PDB-9d9e: Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d9e

タイトル

Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2217

要素

Heat shock protein 90 homolog

キーワード

CHAPERONE / HSP90 nucleotide binding domain inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / filamentous growth / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / extracellular vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans SC5314 (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Final Title 'To Be Determined'
著者: Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d9e.cif.gz	266.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d9e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d9e_validation.pdf.gz	751.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d9e_full_validation.pdf.gz	759.8 KB	表示
XML形式データ	9d9e_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	9d9e_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d9fC 9d9gC 9d9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1133 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-Ray Diffraction data from Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2217, source of 9D9E structure

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Heat shock protein 90 homolog

B: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.806, 80.448, 121.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heat shock protein 90 homolog 分子量: 24910.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) 遺伝子: HSP90, CAALFM_C702030WA, CaJ7.0234, CaO19.13868, CaO19.6515 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46598
#2: 化合物	ChemComp-A1A27 / (1P)-3-amino-N-{1-[(2S)-2-(2,4-difluorophenyl)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]piperidin-4-yl}-2-oxo-1-(4-phenyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-6-yl)-1,2-dihydrothieno[2,3-b]pyrazine-6-carboxamide 分子量: 739.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₃₅F₂N₉O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 % / 解説: Flat morphology
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 24% PEG6000, 0.1M Cacodylates pH 6.2, 0.2 M Ca Acetate, 20% glycerol. Grew on fiber contaminant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→29.59 Å / Num. obs: 30512 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 168266
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.703 / Num. measured all: 9387 / Num. unique obs: 2201 / CC_1/2: 0.777 / R_pim(I) all: 0.381 / R_rim(I) all: 0.803 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
CrysalisPro		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→29.59 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	1456	4.78 %
R_work	0.1807	-	-
obs	0.1829	30439	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3338	0	62	293	3693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.26	4813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.226	1313
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	543
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.1	0.3193	150	0.2381	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.2983	140	0.2158	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.29	0.2679	138	0.1906	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.41	0.2468	166	0.1919	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.56	0.232	140	0.1893	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.75	0.2675	141	0.1887	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-3.03	0.226	122	0.1731	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.47	0.2098	162	0.1735	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-4.37	0.1924	143	0.1468	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-29.59	0.2031	154	0.1878	3072	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5303	-0.3744	-0.6883	3.0802	1.7835	3.5028	0.0484	0.1253	-0.0656	-0.3773	-0.0438	-0.0626	-0.1796	0.0856	-0.0191	0.1245	0.0235	-0.0158	0.17	0.0495	0.1215	3.7409	12.3998	5.594
2	4.1965	-1.3902	-0.326	3.8249	0.8291	2.6533	-0.1574	-0.0688	-0.1031	0.049	0.095	0.0939	-0.0137	-0.0508	0.0645	0.078	-0.0174	0.0305	0.1098	0.0439	0.104	0.4997	12.3646	17.3276
3	5.7394	-2.5336	-3.9805	8.2496	0.119	9.7568	-0.2651	0.2754	-0.2382	-0.042	0.04	0.2855	0.0053	0.0382	0.1318	0.166	0.0241	0.0083	0.2967	0.0626	0.2268	7.4699	16.8829	-5.5543
4	2.9938	0.2632	-0.4229	1.6805	-0.2071	2.9297	-0.0346	0.1034	-0.2936	-0.1008	-0.0506	-0.1057	0.2406	0.168	0.0659	0.121	0.0243	-0.0028	0.128	0.0094	0.1402	5.3094	6.5827	13.1547
5	3.6437	0.4151	0.5815	3.8518	-2.0554	7.659	0.0122	0.0669	0.6427	-0.1927	-0.3915	-1.4519	0.268	0.675	0.3471	0.1397	-0.0587	-0.0117	0.2177	0.044	0.3436	13.7692	16.1828	21.5762
6	1.2653	0.0036	0.3047	2.0741	0.5004	3.0197	-0.0343	-0.2338	0.1604	0.4302	0.0354	-0.0794	-0.4372	0.025	-0.0001	0.3842	0.0246	-0.0534	0.1635	-0.0049	0.1895	10.075	9.7547	50.0363
7	4.7886	2.6046	0.1513	4.2141	-0.5622	2.99	-0.0024	-0.1085	0.1468	0.2646	0.0863	0.149	-0.3098	-0.228	-0.0937	0.1973	0.0653	-0.0272	0.1281	0.02	0.1429	3.4628	8.6817	39.1313
8	3.5181	-0.4632	2.3198	2.0238	-1.0448	3.5616	-0.1803	-0.229	0.1561	0.4702	0.0525	-0.2143	-0.7672	0.0074	0.1145	0.4031	0.0158	-0.0059	0.176	-0.0415	0.2159	12.9005	11.063	54.2785
9	3.261	-1.647	-0.7984	5.0315	2.6251	6.7439	-0.087	-0.2417	0.2785	0.3818	0.1808	0.1237	-0.7839	-0.5285	0.0066	0.3513	0.1316	0.0366	0.2834	0.0184	0.2228	-3.2625	14.9089	42.906
10	3.6083	0.7722	-0.5412	1.709	0.5869	3.8716	-0.056	0.1186	0.255	0.2375	0.055	-0.1605	-0.506	0.4948	-0.0151	0.2668	-0.051	-0.0628	0.1835	0.0439	0.2109	17.1749	14.3709	36.4422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 201 through 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 54 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 55 through 100 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 101 through 142 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 143 through 172 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 173 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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