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- PDB-9dbc: Mn-Bound Structure of Computationally Designed Homotrimer Tet4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dbc
タイトルMn-Bound Structure of Computationally Designed Homotrimer Tet4
要素Computationally Designed Tet4
キーワードDE NOVO PROTEIN / Metalloprotein / computational design
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hoffnagle, A.M. / Tezcan, F.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM138884 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: A De Novo Designed Protein with Versatile Metal Binding and Tunable Hydrolytic Activity.
著者: Hoffnagle, A.M. / Srisantitham, S. / Neeley, M. / Tsai, C.Y. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2024年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Computationally Designed Tet4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6172
ポリマ－12,5621
非ポリマー551
水41423
1
A: Computationally Designed Tet4
ヘテロ分子

A: Computationally Designed Tet4
ヘテロ分子

A: Computationally Designed Tet4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8506
ポリマ－37,6853
非ポリマー1653
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.920, 71.920, 55.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

MN

21A-314-

HOH

31A-322-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Computationally Designed Tet4


分子量: 12561.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 400, 200 mM (NH4)2SO4, 100 mM Bis-Tris (pH 5.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12703 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12703 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41.43 Å / Num. obs: 9531 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 71.71 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05065 / Rpim(I) all: 0.01657 / Rrim(I) all: 0.05332 / Net I/σ(I): 22.27
反射 シェル解像度: 2.3→2.383 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.152 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 1493 / CC1/2: 0.76 / CC star: 0.929 / Rpim(I) all: 0.4012 / Rrim(I) all: 1.222 / % possible all: 99.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→41.43 Å / SU ML: 0.4661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 36.8804
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 953 10.04 %
Rwork0.2063 8541 -
obs0.212 9494 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数832 0 1 23 856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48091159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0318135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8828314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.42541370.38411229X-RAY DIFFRACTION98.84
2.42-2.570.35781320.33881206X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.770.39041360.32441220X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.050.39661420.28541227X-RAY DIFFRACTION99.78
3.05-3.490.36281340.26971246X-RAY DIFFRACTION100
3.49-4.40.2481300.17721199X-RAY DIFFRACTION99.92
4.4-41.430.18481420.15531214X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.807977457430.2814062830965.892008476796.07782569874-3.020479712126.86641290162-0.7734821244931.784620053180.203336485151-0.7620802118070.9980523570760.461138785483-0.8885416778280.539287579503-0.2521197467610.68594578153-0.262798896225-0.03267401204130.858811034767-0.04203395737760.682888319804-5.16650890056-7.7345612639523.4246941811
27.242859344043.044680926130.917389656057.882646551830.7776698158367.14116607744-1.60929912283-0.798789546702-0.7083629019191.68408688411.084282422780.6162306877091.11145114122-0.596823858050.4154029897720.9301754915370.2229493103420.04678231972020.6522967909920.02275584275120.693572539819-9.01711573124-12.538377273437.6856168581
34.244707493833.690370537194.601211904729.262980877522.754877729436.88120135505-0.6693251138742.04303697905-0.9814231273060.2277852852480.929912386548-0.03415146331031.72181143609-1.236049319770.5616935870120.89055472419-0.2847590939440.1097967030290.695896824418-0.1736686571750.692627305348-8.29031694351-16.811295622725.3386934737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 109 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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