[日本語] English
万見
- PDB-9ddv: Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in the apo closed state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ddv
タイトルCryo-EM structure of the human P2X2 receptor in the apo closed state
要素P2X purinoceptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / Ligand-gated Ion Channel / P2X Receptor / P2XR
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of hypoxic conditions in blood by carotid body chemoreceptor signaling / Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / ligand-gated monoatomic ion channel activity ...detection of hypoxic conditions in blood by carotid body chemoreceptor signaling / Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / ligand-gated monoatomic ion channel activity / response to ATP / neuromuscular junction development / behavioral response to pain / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / neuronal dense core vesicle / skeletal muscle fiber development / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to ischemia / sensory perception of sound / calcium ion transmembrane transport / sensory perception of taste / response to hypoxia / receptor complex / postsynapse / apical plasma membrane / neuronal cell body / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X2 purinoceptor / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P2X purinoceptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Westermann, F.G. / Oken, A.C. / Muller, C.E. / Mansoor, S.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R00HL138129 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM149551 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Subtype-specific structural features of the hearing loss-associated human P2X2 receptor.
著者: Franka G Westermann / Adam C Oken / Philip K E Granith / Parthiban Marimuthu / Christa E Müller / Steven E Mansoor /
要旨: The P2X2 receptor (P2X2R) is a slowly desensitizing adenosine triphosphate (ATP)-gated ion channel that is highly expressed in the cochlea. When mutated, the P2X2R exacerbates age- and noise-related ...The P2X2 receptor (P2X2R) is a slowly desensitizing adenosine triphosphate (ATP)-gated ion channel that is highly expressed in the cochlea. When mutated, the P2X2R exacerbates age- and noise-related hearing loss, but selective modulators of the receptor are lacking, and the molecular basis of activation and desensitization remains poorly understood. Here, we determine high-resolution cryoelectron microscopy structures of the full-length wild-type human P2X2R in an apo closed state and two distinct ATP-bound desensitized states. In the apo closed state structure, we observe features unique to the P2X2R and locate disease mutations within or near the transmembrane domain. In addition, our ATP-bound structures show how free anionic ATP forms subtype-specific interactions with the orthosteric binding site. We identify and characterize two different ATP-bound desensitized state structures, one similar to published models for other P2XR subtypes, and a second alternate conformation not previously observed. A loop adjacent to the orthosteric binding site between these two ATP-bound desensitized state structures undergoes significant conformational changes. These movements are supported by multireplicate, microsecond-scale molecular dynamics simulation studies and suggest a path by which ATP could enter or leave the orthosteric pocket. Together, our results provide structural insights into the P2X2R, facilitating structure-based drug development for this therapeutically important target.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 2
B: P2X purinoceptor 2
C: P2X purinoceptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,7729
ポリマ－155,4453
非ポリマー1,3276
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 2 / P2X2 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 51814.996 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX2, P2X2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBL9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Homotrimeric hP2X2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 GNTI-
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
実像数: 33324
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231214 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0057881
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69510719
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8342790
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051227
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061347

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る