PDB-9d9p: Crystal structure of CVB3 replication-linked RNA in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d9p

タイトル

Crystal structure of CVB3 replication-linked RNA in complex with 3C protein

要素

Protease 3C
RNA (90-MER)

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / Cloverleaf RNA-3C protein complex / Viral replication / enterovirus / Coxsackievirus / Viral RNA / 3C proteinase / RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Das, N.K. / Koirala, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CVB3 replication-linked RNA in complex with 3C protein
著者: Das, N.K. / Koirala, D.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d9p.cif.gz	313.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d9p.ent.gz	209 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d9p_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d9p_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9d9p_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	9d9p_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (22)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

R: RNA (90-MER)

A: Protease 3C

B: Protease 3C

ヘテロ分子

72.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.406, 95.251, 113.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.630, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 4 or resid 7...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 4 or resid 7...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	B	0 - 3	1 - 4
d_1	2	PHE	PHE	THR	THR	A	B	6 - 20	7 - 21
d_1	3	TYR	TYR	ASP	ASP	A	B	22 - 32	23 - 33
d_1	4	TRP	TRP	PRO	PRO	A	B	34 - 38	35 - 39
d_1	5	HIS	HIS	ALA	ALA	A	B	40 - 59	41 - 60
d_1	6	GLU	GLU	ALA	ALA	A	B	61 - 91	62 - 92
d_1	7	GLU	GLU	SER	SER	A	B	93 - 107	94 - 108
d_1	8	PHE	PHE	ASN	ASN	A	B	109 - 139	110 - 140
d_1	9	PRO	PRO	GLY	GLY	A	B	141 - 166	142 - 167
d_1	10	GLN	GLN	ASN	ASN	A	B	168 - 180	169 - 181
d_2	1	MET	MET	ALA	ALA	B	C	0 - 3	1 - 4
d_2	2	PHE	PHE	THR	THR	B	C	6 - 20	7 - 21
d_2	3	TYR	TYR	ASP	ASP	B	C	22 - 32	23 - 33
d_2	4	TRP	TRP	PRO	PRO	B	C	34 - 38	35 - 39
d_2	5	HIS	HIS	ALA	ALA	B	C	40 - 59	41 - 60
d_2	6	GLU	GLU	ALA	ALA	B	C	61 - 91	62 - 92
d_2	7	GLU	GLU	SER	SER	B	C	93 - 107	94 - 108
d_2	8	PHE	PHE	ASN	ASN	B	C	109 - 139	110 - 140
d_2	9	PRO	PRO	GLY	GLY	B	C	141 - 166	142 - 167
d_2	10	GLN	GLN	ASN	ASN	B	C	168 - 180	169 - 181

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.397738039858, -0.668119017018, -0.628825437421), (-0.663414702273, -0.264013454116, 0.700127009087), (-0.633786544869, 0.695639184595, -0.338231785022)ベクター: ...

#1: RNA鎖	RNA (90-MER) 分子量: 28789.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
#2: タンパク質	Protease 3C / Picornain 3C / P3C 分子量: 21468.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03313, picornain 3C
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.05 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: Glycerol, Bis-Tris, Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen Jet / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→37.45 Å / Num. obs: 59666 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 61.25 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.69→2.74 Å / Num. unique obs: 5248 / CC_1/2: 0.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→37.45 Å / SU ML: 0.3489 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.297
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	3800	6.39 %
R_work	0.1982	55699	-
obs	0.2003	59499	97.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→37.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2844	1904	25	98	4871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	5045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1488	7248
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0528	878
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0095	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.1187	1469

