PDB-9da1: Crystal structure of human DNPH1 bound to inhibitor 1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9da1

タイトル

Crystal structure of human DNPH1 bound to inhibitor 1a

要素

5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleotide catabolic process / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / Purine catabolism / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Wagner, A.G. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM041916	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	S10 OD020068	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Transition State Analogs of Human DNPH1 Reveal Two Electrophile Migration Mechanisms.
著者: Wagner, A.G. / Lang, T.B.D. / Ledingham, E.T. / Ghosh, A. / Brooks, D. / Eskandari, R. / Suthagar, K. / Almo, S.C. / Lamiable-Oulaidi, F. / Tyler, P.C. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9da1.cif.gz	168 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9da1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9da1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9da1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9da1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9da2C 9da3C 9da4C 9da5C 9da6C 4p5e 8qhq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase

B: 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.761, 64.833, 128.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-370- HOH
2	1	B-328- HOH
3	1	B-384- HOH

#1: タンパク質	5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase / 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / c-Myc-responsive protein RCL 分子量: 16224.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNPH1, C6orf108, RCL / プラスミド: pET-28a(+) / 詳細 (発現宿主): LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRIL 参照: UniProt: O43598, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-A1BBB / 5-(hydroxymethyl)uridine 5'-(dihydrogen phosphate) / 5-(hydroxymethyl)uridine 5'-monophosphate 分子量: 354.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25.1% (w/v) PEG 3350, 2.73% (v/v) Methanol and Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→22.82 Å / Num. obs: 43023 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 404482
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.776 / Num. measured all: 18516 / Num. unique obs: 1960 / CC_1/2: 0.846 / R_pim(I) all: 0.261 / R_rim(I) all: 0.82 / Χ²: 1.11 / Net I/σ(I) obs: 3.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→22.82 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1786	2192	5.1 %
R_work	0.1532	-	-
obs	0.1545	42971	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→22.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2016	0	46	217	2279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.92	304
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.51	0.1832	126	0.1921	2374	X-RAY DIFFRACTION	95
1.51-1.54	0.1896	129	0.1681	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.58	0.184	140	0.1628	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.62	0.1842	177	0.1544	2465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.67	0.1997	135	0.1573	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.72	0.195	128	0.1583	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.79	0.2138	145	0.1529	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.1603	146	0.149	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.94	0.1724	123	0.1554	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.04	0.1589	124	0.1462	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.17	0.1684	124	0.1497	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.34	0.1649	125	0.1482	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.57	0.164	135	0.1457	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.95	0.1889	148	0.1547	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.71	0.1762	127	0.1507	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-22.82	0.1847	160	0.1555	2686	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0261	0.3421	0.5872	2.1262	-0.4332	1.8841	-0.0606	0.0314	0.1127	0.0562	0.0418	0.1107	-0.2313	-0.0374	0.0216	0.1435	0.0073	0.008	0.115	-0.0095	0.1092	-21.2455	-4.7829	-6.8616
2	5.2239	6.0343	3.7326	8.4213	4.4884	2.6923	0.156	-0.5955	-0.1829	0.6186	-0.686	0.5783	-0.0257	-0.5657	0.2437	0.2691	-0.0043	0.0435	0.273	0.0062	0.2515	-28.844	-1.858	-9.5004
3	2.9163	-0.0813	-0.4625	3.2958	-4.2681	5.786	-0.0865	0.0245	-0.1203	0.0955	0.2131	0.5786	-0.069	-0.4509	-0.241	0.1481	0.0211	0.0059	0.2077	-0.0043	0.2576	-34.2903	-13.0861	-12.9587
4	1.1302	0.4439	-0.2927	2.9616	0.1807	0.852	-0.0223	0.1008	0.046	-0.1968	0.0606	0.0567	-0.0815	-0.0951	-0.0378	0.107	-0.003	0.0068	0.1378	0.0025	0.0745	-21.659	-12.1059	-16.0607
5	2.9617	0.3906	4.2532	4.0825	0.4557	6.3178	-0.0875	0.0894	0.0226	-0.4468	0.175	0.1222	-0.458	-0.1336	-0.0565	0.1755	-0.0116	0.0274	0.1601	0.0221	0.1093	-20.2627	-6.4602	-20.2482
6	2.4563	0.6902	-0.2579	4.9183	1.1475	3.0303	-0.0333	0.0704	0.1052	-0.3622	0.0243	-0.3353	-0.2336	0.0678	0.0014	0.119	-0.0278	0.0487	0.1559	-0.0028	0.1482	-10.7676	-8.9907	-18.2338
7	6.5214	-0.4314	2.1499	3.444	-1.214	7.5907	-0.1334	0.1584	0.4511	-0.2226	0.1793	-0.2031	-0.5321	0.4092	0.1019	0.3041	-0.0626	0.0432	0.1365	-0.0033	0.1717	-13.1944	3.47	-12.072
8	1.9515	0.2573	1.0214	3.517	0.2292	2.1981	-0.0212	0.3053	-0.5717	-0.3006	0.0329	-0.1868	0.3284	0.0445	-0.051	0.1733	0.0004	0.0701	0.1917	-0.0767	0.2402	-15.5626	-34.4308	-20.8955
9	2.4196	4.1954	2.1685	8.9405	3.4884	2.1023	-0.016	0.4515	-0.3142	-0.4203	0.277	-0.8259	-0.0109	0.4306	-0.2378	0.3533	0.0391	0.0702	0.4155	-0.1147	0.4558	-17.4069	-33.9045	-29.6743
10	8.1592	3.7647	1.3439	3.5536	0.4275	2.1389	0.1115	1.0586	-0.0164	-0.4839	0.185	-0.1256	-0.2024	0.3875	-0.2919	0.3168	0.0003	0.0664	0.3533	-0.0334	0.1364	-15.6539	-20.8036	-30.9554
11	1.7435	-0.0094	0.0166	2.3122	-0.3878	1.8263	0.003	0.1491	-0.1144	-0.1775	-0.0053	0.1378	0.0755	-0.0357	-0.0118	0.0878	-0.0086	-0.0049	0.1174	-0.018	0.0972	-24.1491	-26.2254	-16.9578
12	2.5573	0.3291	0.0021	3.0435	0.5118	3.2908	0.0085	0.3024	-0.3765	-0.1284	0.0121	0.0379	0.4007	-0.1382	-0.0243	0.1825	-0.0562	-0.0028	0.1783	-0.0388	0.235	-28.5217	-37.2048	-16.9119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 110 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 111 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 147 through 159 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 20 through 48 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 49 through 72 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 73 through 86 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 87 through 134 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 135 through 159 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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