PDB-9dcz: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dcz

タイトル

Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 in complex state TH with methylated lysines, crystal #1

要素

Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T

キーワード

DE NOVO PROTEIN / design model / Effector / kinetics and dynamics / Protein-protein interactions

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bera, A.K. / Broerman, A. / Baker, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of facilitated dissociation enables temporal control over cytokine signaling
著者: Broerman, P. / Bera, A.K. / Baker, D.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dcz.cif.gz	373.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dcz.ent.gz	263.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dcz_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dcz_full_validation.pdf.gz	496.1 KB	表示
XML形式データ	9dcz_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	9dcz_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/9dcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/9dcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dcxC 9dcyC 9dd0C 9dd1C 9dd2C 9dd3C 9dd4C 9dd5C 9olqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H

B: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T

C: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H

D: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T

ヘテロ分子

88.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H

B: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H

D: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.710, 80.710, 546.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H 分子量: 29283.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T 分子量: 14768.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M Sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月5日詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→34.75 Å / Num. obs: 44094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 31.4 % / B_iso Wilson estimate: 66.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.369 / R_pim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.9→2.94 Å / 冗長度: 34.2 % / R_merge(I) obs: 2.128 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3898 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.369 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→34.75 Å / SU ML: 0.4261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.0221
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	3534	8.01 %
R_work	0.2094	40560	-
obs	0.213	44094	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6010	0	8	7	6025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5086	8141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0362	967
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.3459	2330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.94	0.458	144	0.3779	1626	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.94-2.98	0.3711	149	0.3266	1652	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.98-3.03	0.4189	140	0.3275	1581	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.03-3.07	0.3126	135	0.3238	1617	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.07-3.12	0.3705	141	0.3057	1645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.18	0.3402	134	0.2736	1626	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.18-3.24	0.3197	153	0.2683	1658	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.24-3.3	0.3014	137	0.264	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.36	0.3206	139	0.2682	1665	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.36-3.44	0.3235	142	0.2566	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.52	0.3013	142	0.2203	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.61	0.2896	141	0.2229	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.61-3.7	0.2781	145	0.2041	1631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.81	0.2389	147	0.2061	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.81-3.93	0.2066	134	0.1937	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.08	0.2897	147	0.1841	1630	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.08-4.24	0.2195	140	0.1756	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.43	0.1899	141	0.1626	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-4.66	0.2407	141	0.1627	1631	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.66-4.95	0.2068	143	0.1628	1628	X-RAY DIFFRACTION	99.77
4.96-5.34	0.248	148	0.1855	1622	X-RAY DIFFRACTION	99.61
5.34-5.87	0.2457	141	0.2198	1601	X-RAY DIFFRACTION	99.77
5.87-6.71	0.2286	142	0.249	1633	X-RAY DIFFRACTION	99.72
6.72-8.44	0.2136	131	0.1894	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.94
8.45-34.75	0.1883	137	0.1581	1609	X-RAY DIFFRACTION	98.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.63988280807	0.129684443483	0.244282216664	1.20263371042	-0.0803078959719	1.90176799838	0.247762717072	-0.0398693849481	-0.147859170478	-0.132601992975	-0.180497976815	-0.0277214574285	0.396655492989	0.159012658236	-0.0563513526696	0.81822263424	0.054638845679	-0.0116748947946	0.303523467189	-0.00480775466989	0.407899164441	34.4661971178	-23.8351760964	10.2429587253
2	3.68755564029	0.887094606847	1.36840086147	6.64276695084	1.2378898735	7.22004618288	-0.087051843542	-0.161946446103	0.0421298931146	-0.0853091059295	-0.10021484102	-0.138585646776	0.348961799956	-0.325229792272	0.184811222277	0.509242517788	0.111374202512	0.0341613488503	0.263430652769	0.0370513506373	0.393502672448	23.1204512623	-4.0382807513	24.5795063243
3	4.09026206508	0.203513121034	-0.0696727091009	0.931476993279	-0.0733085172266	3.89070758068	0.202182321113	0.145486406846	0.368269332629	-0.0377830825724	-0.0880909986548	-0.221480016346	-0.987839047078	0.0722938099653	-0.114915768232	0.928901217174	0.159808524297	0.0981575603067	0.349539539476	-0.0405786324246	0.593833854681	60.5935317042	-31.4051626676	38.4927682008
4	4.59677507538	-0.853270761688	-1.29418695683	3.5235409808	0.184127644281	6.341734233	-0.227167907869	-0.154314276882	0.0417685156849	-0.289091052799	0.0754212047049	-0.146510210941	-0.0874383509298	-0.330528369162	0.143337344627	0.575214997461	0.0834993475455	0.0796301360293	0.218914281341	-0.0163781339372	0.415496857434	59.4316783358	-53.564236695	20.5574949788

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resseq 3:257)	A	A	3 - 257	1 - 255
2	2	(chain C and resseq 257:381)	C	B	257 - 381	1 - 125
3	3	(chain E and resseq 3:257)	E	D	3 - 257	1 - 255
4	4	(chain F and resseq 258:381)	F	E	258 - 381	1 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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