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.677567932351 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.72	0.3726	139	0.3853	2028	X-RAY DIFFRACTION	94.01
2.72-2.76	0.4002	143	0.3677	2057	X-RAY DIFFRACTION	95.94
2.76-2.8	0.3117	128	0.3351	1959	X-RAY DIFFRACTION	94.65
2.8-2.84	0.2959	140	0.3169	2054	X-RAY DIFFRACTION	95.47
2.84-2.88	0.3771	138	0.2958	2084	X-RAY DIFFRACTION	96.61
2.88-2.93	0.3141	135	0.2952	1976	X-RAY DIFFRACTION	95.65
2.93-2.97	0.3256	141	0.276	2075	X-RAY DIFFRACTION	94.54
2.97-3.02	0.291	133	0.2657	1967	X-RAY DIFFRACTION	94.89
3.02-3.08	0.2542	146	0.2482	2110	X-RAY DIFFRACTION	98.26
3.08-3.14	0.2649	139	0.2546	2079	X-RAY DIFFRACTION	98.4
3.14-3.2	0.3029	144	0.2642	2077	X-RAY DIFFRACTION	98.14
3.2-3.27	0.2677	145	0.2689	2096	X-RAY DIFFRACTION	98.51
3.27-3.35	0.3081	138	0.2222	2070	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.35-3.43	0.2432	147	0.1962	2113	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.43-3.52	0.2463	137	0.192	2062	X-RAY DIFFRACTION	98.04
3.53-3.63	0.2574	141	0.1878	2101	X-RAY DIFFRACTION	98.51
3.63-3.75	0.1856	139	0.1901	2078	X-RAY DIFFRACTION	97.62
3.75-3.88	0.2248	139	0.1749	2018	X-RAY DIFFRACTION	97.43
3.88-4.03	0.2263	140	0.189	2054	X-RAY DIFFRACTION	95.31
4.03-4.22	0.1922	145	0.1631	2079	X-RAY DIFFRACTION	96.61
4.22-4.44	0.1935	142	0.1479	2020	X-RAY DIFFRACTION	96.52
4.44-4.72	0.1918	142	0.1471	2075	X-RAY DIFFRACTION	97.97
4.72-5.08	0.1617	143	0.1563	2113	X-RAY DIFFRACTION	98.9
5.08-5.59	0.192	142	0.1739	2091	X-RAY DIFFRACTION	98.94
5.59-6.4	0.2303	146	0.2077	2106	X-RAY DIFFRACTION	98.86
6.4-8.04	0.2169	143	0.1909	2051	X-RAY DIFFRACTION	97.38
8.05-37.45	0.2195	145	0.1637	2106	X-RAY DIFFRACTION	98.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.87263619575	2.21054052848	-3.25687801738	5.44224118668	0.727606861139	6.53653123325	-0.522192026322	0.506138824896	-0.585551945451	0.285187325943	0.0558880672218	-1.68417206448	0.381088603712	1.50047855138	0.457196522063	0.600800872014	-0.0634687961914	-0.246667916838	1.06913557915	-0.0415617823225	1.4114408605	36.7826324294	-12.6655491081	8.14198401178
2	2.67498333576	2.33175535946	-2.90000465343	4.05250531966	0.118251618355	6.64836867429	0.253692981014	-0.368556777454	0.0899010261106	0.255371647136	-0.210765647798	-0.0810541090353	0.141037039658	0.283418403032	-0.0536637852083	0.463877043063	-0.175023108208	-0.213702216011	0.666333589693	0.019228335014	0.827293261914	31.4558631012	-4.48641996178	16.1548996916
3	2.00627286444	2.96720649086	-0.620083612826	6.14839938614	2.4197501321	6.1570148009	-0.0354274515005	-0.33259551581	0.641173597246	-0.392837631466	0.12595505673	-0.368455109901	-0.545877755762	0.686057997428	-0.115689345831	0.473189332141	-0.249946574943	-0.166538022645	0.610971428056	-0.015581835357	0.73502367663	31.9055201545	2.39200399563	11.7745910341
4	4.75483138502	1.10603549406	0.628676227868	3.4199723297	-0.385880324762	1.79768912747	0.509223213325	-0.497902636761	-0.429819817402	0.467391124106	-0.501374066823	-0.444957344162	0.215632995954	0.322887336117	-0.0189843078107	0.420285538125	-0.169513315983	-0.16169225014	0.813473628614	0.0464891818011	0.715454458195	12.7047731179	-27.3862627375	21.4863462278
5	1.57493962906	-0.075211535464	0.521338370086	3.97089518165	-0.544462482265	3.36579753838	0.40006345475	-0.209816033672	-0.355550507171	0.165985396939	-0.367351879261	0.108559089709	0.118048898018	0.0878664334077	-0.0715603188562	0.294573410533	-0.103799739677	-0.115124561304	0.76677529902	0.0223280091903	0.82925166097	3.40357187805	-30.6700541721	17.3088477728
6	3.90570978347	-0.141955395003	-0.86794391736	3.44541256414	0.716314222099	2.31801396833	0.343339849762	-0.238709773088	-0.537983959596	0.050759523515	-0.309829477808	0.236070517592	0.346262257297	0.0720536058767	-0.124218524386	0.3553265943	-0.0644334239542	-0.196799315317	0.646854026879	0.0413036477963	0.888668766677	2.05293788596	-32.4024531279	13.9131150766
7	5.13285789581	-1.62484323048	5.69950295527	8.8580152589	-3.49198692937	6.65715912734	0.815947012709	-0.646786818345	-0.437958043065	1.24262698872	-0.952049863013	-0.714004099904	0.515832122194	1.74096854588	0.186769571363	1.41444256567	-0.0428437543906	-0.262821830458	2.5288268309	0.240476049768	1.40861342153	30.3653562498	-11.1381777194	50.1702540837
8	4.0457788079	-2.86350969645	4.47664435912	2.05266014128	-3.21911275802	5.0749533978	-1.74614976424	-1.68564919276	2.04255328847	2.13356779684	0.334252850266	-1.30973855735	-1.26942912723	0.741766024002	1.37066361655	2.46138769523	-0.0840138542029	-0.708264748978	3.01429687231	-0.570046221223	2.12787092311	30.7657091741	10.2094319523	58.1797286724
