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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9db0 | ||||||
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タイトル | Molecular basis of pathogenicity of the recently emerged FCoV-23 coronavirus. FCoV-23 S short | ||||||
![]() | Spike glycoprotein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Coronavirus / alphacoronavirus / feline coronavirus / cryo-EM / neutralization assays / binding assays / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | PALMITOLEIC ACID![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
![]() | Tortorici, M.A. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Loss of FCoV-23 spike domain 0 enhances fusogenicity and entry kinetics 著者: Tortorci, M.A. / Choi, A. / Gibson, C.A. / Lee, J. / Brown, J.T. / Stewart, C. / Joshi, A. / Harari, S. / Willoughby, I. / Treichel, C. / Leaf, E.M. / Bloom, J.D. / King, N.P. / Tait-Burkard, ...著者: Tortorci, M.A. / Choi, A. / Gibson, C.A. / Lee, J. / Brown, J.T. / Stewart, C. / Joshi, A. / Harari, S. / Willoughby, I. / Treichel, C. / Leaf, E.M. / Bloom, J.D. / King, N.P. / Tait-Burkard, C. / Whittaker, G.R. / Veesler, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 617.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 495.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 135.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 46709MC ![]() 9dazC ![]() 9db1C ![]() 9db3C ![]() 9dbeC ![]() 9dbzC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 138283.875 Da / 分子数: 3 / 断片: short homotrimer (residues 264-1398) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: FCoV-23 / 発現宿主: Mammalia (両生類) |
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-糖 , 5種, 60分子 
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 147分子 


#7: 化合物 | ChemComp-PAM / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: FCoV-23 S short / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 262922 / 対称性のタイプ: POINT |