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万見
- PDB-9dcy: Crystal Structure of Designed allosteric facilitated dissociation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dcy
タイトルCrystal Structure of Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 in complex state HE
要素
  • Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E
  • Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
キーワードDE NOVO PROTEIN / design model / Effector / kinetics and dynamics / Protein-protein interactions
機能・相同性S-1,2-PROPANEDIOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bera, A.K. / Broerman, A. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of facilitated dissociation enables temporal control over cytokine signaling
著者: Broerman, A. / Bera, A.K. / Baker, D.
履歴
登録2024年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
B: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E
C: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
D: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2026
ポリマ－63,0504
非ポリマー1522
水1,06359
1
A: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
B: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6013
ポリマ－31,5252
非ポリマー761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
C: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
D: Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6013
ポリマ－31,5252
非ポリマー761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.448, 35.983, 88.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.626, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H


分子量: 28433.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E


分子量: 3091.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2-Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol, Sodium HEPES; MOPS (acid) pH 7.5 and 40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.98 Å / Num. obs: 19956 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 2831 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.19 / % possible all: 99.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4761精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→47.98 Å / SU ML: 0.2923 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 24.8525
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1025 5.14 %
Rwork0.1936 18931 -
obs0.1961 19956 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 10 59 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00144364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.32575840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0346722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.23851730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.470.31841550.22262676X-RAY DIFFRACTION99.89
2.47-2.630.30041400.23532679X-RAY DIFFRACTION99.86
2.63-2.830.29891440.23432652X-RAY DIFFRACTION99.61
2.83-3.120.29051490.21542690X-RAY DIFFRACTION99.58
3.12-3.570.27091420.20222724X-RAY DIFFRACTION99.51
3.57-4.490.20161520.16462701X-RAY DIFFRACTION99.93
4.5-47.980.19071430.17122809X-RAY DIFFRACTION99.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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