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- PDB-9d9r: X-ray structure of ALX4 homeodomain dimer bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d9r
タイトルX-ray structure of ALX4 homeodomain dimer bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
  • Homeobox protein aristaless-like 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ALX4 / paired-like homeodomain / transcription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HMG box domain binding / embryonic skeletal system morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / digestive tract development / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / embryonic digit morphogenesis / muscle organ development / roof of mouth development / hair follicle development ...HMG box domain binding / embryonic skeletal system morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / digestive tract development / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / embryonic digit morphogenesis / muscle organ development / roof of mouth development / hair follicle development / skeletal system development / post-embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein aristaless-like 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.389 Å
データ登録者Yuan, Z. / Kovall, R.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)1R03TR004875 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM079428 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical characterization of the ALX4 dimer reveals novel insights into how disease alleles impact ALX4 function
著者: Yuan, Z. / Kovall, R.A.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein aristaless-like 4
B: Homeobox protein aristaless-like 4
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9166
ポリマ－29,7924
非ポリマー1242
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, EMSA was used to confirm assembly.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.460, 70.460, 159.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein aristaless-like 4


分子量: 9689.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALX4, KIAA1788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H161
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量: 5170.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5241.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Tris pH 7.5, 0.2M Trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.389→79.57 Å / Num. obs: 18846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 3.46 / Num. measured all: 18662 / Num. unique obs: 1933 / CC1/2: 0.638 / Rpim(I) all: 1.169 / Rrim(I) all: 3.657 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I) obs: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (23-JAN-2024)精密化
pointlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.389→32.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 961 5.11 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2149 18810 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.8525 Å20 Å20 Å2
2---22.8525 Å20 Å2
3---45.705 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.389→32.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1180 691 8 2 1881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081989HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.822819HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d617SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1215HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion247SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1143SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.41 Å / Total num. of bins used: 49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4973 -2.81 %
Rwork0.3774 381 -
all0.3805 392 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.481-6.955-0.469315.828-0.09594.9907-0.5454-1.4787-0.63211.25880.12641.43521.3844-0.42840.41910.247-0.24760.0602-0.01310.1186-0.478-39.238719.634631.9155
27.2409-9.63126.820911.6408-5.99345.1217-0.584-0.9793-2.07740.6190.79380.33261.74550.2422-0.20970.87950.40260.1367-0.38550.12070.1146-24.52736.799226.0813
37.8616-0.1705-2.311816.1474-1.925310.5486-0.3890.4496-1.613-0.54540.2104-0.47171.47250.7150.17860.51010.08830.0586-0.2281-0.1257-0.019-26.188210.677716.3761
45.0533-3.0891-0.9747-4.17871.17656.12980.0915-0.954-0.44120.1951-0.004-0.43941.07680.5582-0.08750.25540.13520.0114-0.04340.0615-0.1404-26.562518.220122.3496
517.85029.8117-3.34315.37957.567416.6309-0.54120.5230.1124-0.24591.96790.8931-0.13871.6292-1.4267-0.08680.1733-0.14740.2604-0.1582-0.306-13.186926.494523.7175
623.11036.44710.03528.1144-3.615912.12460.4321.4041-1.8056-1.0635-0.54090.12320.1979-0.76590.10890.0016-0.1335-0.1784-0.0469-0.3252-0.442-42.414319.3927.0069
713.07762.53770.164112.96927.77925.57630.1446-0.2101-0.79370.7128-0.51320.65440.2057-1.55010.3686-0.1099-0.19710.03920.1124-0.0604-0.1817-51.577524.82921.1698
811.2654-8.122-8.720216.57695.047300.2633-0.0029-1.3480.2879-0.55741.10671.892-0.7930.29410.1673-0.3391-0.06260.0838-0.09760.1679-48.863415.843217.1584
96.7228-11.0828-8.011518.22351.04559.99540.70030.17-0.8981.0382-0.47260.5292-1.21590.836-0.2276-0.37580.032-0.17070.4187-0.00960.0619-44.238729.740216.041
1025.8968-8.1825-3.917415.1812-9.33235.0554-0.1409-0.06151.8943-0.76470.7351-0.0155-0.86950.5343-0.59420.3809-0.1681-0.06170.67280.35290.8286-46.833345.905613.5166
1116.9369-0.1767-6.499316.3249-0.391722.65110.8941-0.9933-0.38331.0082-0.1687-1.9009-1.28771.1419-0.72550.24330.0278-0.11990.60520.2066-0.491-25.263421.444738.8985
125.111-7.7333-0.160722.6285-6.75311.3962-0.0578-0.6186-0.17020.5639-0.09820.24520.31210.0940.15610.3012-0.0348-0.0656-0.04960.0392-0.3176-35.108223.294827.3659
1322.988-2.6852-11.52119.36722.492624.94630.73840.44311.6892-1.73390.22680.1180.3961-0.4929-0.9653-0.0023-0.11470.00450.130.0828-0.3287-33.322334.423115.4038
1419.0933-1.8435.04898.0615-2.75772.5812-0.1056-0.0142-1.0677-1.66010.2525-0.64960.3233-0.3418-0.1470.2504-0.1514-0.03510.5029-0.177-0.4796-34.963924.44021.1433
1521.0935-2.5765-9.036412.1683-1.810918.3206-0.33911.30991.5434-0.80350.69890.5922-1.83920.2676-0.35980.45370.0925-0.18150.3361-0.0866-0.4976-39.427730.8918-1.0294
1620.84248.24967.4488.68074.562223.2736-0.81070.6016-0.6126-0.50560.0671-0.02-0.8892-0.16970.74370.0889-0.1932-0.09320.17250.006-0.4031-34.438624.932311.7791
1718.6057-1.7674-11.567712.52562.573416.79310.3777-0.49770.99081.21290.5008-0.4730.53030.7405-0.87850.0545-0.0507-0.10710.12830.0219-0.3153-29.644430.613626.5229
1821.0067-6.20486.88618.0076-6.106310.19120.6793-0.5946-1.07991.7004-0.67081.13981.88380.0027-0.00860.5788-0.084-0.05440.26770.1432-0.4374-33.480219.044539.5087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|210 - 221}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|222 - 230}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|231 - 254}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|255 - 269}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|270 - 277}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|213 - 226}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|227 - 246}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|247 - 256}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|257 - 271}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|272 - 278}
11X-RAY DIFFRACTION11{C|1 - 4}
12X-RAY DIFFRACTION12{C|5 - 8}
13X-RAY DIFFRACTION13{C|9 - 12}
14X-RAY DIFFRACTION14{C|13 - 17}
15X-RAY DIFFRACTION15{D|18 - 21}
16X-RAY DIFFRACTION16{D|22 - 25}
17X-RAY DIFFRACTION17{D|26 - 30}
18X-RAY DIFFRACTION18{D|31 - 34}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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