PDB-9dbd: Zn-Bound Structure of a Single-Chain Tet4 Variant with an H38E Mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dbd

タイトル

Zn-Bound Structure of a Single-Chain Tet4 Variant with an H38E Mutation

要素

Tet4 Variant

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Metalloprotein / computational design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hoffnagle, A.M. / Neeley, M.N. / Tezcan, F.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: A De Novo Designed Protein with Versatile Metal Binding and Tunable Hydrolytic Activity.
著者: Hoffnagle, A.M. / Srisantitham, S. / Neeley, M. / Tsai, C.Y. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2024年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dbd.cif.gz	158.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dbd.ent.gz	110.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dbd_validation.pdf.gz	839.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dbd_full_validation.pdf.gz	842.6 KB	表示
XML形式データ	9dbd_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	9dbd_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/9dbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/9dbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9db8C 9db9C 9dbaC 9dbbC 9dbcC 9dbfC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tet4 Variant

ヘテロ分子

39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.040, 46.040, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)	104.250, 104.339, 104.167
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Tet4 Variant 分子量: 39028.785 Da / 分子数: 1 / 変異: H38E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 1500, 200 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→42.22 Å / Num. obs: 18980 / % possible obs: 95.08 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 61.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05211 / R_pim(I) all: 0.03422 / R_rim(I) all: 0.06271 / Net I/σ(I): 14.14
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.5293 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 2992 / CC_1/2: 0.709 / CC star: 0.911 / R_pim(I) all: 0.3662 / R_rim(I) all: 0.6483 / % possible all: 94.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→42.22 Å / SU ML: 0.5377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 37.2192
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3111	1893	9.97 %
R_work	0.2376	17087	-
obs	0.2449	18980	91.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2471	0	1	28	2500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	2536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4929	3431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0314	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.4472	934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.67	0.4427	116	0.3777	1167	X-RAY DIFFRACTION	90.48
2.67-2.74	0.3988	137	0.3516	1222	X-RAY DIFFRACTION	92.2
2.74-2.82	0.3659	148	0.3552	1270	X-RAY DIFFRACTION	93.29
2.82-2.91	0.4719	129	0.3476	1188	X-RAY DIFFRACTION	91.97
2.91-3.01	0.4535	141	0.3424	1258	X-RAY DIFFRACTION	94.15
3.01-3.13	0.3499	158	0.3444	1288	X-RAY DIFFRACTION	94.39
3.13-3.28	0.4171	144	0.3077	1229	X-RAY DIFFRACTION	95.35
3.28-3.45	0.3649	120	0.2731	1236	X-RAY DIFFRACTION	92.75
3.45-3.66	0.3407	131	0.2346	1247	X-RAY DIFFRACTION	92.98
3.67-3.95	0.2416	136	0.2247	1218	X-RAY DIFFRACTION	92.23
3.95-4.34	0.318	147	0.2095	1241	X-RAY DIFFRACTION	89.43
4.35-4.96	0.3175	145	0.2001	1136	X-RAY DIFFRACTION	91.89
4.97-6.26	0.2725	138	0.2315	1232	X-RAY DIFFRACTION	90.25
6.26-42.22	0.1969	103	0.1505	1155	X-RAY DIFFRACTION	85.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1669878403	-0.479023688275	0.663651808948	3.4276441866	-1.10028803412	1.40860975736	0.440195917242	-0.99210567782	1.54649511447	-1.55603852968	-0.15571310172	-1.04796833073	0.654195090044	0.178237935945	0.250408337888	0.359197626041	0.11011057794	0.0855554953686	0.164345255098	-0.0289819432245	0.450036651048	10.8089897726	-8.3184979401	-0.376822071945
2	3.42197963823	-0.23916469441	-2.16412816814	0.585965280724	-0.186514069539	3.43792590262	0.683449018503	-1.28720115938	-2.31804708926	0.438144191912	-1.03015353002	0.0826395052319	-1.76688645172	0.590741345742	-0.37607608023	-0.172051587769	-0.0658428967382	-0.0263987833306	0.45660910548	0.204731065004	0.642844392215	-10.0478033989	-2.83129452474	7.15718688079
3	1.5445312708	0.276826977965	0.068718675442	1.30367677647	-0.898660852218	1.36152259031	0.354651246164	-0.160479453553	-0.530381052151	1.56911316689	1.33530442115	-0.12319539058	-0.713045981929	-1.33219886127	1.24064655703	0.950131683641	0.357115159357	0.0989719141962	0.387631267256	-0.160513834004	-0.508323814855	0.56407718409	9.33728201731	-0.23284231518
4	0.723645339975	-0.100243150761	-0.259223827156	2.81772966427	0.172695730375	1.66750924366	-0.0569614531212	0.402609274652	0.367715313718	0.32443845678	0.710639659845	-0.496037038835	-0.479802201875	-1.35930677623	1.01957124547	0.370762691469	-0.0136230010765	-0.07791392547	0.700658329817	0.219968771697	0.275891579988	-1.73888718202	11.8784616816	-12.5506910212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 237 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 303 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 304 through 371 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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