PDB-9d9d: Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d9d

タイトル

Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2216

要素

Heat shock protein 90 homolog

キーワード

CHAPERONE / HSP90 nucleotide binding domain inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / filamentous growth / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / extracellular vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans SC5314 (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain complexes Final Title 'To Be Determined'
著者: Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/9d9d	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1132 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-Ray Diffraction data from Candida albicans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BRI2216, source of 9D9D structure

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Heat shock protein 90 homolog

B: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein 90 homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock protein 90 homolog

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.041, 74.041, 108.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw

#1: タンパク質	Heat shock protein 90 homolog 分子量: 24910.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) 遺伝子: HSP90, CAALFM_C702030WA, CaJ7.0234, CaO19.13868, CaO19.6515 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46598
#2: 化合物	ChemComp-A1A28 / (1P)-3-amino-N-{1-[(2R)-2-(2,4-difluorophenyl)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]piperidin-4-yl}-2-oxo-1-(4-phenyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-6-yl)-1,2-dihydrothieno[2,3-b]pyrazine-6-carboxamide 分子量: 739.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₃₅F₂N₉O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21% PEG6000, 0.1M Cacodylates pH 6.6, 0.2 M Ca Acetate, 20% glycerol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→28.3 Å / Num. obs: 37948 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.16 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 320744
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.04 / Num. measured all: 16461 / Num. unique obs: 2797 / CC_1/2: 0.52 / R_pim(I) all: 0.469 / R_rim(I) all: 1.145 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
Aimless		データスケーリング
CrysalisPro		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→28.29 Å / SU ML: 0.2958 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.3761
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	1728	5 %
R_work	0.2183	32854	-
obs	0.2207	34582	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→28.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3379	0	53	196	3628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	3609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0344	4895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	637
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0483	1343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.15	0.3548	131	0.3033	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.15-2.22	0.3474	137	0.2817	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.22-2.3	0.3229	117	0.2616	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.3-2.39	0.2355	135	0.2486	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.39-2.5	0.2736	150	0.2399	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.5-2.63	0.2923	134	0.2466	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.63-2.8	0.2891	169	0.236	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.2841	142	0.2218	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.2835	127	0.2104	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.79	0.2261	148	0.1857	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.8-4.78	0.2193	167	0.1707	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.78-28.29	0.2763	171	0.2196	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.48206447215	0.296184425194	0.290368697834	1.68442626134	0.407668235297	1.31827923324	-0.315323733351	0.109991056857	0.240862115277	-0.367411952193	0.134466507181	0.829386771227	-0.196605653559	0.0939230874723	0.0522371213776	0.36449196301	-0.117306513462	-0.115304989538	0.147376392981	-0.00982246955682	0.487726963417	6.59076962532	-20.8889295151	-0.895615248286
2	1.55799517379	-0.977423229147	0.0155224698088	0.788262238111	0.662991168284	2.53242921522	0.0819970243842	0.172655548186	0.5452229221	-0.502666888247	-0.352560133099	0.588973049401	-0.583935419208	-0.392691011994	0.0729567314117	0.369380216617	0.126627960702	-0.0543154570617	0.23235208509	-0.209520411167	1.16153337777	-3.75217487726	-17.6467909181	2.08060775233
