PDB-9dbf: Zn-Bound Structure of a Single-Chain Tet4 Variant with an L42W Mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dbf

タイトル

Zn-Bound Structure of a Single-Chain Tet4 Variant with an L42W Mutation

要素

Tet4 Variant

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Metalloprotein / computational design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Hoffnagle, A.M. / Neeley, M.N. / Tezcan, F.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: A De Novo Designed Protein with Versatile Metal Binding and Tunable Hydrolytic Activity.
著者: Hoffnagle, A.M. / Srisantitham, S. / Neeley, M. / Tsai, C.Y. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2024年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dbf.cif.gz	167.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dbf.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dbf_validation.pdf.gz	707.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dbf_full_validation.pdf.gz	709.7 KB	表示
XML形式データ	9dbf_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	9dbf_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/9dbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/9dbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9db8C 9db9C 9dbaC 9dbbC 9dbcC 9dbdC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tet4 Variant

ヘテロ分子

39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.060, 46.110, 46.160
Angle α, β, γ (deg.)	104.456, 104.392, 104.334
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Tet4 Variant 分子量: 39110.871 Da / 分子数: 1 / 変異: L42W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG1500, 200 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.2651 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月12日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2651 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→42.18 Å / Num. obs: 10458 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 105.12 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08099 / R_pim(I) all: 0.05094 / R_rim(I) all: 0.09605 / Net I/σ(I): 9.79
反射シェル	解像度: 3.2→3.315 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.7023 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 1605 / CC_1/2: 0.761 / CC star: 0.93 / R_pim(I) all: 0.4318 / R_rim(I) all: 0.8265 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→42.18 Å / SU ML: 0.5758 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.5227
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2889	1063	10.18 %
R_work	0.2189	9384	-
obs	0.2256	10447	94.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2454	0	1	2	2457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0012	2570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3626	3489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0292	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7057	954

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.34	0.4154	124	0.358	1169	X-RAY DIFFRACTION	94.66
3.35-3.52	0.3587	134	0.3196	1192	X-RAY DIFFRACTION	95.53
3.52-3.74	0.3837	129	0.2806	1150	X-RAY DIFFRACTION	93.36
3.74-4.03	0.3398	141	0.2699	1216	X-RAY DIFFRACTION	94.24
4.03-4.44	0.2023	123	0.2258	1091	X-RAY DIFFRACTION	94.11
4.44-5.07	0.3205	142	0.2013	1251	X-RAY DIFFRACTION	93.87
5.08-6.38	0.2743	140	0.25	1140	X-RAY DIFFRACTION	95.1
6.43-42.18	0.2463	130	0.1504	1175	X-RAY DIFFRACTION	93.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.23640098836	0.387053384472	-1.26081550545	9.16716565689	-1.23476501345	7.56092429918	0.525228638434	-0.591826141886	-1.52315190291	0.987121592875	-0.707516690936	0.393278163285	-0.247846207783	0.157801820202	0.118126905872	0.918987125223	0.0211182809537	0.140072084289	1.05964264597	0.152444507553	0.95965437923	-12.7806898271	-3.67904675437	4.88189812823
2	4.7236251397	-0.714156516971	-1.41699324465	8.93377761053	-1.51204465126	9.6463002223	-0.717827758891	0.384999873569	1.05628555066	0.703077314025	0.662069325932	-0.364965438952	-0.753817657523	-1.23935509794	0.14554908732	1.0440572991	0.0918445931287	0.0579447706832	0.79640925019	0.170977060041	1.0349566695	-0.526548442066	10.1615638221	-10.2764293636
3	7.95552138019	-3.55190728696	-1.01678809293	6.62684789757	1.47773447476	3.71192314254	0.524529269315	-0.828760439394	0.458983342938	-0.871194350146	0.145403611615	-1.01598236546	0.254815589183	0.670980116988	-0.341984395259	0.823675426154	0.0271114812858	0.00408758793085	1.00403537457	0.145602777916	1.07208257353	7.59021121361	-8.28763891859	-0.557158422923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 283 through 370 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 282 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)