PDB-9dcm: Sucrose-phosphate synthase from Leishmania major

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dcm

タイトル

Sucrose-phosphate synthase from Leishmania major

要素

Sucrose-phosphate synthase-like protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycosyltransferase / mannogen synthesis / Leishmania / sucrose-phosphate synthase

機能・相同性

sucrose-phosphate synthase / sucrose-phosphate synthase activity / : / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Sucrose-phosphate synthase-like protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Gorman, M.A. / Parker, M.W. / McConville, M.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sucrose-phosphate synthase from Leishmania major
著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W. / McConville, M.J.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dcm.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dcm.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dcm_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dcm_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9dcm_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	9dcm_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/9dcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/9dcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Sucrose-phosphate synthase-like protein

C: Sucrose-phosphate synthase-like protein

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Sucrose-phosphate synthase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sucrose-phosphate synthase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	216.895, 216.895, 216.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Sucrose-phosphate synthase-like protein 分子量: 52316.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_16_0950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QES5, sucrose-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.89 % / 解説: Cubes
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 18 -22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5 and 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.11→49.76 Å / Num. obs: 59252 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 78 % / B_iso Wilson estimate: 39.05 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.346 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 3.11→3.27 Å / 冗長度: 72.6 % / R_merge(I) obs: 1.6 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 4515 / CC_1/2: 0.917 / R_pim(I) all: 0.186 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5109: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.11→49.76 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2282	3101	5.23 %
R_work	0.1762	-	-
obs	0.179	59252	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.11→49.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7321	0	52	0	7373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.033	2756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.11-3.15	0.3708	131	0.286	2402	X-RAY DIFFRACTION	95
3.16-3.21	0.3592	125	0.2604	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.26	0.307	171	0.2459	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.32	0.3139	120	0.2441	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.3211	133	0.232	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.45	0.285	137	0.223	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.53	0.2841	162	0.21	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.61	0.2382	149	0.1945	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.7	0.2221	149	0.1795	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.8	0.2819	171	0.1792	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-3.91	0.2078	136	0.1611	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.04	0.1891	131	0.1598	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.18	0.1726	136	0.1529	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.35	0.1857	130	0.1365	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.55	0.1767	137	0.1339	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-4.79	0.2128	140	0.1366	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5.09	0.1771	134	0.1409	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.48	0.2767	131	0.1636	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
5.48-6.03	0.2279	123	0.1683	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
6.03-6.9	0.2223	175	0.1812	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9-8.68	0.1706	127	0.1672	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
8.7-49.76	0.1808	153	0.1644	2526	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)