0935056319728	-0.471509491558	0.269505514661	0.220312922416	0.088554635387	0.0307053844408	-0.45481917595	0.103513237911	-0.150038781359	0.310587946426	-0.00164686415968	0.0541087844859	0.318846430476	0.00307639705149	0.2860342347	15.9040143425	19.8303832446	41.5832452227
9	2.88277525587	-2.12833943241	-0.534993897155	4.3851417629	-0.57296692477	0.70783244172	0.173225978072	0.137324395265	0.38325541996	-0.161521728235	-0.0708675865092	-0.0657785724246	-0.263396547998	-0.151359506592	-0.081897022784	0.390675211593	-0.00381909387454	0.0207749663601	0.283900326794	0.00618403077697	0.396781368418	17.1680028961	28.1718863622	25.8677656653
10	4.47186039398	-1.38752332367	0.594827267977	1.82569475579	-0.250803195864	2.82978313847	-0.236737881393	-0.333259741998	0.262335993477	0.220636436421	0.057115227587	0.0466362957681	-0.147913625675	-0.445958176407	0.186767941912	0.347497422626	-0.0326213452338	0.00752296641269	0.368039892237	0.0180560015032	0.379592701733	2.05611871598	18.8681365894	40.3454335352

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 37 )	A	A	-2 - 37	1 - 40
2	2	chain 'A' and (resid 38 through 80 )	A	A	38 - 80	41 - 83
3	3	chain 'A' and (resid 81 through 102 )	A	A	81 - 102	84 - 105
4	4	chain 'A' and (resid 103 through 156 )	A	A	103 - 156	106 - 159
5	5	chain 'A' and (resid 157 through 175 )	A	A	157 - 175	160 - 178
6	6	chain 'A' and (resid 176 through 290 )	A	A	176 - 290	179 - 280
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 36 )	B	C	1 - 36	1 - 36
8	8	chain 'B' and (resid 37 through 81 )	B	C	37 - 81	37 - 81
9	9	chain 'B' and (resid 82 through 122 )	B	C	82 - 122	82 - 122
10	10	chain 'B' and (resid 123 through 290 )	B	C	123 - 290	123 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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