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- PDB-9d96: KIR3DL1 - HLA-B38-YHL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d96
タイトルKIR3DL1 - HLA-B38-YHL complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Epstein-Barr nuclear antigen 2
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Killer Immunoglobulin-like receptor Human Leucocyte Antigen Epstein Barr virus NK cell Immune complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / host cell nuclear matrix / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / DNA-templated viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / immune response-regulating signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I ...HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / host cell nuclear matrix / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / DNA-templated viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / immune response-regulating signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Epstein-Barr nuclear antigen 2 / Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhu, S. / Vivian, J. / Petersen, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ancient MHC class I molecule HLA-B*38:01 calibrates the immune system to protect against multiple sclerosis
著者: Ladell, K. / Zhu, S. / Kaufmann, M. / Vivian, J. / Petersen, J. / Fugger, L. / Rossjohn, J. / Price, D.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 2
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9697
ポリマ－78,3064
非ポリマー6643
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32340 Å2
手法PISA
2
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子

A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9697
ポリマ－78,3064
非ポリマー6643
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area32140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.346, 60.588, 63.288
Angle α, β, γ (deg.)95.060, 95.610, 106.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC class II antigen


分子量: 32029.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5FQ58
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / CD158 antigen-like family member E / HLA-BW4-specific inhibitory NK cell receptor / Natural killer- ...CD158 antigen-like family member E / HLA-BW4-specific inhibitory NK cell receptor / Natural killer-associated transcript 3 / NKAT-3 / p70 natural killer cell receptor clones CL-2/CL-11 / p70 NK receptor CL-2/CL-11


分子量: 33220.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR3DL1, CD158E, NKAT3, NKB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43629

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タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 95分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Epstein-Barr nuclear antigen 2 / EBNA-2 / EBV nuclear antigen 2


分子量: 1176.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: EBNA2, BYRF1 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P12978
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 3350, 2% Tacsimate, pH 5.0, and 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95364 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.97 Å / Num. obs: 25635 / % possible obs: 97.75 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 8.13
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.597 / CC star: 0.865

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→41.97 Å / SU ML: 0.3374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.0655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 1193 4.68 %
Rwork0.2008 24304 -
obs0.2026 25497 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5367 0 42 91 5500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51527582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20682026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50.34181250.28612722X-RAY DIFFRACTION97.2
2.5-2.610.2781360.27252650X-RAY DIFFRACTION96.84
2.61-2.750.29081380.25032691X-RAY DIFFRACTION97.42
2.75-2.920.2611370.24042671X-RAY DIFFRACTION97.64
2.92-3.140.27871350.22292740X-RAY DIFFRACTION98.43
3.14-3.460.26231180.20382711X-RAY DIFFRACTION98.33
3.46-3.960.22951350.19152718X-RAY DIFFRACTION97.61
3.96-4.990.20831390.15792674X-RAY DIFFRACTION98.12
4.99-41.970.19641300.18322727X-RAY DIFFRACTION98.42
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.9248318227 Å / Origin y: -56.2224245479 Å / Origin z: -29.9663711644 Å
111213212223313233
T0.218551447014 Å2-0.000702498215292 Å20.0143458991286 Å2-0.241688790448 Å2-0.00627475893115 Å2--0.234703201888 Å2
L0.0906722423482 °2-0.125678783363 °20.0917403212959 °2-0.426064483064 °2-0.247686204401 °2--0.425845120404 °2
S-0.0142170437244 Å °-0.0167906985921 Å °-0.00653787695685 Å °0.0445993268411 Å °0.024705913902 Å °-0.00739860657712 Å °-0.00791251647031 Å °-0.00250313915787 Å °4.15126237541E-7 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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