PDB-9ddc: Cryo-EM structure of gB-Ecto.516P, an HSV-1 glycoprotein B extrac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ddc

タイトル

Cryo-EM structure of gB-Ecto.516P, an HSV-1 glycoprotein B extracellular domain

要素

Glycoprotein B

キーワード

VIRAL PROTEIN / herpes fusogen / trimer / postfusion

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endosome / host cell Golgi apparatus / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Roark, R.S. / Lawrence, L. / Kwong, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Prefusion structure and neutralization of HSV-1 glycoprotein B
著者: Roark, R.S. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ddc.cif.gz	374 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ddc.ent.gz	302.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ddc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ddc_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ddc_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9ddc_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	9ddc_validation.cif.gz	84.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/9ddc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/9ddc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46765MC 46758C 46759C 46760C 46762C 9dd6C 9dd7C 9dd8C 9ddaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoprotein B

B: Glycoprotein B

C: Glycoprotein B

ヘテロ分子

274 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

Glycoprotein B

分子量: 90304.141 Da / 分子数: 3 / 断片: HSV-1 gB ectodomain / 変異: H516P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL27, HHV1gp041 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1Z0P7

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: HSV-1 gB trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 58 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120000 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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