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万見
- PDB-9ddt: AAGAB pseudoGTPase domain in complex with AP-1 clathrin adaptor c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ddt
タイトルAAGAB pseudoGTPase domain in complex with AP-1 clathrin adaptor complex sigma 3 subunit
要素
  • AP-1 complex subunit sigma-3
  • Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
キーワードPROTEIN BINDING / Adaptin / Membrane trafficking / PROTEIN-protein interaction / pseudoGTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


AP-1 adaptor complex / platelet dense granule organization / melanosome assembly / clathrin adaptor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein targeting / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / MHC class II antigen presentation ...AP-1 adaptor complex / platelet dense granule organization / melanosome assembly / clathrin adaptor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein targeting / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / MHC class II antigen presentation / cytoplasmic vesicle membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / protein transport / early endosome / nuclear speck / Golgi membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/gamma-adaptin-binding protein p34 / Alpha and gamma adaptin binding protein p34 / AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Longin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34 / AP-1 complex subunit sigma-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Wang, B. / Tian, Y. / Yin, Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138685 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A pseudoGTPase mediates chaperone-substrate interaction in membrane trafficking complex assembly
著者: Wang, B. / Tian, Y. / Yin, Q.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
B: AP-1 complex subunit sigma-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9812
ポリマ－37,9812
非ポリマー00
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.294, 61.608, 92.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34


分子量: 19675.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAGAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PD74
#2: タンパク質 AP-1 complex subunit sigma-3 / Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C / Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C ...Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C / Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C / Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1C small chain / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1C subunit / Sigma 1C subunit of AP-1 clathrin / Sigma-adaptin 1C / Sigma1C-adaptin


分子量: 18305.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP1S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96PC3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→46.43 Å / Num. obs: 33173 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07416 / Rpim(I) all: 0.02136 / Rrim(I) all: 0.07728 / Net I/σ(I): 18.51
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.8291 / Num. unique obs: 3112 / CC1/2: 0.872

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→46.43 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 2000 6.01 %
Rwork0.1825 --
obs0.1843 33173 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2329 0 0 323 2652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.718309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.720.24671220.22911912X-RAY DIFFRACTION86
1.72-1.760.23921410.21812186X-RAY DIFFRACTION98
1.76-1.820.24321410.2172220X-RAY DIFFRACTION99
1.82-1.870.23761430.2072231X-RAY DIFFRACTION99
1.87-1.940.24621430.19872233X-RAY DIFFRACTION99
1.94-2.020.2521430.19792236X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.110.2031430.18632250X-RAY DIFFRACTION99
2.11-2.220.22891410.18012203X-RAY DIFFRACTION99
2.22-2.360.1861440.18262254X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.24951460.20152262X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.22871460.19742291X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.20.21821440.18692238X-RAY DIFFRACTION98
3.2-4.040.17881480.16472317X-RAY DIFFRACTION100
4.04-46.430.20171550.16892426X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.528 Å / Origin y: 23.1299 Å / Origin z: 28.6707 Å
111213212223313233
T0.1704 Å20.0141 Å2-0.0286 Å2-0.1479 Å20.0069 Å2--0.166 Å2
L0.9962 °2-0.0867 °2-0.4769 °2-0.6324 °20.2813 °2--0.9306 °2
S-0.0153 Å °0.0152 Å °-0.0907 Å °-0.0254 Å °-0.0149 Å °0.0465 Å °0.0596 Å °-0.0089 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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