9	4.68356618729	-0.495165363435	1.47745595685	2.37022503534	-0.0753240642532	3.85090678764	-0.0516857241759	-0.948930048473	0.494035397397	0.702787570479	0.0716946685725	0.130419299003	-0.676573477202	-0.318576227773	0.049578506029	0.64630808119	-0.128608922492	-0.00261664127968	0.831277326029	-0.185126926818	0.80841767674	8.40794768301	-0.558349635159	31.8001950272
10	2.10962723731	-0.923377747563	2.89425489432	0.432120114165	-1.33505443034	4.18977806479	-0.92523362065	-0.946930987979	0.141585393487	1.4842362019	0.0110384410297	-1.14650010771	-0.712945874777	0.318009088898	0.913483931312	1.44158615138	-0.156047466803	-0.356395746269	1.77694084101	0.0835106538759	1.13211923228	32.3642145958	-10.8627344138	52.7679867048
11	3.05320923018	0.906122863816	-3.55360508419	2.27518013589	0.94950262934	6.50789732075	-0.0951419826617	-0.119909960532	-0.12171681388	0.50024281646	-0.380243222419	-0.0499091380868	0.763512466966	-0.0138969639254	0.366005350109	0.511769895594	-0.121522451696	-0.162020773234	0.521384186367	0.0694375993636	0.733258630277	22.9069965357	-11.0689240342	16.5384021461
12	6.78159634753	0.497382269054	-2.46293738955	2.91254521673	1.59701790301	3.42256409236	-0.181618286741	0.976856030888	0.271408594642	-0.487303077537	-0.400997101136	0.221215327129	-0.136839337332	-0.42099246904	0.476776971105	0.388268610623	-0.0721706307211	-0.110537673026	0.620290963618	0.038839261586	0.716854975571	24.0802517844	-5.32693332039	4.05026323698
13	6.90772470204	1.24630444387	-1.22963412416	3.85505397205	0.940809205406	4.09318600457	0.00317378668365	0.354114414931	-0.135433476012	-0.218511713419	-0.0862817741658	0.0968154466052	-0.144530846101	0.488016388383	0.18879147565	0.377953820154	-0.106096510747	-0.197772698889	0.714309587213	0.01317944295	0.86170561053	21.2797625297	-3.13079546453	1.82890911161
14	4.42331606829	0.876085457158	-1.99231365856	7.55776829174	-0.45795577415	6.66288584652	0.0345685252674	0.742088359041	1.14698074049	-0.565086988482	-0.315749366577	0.298915200151	-0.600290995304	-0.359167565964	0.304818103873	0.428949839412	-0.0859286068599	-0.16468403792	0.70333546286	0.00696172576124	0.792021584656	17.7681836016	0.0956815805867	-0.393120508456
15	2.53265172919	3.66853460633	-0.711788841936	5.68096974359	-0.446803398589	3.10248551292	-0.156355380825	-0.248343824525	0.797406656525	-0.171457932154	0.177360997739	0.0294856954006	-0.393275870603	0.254561649461	-0.0433383080174	0.400083813704	-0.0632189466313	-0.117716381067	0.669374961403	0.120858092897	0.747199118788	29.4497626182	7.17159809129	4.52706083181
16	1.25270661878	-0.123881053624	-1.3886656609	2.03085440276	-1.48596440854	2.93194854157	-0.078417197394	-0.0538966014358	0.722415216103	0.0825645562676	-0.129266521245	0.832154658781	-0.242281402119	-0.0965506318015	0.117270861928	0.358802739208	-0.166927189806	-0.0371230295284	0.727354637367	-0.0893827855163	0.982139203674	14.8547100648	-0.928185187545	13.5826700421
17	6.08839409747	-5.06337594446	1.04875720839	6.67350596237	-2.29514810171	2.81260369064	-0.266129241676	-0.609806692272	0.75202984561	1.64680522805	0.10261298077	-0.689913226206	-0.676600429519	0.562098903247	0.0587922193923	0.7297545476	-0.350608181553	-0.203063214867	0.879799145621	-0.0324884586188	1.02109228021	34.8743427852	2.08704545679	21.8826382212
18	2.46922309078	2.4038428128	-1.65095468616	4.18923050959	1.82187450185	7.58462857628	-0.134128879545	0.179920103891	-0.0597976534791	0.314094658722	-0.399238514922	0.619612535519	0.739440198419	-0.367756795415	0.490115245949	0.463908883043	-0.0900034211589	-0.179838247823	0.606626666282	-0.109006838781	0.94634740338	29.1304207639	-15.3993673495	10.5422471987
19	3.64427731545	1.93692014012	-1.03017337092	4.96975912387	-0.980392167929	1.89505451868	0.136544643719	-0.343245558806	-0.515062074864	0.340187456668	0.290966336299	-0.774764872801	0.186047659114	0.5614674052	-0.506225780041	0.536285717399	-0.0135579732947	-0.300280207826	0.739083032864	-0.0422682666536	1.08731552831	38.7010240178	-5.6968191997	16.1186067325
20	4.1449688095	2.1073455037	-2.40172063463	1.94140141391	-1.18153953525	1.66740704426	0.199831689969	-0.137748195536	-0.114473737507	-0.0347400674498	-0.123038859689	-0.419450078406	0.262350367185	0.188042409483	0.0320469702931	0.415000731516	-0.11018948705	-0.220214913063	0.67759588059	-0.0227006951265	1.00508298225	40.8869066958	1.26644043572	7.89389701384

