PDB-9d9f: Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d9f

タイトル

Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2311

要素

Heat shock protein 90 homolog

キーワード

CHAPERONE / HSP90 nucleotide binding domain inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / filamentous growth / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / extracellular vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans SC5314 (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Final Title 'To Be Determined'
著者: Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d9f.cif.gz	114 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d9f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d9f_validation.pdf.gz	721.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d9f_full_validation.pdf.gz	728.3 KB	表示
XML形式データ	9d9f_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	9d9f_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d9eC 9d9gC 9d9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1134 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-Ray Diffraction data from Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2311, source of 9D9F structure

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.874, 73.874, 108.817
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-557- HOH
2	1	A-576- HOH
3	1	A-615- HOH

#1: タンパク質	Heat shock protein 90 homolog 分子量: 24910.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) 遺伝子: HSP90, CAALFM_C702030WA, CaJ7.0234, CaO19.13868, CaO19.6515 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46598
#2: 化合物	ChemComp-A1A26 / (1P)-3-amino-6-[({1-[(2S)-2-(2,4-difluorophenyl)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]piperidin-4-yl}amino)methyl]-1-(4-phenyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-6-yl)thieno[2,3-b]pyrazin-2(1H)-one 分子量: 725.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₃₇F₂N₉O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 18% PEG8000, 0.1M Cacodylates pH 6.5, 0.2 M MgAcetate, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54189 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54189 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30.56 Å / Num. obs: 31120 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 31 / Num. measured all: 395944
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.145 / Num. measured all: 6540 / Num. unique obs: 1651 / CC_1/2: 0.546 / R_pim(I) all: 0.635 / R_rim(I) all: 1.317 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
Aimless		データスケーリング
CrysalisPro		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→30.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.373 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	1480	5 %
R_work	0.1752	28121	-
all	0.176	-	-
obs	-	29601	99.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.642 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.642 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→30.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1695	0	53	283	2031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.016	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.247	1.862	2641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.781	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.597	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.481	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.88	10	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.132	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.119	0.2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.142	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.061	0.2	965
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.047	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.069	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.051	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.941	2.355	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.941	2.355	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.657	4.211	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.655	4.215	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.515	2.529	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.507	2.53	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.427	4.56	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.425	4.56	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.981	24.725	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.647	22.732	2172

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.334	108	0.276	2036	0.279	2149	0.927	0.941	99.7673	0.248
1.826-1.876	0.221	101	0.248	1982	0.246	2083	0.969	0.957	100	0.208
1.876-1.93	0.252	102	0.22	1935	0.222	2037	0.96	0.966	100	0.18
1.93-1.989	0.217	100	0.216	1863	0.216	1963	0.969	0.967	100	0.178
1.989-2.054	0.234	95	0.198	1838	0.2	1933	0.956	0.973	100	0.163
2.054-2.126	0.196	95	0.18	1767	0.18	1862	0.974	0.979	100	0.15
2.126-2.206	0.178	86	0.169	1684	0.169	1770	0.98	0.982	100	0.135
2.206-2.295	0.23	91	0.171	1655	0.174	1746	0.969	0.981	100	0.139
2.295-2.397	0.174	81	0.162	1591	0.163	1672	0.979	0.983	100	0.131
2.397-2.513	0.195	80	0.17	1508	0.172	1588	0.974	0.981	100	0.138
2.513-2.648	0.191	76	0.158	1450	0.159	1526	0.976	0.984	100	0.128
2.648-2.807	0.183	72	0.172	1379	0.173	1451	0.977	0.982	100	0.142
2.807-2.999	0.166	69	0.153	1297	0.154	1366	0.981	0.985	100	0.128
2.999-3.237	0.187	65	0.149	1216	0.151	1282	0.977	0.986	99.922	0.128
3.237-3.542	0.187	57	0.155	1128	0.157	1186	0.979	0.985	99.9157	0.137
3.542-3.954	0.193	55	0.155	1023	0.157	1078	0.979	0.986	100	0.14
3.954-4.552	0.155	48	0.141	925	0.142	974	0.988	0.988	99.8973	0.128
4.552-5.545	0.166	42	0.16	790	0.16	832	0.987	0.987	100	0.143
5.545-7.716	0.236	33	0.233	642	0.233	675	0.973	0.966	100	0.209
7.716-30.56	0.263	23	0.215	412	0.218	435	0.933	0.964	100	0.201

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