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- PDB-9das: Crystal structure of vWFA domain from large adhesion protein of A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9das
タイトルCrystal structure of vWFA domain from large adhesion protein of Aeromonas hydrophila
要素Flagellin hook IN motif family
キーワードCELL ADHESION / RTX adhesin / Gram-negative bacteria / Biofilm / Putative ligand-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
VCBS repeat / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / : / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site ...VCBS repeat / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / : / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin hook IN motif family
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Vance, T.D.R. / Ye, Q. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN 148422 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04810 カナダ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Aeromonas hydrophila RTX adhesin has three ligand-binding domains that give the bacterium the potential to adhere to and aggregate a wide variety of cell types.
著者: Ye, Q. / Eves, R. / Vance, T.D.R. / Hansen, T. / Sage, A.P. / Petkovic, A. / Bradley, B. / Escobedo, C. / Graham, L.A. / Allingham, J.S. / Davies, P.L.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellin hook IN motif family
B: Flagellin hook IN motif family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,60215
ポリマ－63,0292
非ポリマー57313
水4,720262
1
A: Flagellin hook IN motif family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7557
ポリマ－31,5141
非ポリマー2406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellin hook IN motif family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8478
ポリマ－31,5141
非ポリマー3337
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.235, 156.288, 57.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-4806-

CA

21B-4996-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flagellin hook IN motif family


分子量: 31514.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: AHA_3491 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0KNW4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M CaCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2Si(111)
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.033181
21
反射解像度: 1.4→45.95 Å / Num. obs: 119428 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 15.063 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5790 / CC1/2: 0.446 / Rpim(I) all: 0.746 / Χ2: 0.99 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: 000)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→45.97 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 5948 5.01 %
Rwork0.1912 --
obs0.192 118765 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4026 0 18 262 4306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8085565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1211405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.38092140.37333599X-RAY DIFFRACTION95
1.42-1.440.36811630.35183713X-RAY DIFFRACTION96
1.44-1.450.35861960.32493735X-RAY DIFFRACTION98
1.45-1.470.33612080.3023641X-RAY DIFFRACTION97
1.47-1.490.29131920.28733735X-RAY DIFFRACTION98
1.49-1.510.28972080.26283690X-RAY DIFFRACTION97
1.51-1.530.2691890.25073699X-RAY DIFFRACTION98
1.53-1.560.25922030.23343724X-RAY DIFFRACTION97
1.56-1.580.23831960.23013721X-RAY DIFFRACTION98
1.58-1.610.25531780.22933718X-RAY DIFFRACTION97
1.61-1.630.23091780.22333801X-RAY DIFFRACTION98
1.63-1.660.2341910.22453749X-RAY DIFFRACTION98
1.66-1.70.25182070.22583740X-RAY DIFFRACTION98
1.7-1.730.24551940.21593732X-RAY DIFFRACTION99
1.73-1.770.23162120.20283729X-RAY DIFFRACTION98
1.77-1.810.23881590.19913819X-RAY DIFFRACTION98
1.81-1.850.19281960.18673765X-RAY DIFFRACTION99
1.85-1.90.20691830.18713832X-RAY DIFFRACTION99
1.9-1.960.21221930.18573759X-RAY DIFFRACTION99
1.96-2.020.20952320.19113735X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.10.20612070.18453818X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.180.22421900.19063777X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.280.19811940.18163820X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.40.18542110.18193812X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.550.18422020.18183793X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.750.20022180.18953811X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.020.20752240.18843818X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.460.20162160.17643797X-RAY DIFFRACTION100
3.46-4.360.17311970.16143841X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.60.16571970.16493894X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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