PDB-9d9g: Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d9g

タイトル

Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2312

要素

Heat shock protein 90 homolog

キーワード

CHAPERONE / HSP90 nucleotide binding domain inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / filamentous growth / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / extracellular vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans SC5314 (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Final Title 'To Be Determined'
著者: Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d9g.cif.gz	239 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d9g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d9g_validation.pdf.gz	715.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d9g_full_validation.pdf.gz	720.2 KB	表示
XML形式データ	9d9g_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	9d9g_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d9eC 9d9fC 9d9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1135 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-Ray Diffraction data from Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2312, source of 9D9G structure

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.054, 74.054, 107.513
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-469- HOH
2	1	A-582- HOH
3	1	A-601- HOH

#1: タンパク質	Heat shock protein 90 homolog 分子量: 24910.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) 遺伝子: HSP90, CAALFM_C702030WA, CaJ7.0234, CaO19.13868, CaO19.6515 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46598
#2: 化合物	ChemComp-A1A24 / (1P)-3-amino-6-[({1-[(2R)-2-(2,4-difluorophenyl)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]piperidin-4-yl}amino)methyl]-1-(4-phenyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-6-yl)thieno[2,3-b]pyrazin-2(1H)-one 分子量: 725.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₃₇F₂N₉O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 18% PEG6000, 0.1M Cacodylates pH 6.9, 0.2 M Mg Acetate, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→26.893 Å / Num. obs: 34705 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 30.6
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.802 / Num. measured all: 4304 / Num. unique obs: 1625 / CC_1/2: 0.567 / R_pim(I) all: 0.545 / R_rim(I) all: 0.979 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→26.893 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.731 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1829	1744	5.034 %
R_work	0.1624	32901	-
all	0.163	-	-
obs	-	34645	99.492 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.714 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.232 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.232 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.464 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→26.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1692	0	53	276	2021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.973	1.868	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	1.783	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.719	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.063	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.098	10	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.36	10	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.13	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.506	1.646	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.504	1.645	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.05	2.947	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.048	2.95	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.044	1.871	958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.038	1.871	958
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.766	3.325	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.764	3.325	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.895	18.66	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.706	16.916	2158

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.68-1.723	0.296	129	0.285	2264	0.285	2531	0.937	0.943	94.5476	0.269
1.723-1.771	0.263	121	0.246	2291	0.247	2424	0.956	0.96	99.5049	0.22
1.771-1.822	0.194	122	0.202	2279	0.201	2401	0.975	0.975	100	0.169
1.822-1.877	0.218	112	0.175	2207	0.177	2319	0.973	0.98	100	0.142
1.877-1.939	0.189	112	0.168	2149	0.169	2261	0.978	0.982	100	0.137
1.939-2.006	0.182	113	0.165	2070	0.166	2183	0.98	0.983	100	0.134
2.006-2.082	0.189	106	0.155	2001	0.157	2107	0.977	0.985	100	0.128
2.082-2.166	0.159	102	0.15	1939	0.15	2041	0.984	0.987	100	0.127
2.166-2.262	0.193	98	0.152	1862	0.154	1961	0.974	0.986	99.949	0.128
2.262-2.371	0.157	91	0.142	1784	0.143	1875	0.984	0.988	100	0.119
2.371-2.498	0.179	93	0.149	1712	0.151	1805	0.982	0.986	100	0.126
2.498-2.649	0.167	84	0.155	1613	0.156	1697	0.982	0.986	100	0.129
2.649-2.83	0.176	82	0.154	1531	0.155	1615	0.982	0.986	99.8762	0.131
2.83-3.053	0.161	76	0.141	1416	0.142	1493	0.981	0.987	99.933	0.123
3.053-3.341	0.18	68	0.142	1331	0.144	1400	0.979	0.987	99.9286	0.127
3.341-3.728	0.16	64	0.142	1213	0.143	1279	0.986	0.988	99.8436	0.133
3.728-4.291	0.176	58	0.139	1073	0.141	1133	0.984	0.988	99.8235	0.131
4.291-5.222	0.154	48	0.144	933	0.145	985	0.983	0.989	99.5939	0.14
5.222-7.249	0.208	39	0.228	747	0.227	786	0.978	0.973	100	0.216
7.249-26.893	0.225	26	0.216	486	0.217	512	0.944	0.966	100	0.204

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.3281 Å / Origin y: -30.3712 Å / Origin z: -0.6719 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0102 Å²	0.0074 Å²	0.0066 Å²	-	0.0106 Å²	0.0155 Å²	-	-	0.0273 Å²
L	0.4461 °²	-0.0736 °²	0.0223 °²	-	0.4348 °²	-0.007 °²	-	-	0.1234 °²
S	0.0453 Å °	0.0255 Å °	0.0023 Å °	-0.0176 Å °	0.0083 Å °	0.0193 Å °	-0.004 Å °	-0.0259 Å °	-0.0536 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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