3	5.03421289264	0.0349872890092	0.917128591799	8.51510606975	-2.16063898767	7.05680639835	0.211050740979	-0.225400261179	-0.242193637287	0.184395116993	0.0768024443025	0.367436866787	0.329434732105	-0.427986967991	-0.157676286329	0.334746211194	-0.0908875724073	-0.045453212519	0.198496081864	0.0542652383282	0.436383581543	8.13710316542	-3.65066944997	-7.14713212117
4	0.82135821016	0.510578460327	0.22746937311	1.66939084834	0.362420944561	1.60078789809	-0.380348427816	0.199591464731	0.206765332861	-0.577331375503	0.155851030611	0.561946128597	-0.341910835254	0.129498662739	0.020297079	0.354520615162	-0.0805794799004	-0.0773846167122	0.138802309588	-0.0383273905795	0.47960666617	8.52347264803	-26.0725393475	-4.57784994686
5	6.28705543833	-1.68608868755	0.472619694719	3.60048777616	-0.196131839769	2.75577064959	-0.0903047247082	-0.736512614274	-0.219595826177	0.423268092149	-0.033783124953	0.577127722048	0.281425399043	0.0602252157635	0.0844202966312	0.265325101016	-0.00139678022591	0.101626257303	0.397400605211	0.127507013204	0.356079359423	-0.341351749768	-62.4184907233	8.07653736379
6	3.97071415406	-0.280640881712	2.50199569095	2.55462554525	-0.805498470879	2.11469284918	0.11272073747	0.180420973578	-0.323510573251	-0.251960129754	0.0385077048576	0.00944592921081	0.427520562302	0.228889888284	-0.102460542877	0.17417988143	0.0199659551709	-0.0148395040015	0.129296285177	-0.0262988229306	0.205529979063	9.92770964269	-56.9844041385	-9.31246658279
7	2.72637933101	-0.038712407113	-0.010623301255	1.77281687618	-0.353545685835	3.57207253135	-0.0566216842899	-0.0995463492477	0.236233936689	-0.254209342649	0.0206587886314	0.380506778046	-0.15097975153	0.0136699022598	0.0734404746345	0.167157640185	0.02495170759	-0.04191278459	0.0676494450673	-0.0448171453573	0.313276026478	4.77591058363	-47.977791471	-6.90470587853
8	6.3902605874	-3.08144673943	1.89125002241	3.86412024045	-0.388287659009	3.44569863295	-0.0547087197382	-0.0994287860492	-0.840150768174	-0.444692101868	0.00690572622817	1.00850387448	0.591410695708	-0.433265271163	-0.133189453296	0.412867215139	-0.0301611869728	-0.0482149629686	0.332319775	0.0679187018889	0.591767135562	1.96868281493	-70.7609952501	2.37581612347
9	1.58084471229	-1.26427747343	0.807018934603	4.47955411597	-1.77141317886	2.7865855831	-0.0262617700901	-0.233584832428	-0.332349143134	0.020856787073	0.103135212915	0.321233770853	0.272778121731	-0.0607616143029	-0.0638522477442	0.134409677588	0.00674982017939	-0.0187853148336	0.155821400319	0.0272485175732	0.268338965018	6.58863129872	-60.3783580112	3.43019062465
10	3.78771781596	0.300806811015	-1.95021977461	2.35448668852	0.377850821408	2.52813618718	-0.0971616045224	-0.06424068567	-0.11498205423	0.127565030111	-0.192979253935	0.667394675516	0.0474957754844	-0.271647407265	0.248889329332	0.179432989329	-0.00331561169787	-0.00621147157346	0.171895896907	-0.0490967207462	0.503759839862	-4.40588161677	-47.9213691948	-2.34455242753
11	2.6831984657	0.287049778506	0.265335191674	1.56516692122	-0.0817801748974	2.86995539986	-0.166731718732	-0.387859913063	0.125562953921	0.329295614881	0.0601737933179	-0.374713779041	-0.0825722392114	0.442586382579	0.0928244901768	0.174275137448	0.0200500396464	-0.0600051095727	0.263763076428	-0.0619518262568	0.279372042182	15.0899587764	-50.4968398409	5.47735359332
12	0.275460690706	0.663315161779	0.0589604219433	5.0456980407	1.59295453318	3.03728624717	-0.0774852103102	-0.15358831248	0.227549076928	0.367680499166	0.327449563335	-0.467784751301	0.132782583567	0.396227177793	-0.20660575613	0.0907094639365	0.0287278283154	-0.0165113896235	0.208737015959	-0.102395626466	0.301680537322	19.7257050362	-44.1413419753	-3.63031334622

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 82 )	A	A	4 - 82	1 - 79
2	2	chain 'A' and (resid 83 through 98 )	A	A	83 - 98	80 - 95
3	3	chain 'A' and (resid 99 through 123 )	A	A	99 - 123	96 - 120
4	4	chain 'A' and (resid 124 through 218 )	A	A	124 - 218	121 - 215
5	5	chain 'B' and (resid 4 through 29 )	B	D	4 - 29	1 - 26
6	6	chain 'B' and (resid 30 through 54 )	B	D	30 - 54	27 - 51
7	7	chain 'B' and (resid 55 through 95 )	B	D	55 - 95	52 - 92
8	8	chain 'B' and (resid 96 through 112 )	B	D	96 - 112	93 - 109
9	9	chain 'B' and (resid 113 through 142 )	B	D	113 - 142	110 - 139
10	10	chain 'B' and (resid 143 through 172 )	B	D	143 - 172	140 - 169
11	11	chain 'B' and (resid 173 through 200 )	B	D	173 - 200	170 - 197
12	12	chain 'B' and (resid 201 through 218 )	B	D	201 - 218	198 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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