PDB-9daf: L-asparaginase II (EcA2-K12)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9daf

タイトル

L-asparaginase II (EcA2-K12)

要素

L-asparaginase 2

キーワード

HYDROLASE / Amidohydrolase / Lymphoblastic Leukemia.

機能・相同性

機能・相同性情報

L-asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

de Sa Ribeiro, F. / Costa, A.C. / Araujo, T.S. / Almeida, M.S. / Lima, L.M.T.R.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Biochemical and Biophysical Divergences between Two Escherichia coli l-Asparaginase II Variants: Potential for Using EcA2-K12 as a Biosimilar.
著者: de Araujo, T.S. / da Costa, A.C. / Dias Leite da Silva, C. / Ribeiro, F.S. / de Andrade, R.A. / Paula Neto, H.A. / Carvalho, R.S. / Lima, L.M.T.R. / Almeida, M.D.S.

履歴

登録	2024年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9daf.cif.gz	265.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9daf.ent.gz	207.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9daf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9daf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9daf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-asparaginase 2

B: L-asparaginase 2

C: L-asparaginase 2

D: L-asparaginase 2

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.746, 123.051, 79.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-asparaginase 2 / L-asparaginase II / L-ASNase II / L-asparagine amidohydrolase II 分子量: 34626.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→47.51 Å / Num. obs: 44971 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.843 / Net I/σ(I): 14.57
反射シェル	解像度: 2.35→47.51 Å / Num. unique obs: 3139 / CC_1/2: 0.843

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→47.509 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 9.195 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.011 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	2249	5.001 %
R_work	0.1728	42722	-
all	0.177	-	-
obs	-	44971	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.873 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.014 Å²	-0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9724	0	61	462	10247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	9932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	1.798	13520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.583	1.759	21863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.373	5	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.768	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.132	10	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.21	10	408
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	9018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.329	2.308	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.328	2.308	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.79	4.148	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.79	4.147	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.583	2.495	4705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.583	2.496	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.255	4.465	7000
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.254	4.465	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.924	22.813	11014
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.912	22.846	10957

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.328	165	0.242	3139	0.247	3304	0.932	0.963	100	0.221
2.411-2.477	0.29	162	0.212	3085	0.216	3248	0.945	0.972	99.9692	0.191
2.477-2.548	0.31	156	0.202	2959	0.208	3115	0.942	0.975	100	0.182
2.548-2.627	0.274	153	0.194	2897	0.198	3050	0.953	0.977	100	0.174
2.627-2.712	0.295	148	0.193	2813	0.198	2961	0.945	0.977	100	0.177
2.712-2.807	0.292	142	0.196	2703	0.2	2845	0.94	0.976	100	0.181
2.807-2.913	0.288	138	0.193	2620	0.197	2760	0.944	0.977	99.9275	0.181
2.913-3.031	0.274	132	0.191	2521	0.196	2655	0.951	0.977	99.9247	0.182
3.031-3.166	0.262	130	0.185	2453	0.189	2584	0.958	0.978	99.9613	0.179
3.166-3.319	0.255	121	0.183	2311	0.187	2432	0.959	0.979	100	0.18
3.319-3.498	0.214	114	0.168	2171	0.171	2289	0.969	0.983	99.8252	0.168
3.498-3.709	0.228	111	0.155	2093	0.159	2207	0.968	0.985	99.8641	0.154
3.709-3.963	0.225	103	0.151	1974	0.155	2078	0.969	0.986	99.9519	0.154
3.963-4.278	0.227	97	0.155	1832	0.158	1930	0.971	0.986	99.9482	0.16
4.278-4.683	0.177	88	0.131	1667	0.134	1760	0.98	0.991	99.7159	0.137
4.683-5.229	0.23	80	0.141	1533	0.145	1613	0.97	0.99	100	0.146
5.229-6.026	0.219	72	0.141	1366	0.145	1438	0.977	0.991	100	0.147
6.026-7.351	0.213	60	0.126	1145	0.131	1206	0.98	0.991	99.9171	0.132
7.351-10.273	0.169	48	0.115	908	0.117	956	0.983	0.993	100	0.126
10.273-47.509	0.223	28	0.203	519	0.204	552	0.973	0.979	99.0942	0.221

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関連情報:EMDBヘッダ

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