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万見
- PDB-9dcn: Solution structure of the translation initiation factor IF-1 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dcn
タイトルSolution structure of the translation initiation factor IF-1 from Neisseria gonorrhoeae (NCCP11945). Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target NegoA.17902.a
要素Translation initiation factor IF-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein synthesis / translation initiation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / ribosome binding / rRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF-1 / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of the translation initiation factor IF-1 from Neisseria gonorrhoeae.
著者: Buchko, G.W. / van Voorhis, W.C. / Craig, J. / Myler, P.J.
履歴
登録2024年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor IF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3401
ポリマ－9,3401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer via SEC.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor IF-1


分子量: 9339.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: infA, NGO1821.1, NGO18211 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F5U8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
151isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-15N TOCSY
1111isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HNCO
172isotropic12D 1H-15N HSQC Deuterium Exchange
162isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1200 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] R20, 93% H2O/7% D2OR20_CN93% H2O/7% D2O
solution2200 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.2 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] R20, 100% D2OR20_C10100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.8 mMR20[U-98% 13C; U-98% 15N]1
200 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMTRISnatural abundance2
1 mMEDTAnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.2 mMR20[U-10% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 222 mM / Ionic strength err: 5 / Label: 1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Ascend / 製造業者: Bruker / モデル: Ascend / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSSOLVE 1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu, and Ad Baxデータ解析
精密化
手法ソフトェア番号詳細
torsion angle dynamics1
molecular dynamics2Water Refinement. STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW. Only 8 slowly exchanging amide resonances observed in the deuterium exchange experiment. Other hydrogen bonds introduced on the basis of proximity in early structure calculations (after addition of dihedral angle restraints).
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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