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- PDB-9dcl: [2Fe-2S] SufU from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dcl
タイトル[2Fe-2S] SufU from Mycobacterium tuberculosis
要素Possible nitrogen fixation related protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fe-S cluster biogenesis Fe-S binding
機能・相同性NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Possible nitrogen fixation related protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stuteley, S.M. / Bashiri, G.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Feedback regulation of iron-sulfur cluster biogenesis.
著者: Stuteley, S.M. / Chen, J. / Wang, J. / Dawes, S. / Baker, E.N. / Squire, C.J. / Pandelia, M.E. / Bashiri, G.
履歴
登録2024年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible nitrogen fixation related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8742
ポリマ－17,6981
非ポリマー1761
水64936
1
A: Possible nitrogen fixation related protein
ヘテロ分子

A: Possible nitrogen fixation related protein
ヘテロ分子

A: Possible nitrogen fixation related protein
ヘテロ分子

A: Possible nitrogen fixation related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4948
ポリマ－70,7914
非ポリマー7034
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.118, 100.118, 31.333
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Possible nitrogen fixation related protein


分子量: 17697.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: Rv1465 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: O53156
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% v/v PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.42 Å / Num. obs: 11785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Num. unique obs: 796 / CC1/2: 0.699 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0349精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→35.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.08 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 578 4.981 %Random
Rwork0.1786 11027 --
all0.18 ---
obs-11605 99.983 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.961 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 4 36 1150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0161020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.6351542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3971.5532366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.725146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.32107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24210175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg12.965103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.9781052
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1990.23
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0980.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0920.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2583.039587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2593.039587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1474.533732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1454.54733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0733.692552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0883.691547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8895.317808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.8945.331807
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.66242.5161222
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.71542.0941218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.0010.281430.273789X-RAY DIFFRACTION100
2.001-2.0550.282480.247784X-RAY DIFFRACTION100
2.055-2.1150.184560.236758X-RAY DIFFRACTION100
2.115-2.180.238380.214735X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.2510.239400.203713X-RAY DIFFRACTION100
2.251-2.330.256220.191713X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.4170.198370.182684X-RAY DIFFRACTION100
2.417-2.5150.211380.166630X-RAY DIFFRACTION100
2.515-2.6270.201270.182637X-RAY DIFFRACTION100
2.627-2.7540.296320.178578X-RAY DIFFRACTION100
2.754-2.9020.201370.179573X-RAY DIFFRACTION100
2.902-3.0770.208300.183525X-RAY DIFFRACTION100
3.077-3.2870.253210.177521X-RAY DIFFRACTION100
3.287-3.5480.28130.168484X-RAY DIFFRACTION100
3.548-3.8830.168310.159433X-RAY DIFFRACTION100
3.883-4.3350.124250.145390X-RAY DIFFRACTION100
4.335-4.9930.20990.128370X-RAY DIFFRACTION100
4.993-6.0850.20590.19319X-RAY DIFFRACTION100
6.085-8.4810.075110.152240X-RAY DIFFRACTION100
8.481-35.420.371110.198151X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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