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 141 through 150 )	A	B	141 - 150	141 - 150
2	2	chain 'A' and (resid 151 through 165 )	A	B	151 - 165	151 - 165
3	3	chain 'A' and (resid 166 through 183 )	A	B	166 - 183	166 - 183
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 62 )	B	C	1 - 62	1 - 62
5	5	chain 'B' and (resid 63 through 133 )	B	C	63 - 133	63 - 133
6	6	chain 'B' and (resid 134 through 183 )	B	C	134 - 183	134 - 183
7	7	chain 'R' and (resid 1 through 10 )	R	A	1 - 10
8	8	chain 'R' and (resid 11 through 30 )	R	A	11 - 30
9	9	chain 'R' and (resid 31 through 80 )	R	A	31 - 80
10	10	chain 'R' and (resid 81 through 90 )	R	A	81 - 90
11	11	chain 'A' and (resid 1 through 21 )	A	B	1 - 21	1 - 21
12	12	chain 'A' and (resid 22 through 32 )	A	B	22 - 32	22 - 32
13	13	chain 'A' and (resid 33 through 52 )	A	B	33 - 52	33 - 52
14	14	chain 'A' and (resid 53 through 62 )	A	B	53 - 62	53 - 62
15	15	chain 'A' and (resid 63 through 78 )	A	B	63 - 78	63 - 78
16	16	chain 'A' and (resid 79 through 90 )	A	B	79 - 90	79 - 90
17	17	chain 'A' and (resid 91 through 100 )	A	B	91 - 100	91 - 100
18	18	chain 'A' and (resid 101 through 112 )	A	B	101 - 112	101 - 112
19	19	chain 'A' and (resid 113 through 125 )	A	B	113 - 125	113 - 125
20	20	chain 'A' and (resid 126 through 140 )	A	B	126 - 140	126 - 140

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)