PDB-9dah: L-asparaginase II (EcA2-4M)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dah

タイトル

L-asparaginase II (EcA2-4M)

要素

L-asparaginase 2

キーワード

HYDROLASE / Amidohydrolase / Lymphoblastic Leukemia.

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

de Sa Ribeiro, F. / Costa, A.C. / Araujo, T.S. / Almeida, M.S. / Lima, L.M.T.R.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Biochemical and Biophysical Divergences between Two Escherichia coli l-Asparaginase II Variants: Potential for Using EcA2-K12 as a Biosimilar.
著者: de Araujo, T.S. / da Costa, A.C. / Dias Leite da Silva, C. / Ribeiro, F.S. / de Andrade, R.A. / Paula Neto, H.A. / Carvalho, R.S. / Lima, L.M.T.R. / Almeida, M.D.S.

履歴

登録	2024年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dah.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dah.ent.gz	103.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9dah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9dah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dafC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

ヘテロ分子

A: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.083, 133.902, 63.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.461, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	L-asparaginase 2 分子量: 34626.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ansB, NCTC9075_01362 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377K0N3, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→44.48 Å / Num. obs: 15937 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.804 / Net I/σ(I): 16.302
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 1120 / CC_1/2: 0.804

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→44.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / SU B: 16.783 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.432 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2751	797	5.001 %
R_work	0.2408	15140	-
all	0.243	-	-
obs	-	15937	99.787 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.652 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.049 Å²	0 Å²	0.051 Å²
2-	-	-0.062 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	18	65	4945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.896	1.798	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.641	1.762	10864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.851	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.493	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.003	10	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.948	10	206
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.368	3.443	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.367	3.443	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.273	6.189	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.273	6.188	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.431	3.649	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.43	3.649	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.36	6.591	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.359	6.59	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.707	33.501	5424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.703	33.503	5424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.357	57	0.317	1120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.845	0.339	60	0.318	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-2.928	0.357	52	0.293	1033	X-RAY DIFFRACTION	99.9079
2.928-3.017	0.323	48	0.278	1038	X-RAY DIFFRACTION	99.908
3.017-3.116	0.309	51	0.27	995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.116-3.225	0.308	49	0.263	957	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.346	0.287	47	0.263	946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.481	0.317	54	0.264	879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.481-3.635	0.257	38	0.246	867	X-RAY DIFFRACTION	99.6696
3.635-3.811	0.273	47	0.241	821	X-RAY DIFFRACTION	99.7701
3.811-4.016	0.28	33	0.231	775	X-RAY DIFFRACTION	99.6301
4.016-4.257	0.251	43	0.215	743	X-RAY DIFFRACTION	99.4937
4.257-4.548	0.252	38	0.229	678	X-RAY DIFFRACTION	99.3065
4.548-4.908	0.219	36	0.189	644	X-RAY DIFFRACTION	99.7067
4.908-5.37	0.215	35	0.208	596	X-RAY DIFFRACTION	98.9028
5.37-5.993	0.269	31	0.204	532	X-RAY DIFFRACTION	99.8227
5.993-6.9	0.232	32	0.188	477	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9-8.4	0.193	19	0.174	414	X-RAY DIFFRACTION	99.7696
8.4-11.673	0.2	18	0.182	321	X-RAY DIFFRACTION	100
11.673-44.48	0.283	8	0.257	199	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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