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- PDB-9d8z: Crystal structure of the ACVR1 (ALK2) Kinase Domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d8z
タイトルCrystal structure of the ACVR1 (ALK2) Kinase Domain in complex with inhibitor CDD-2282
要素Activin receptor type-1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / ALK2 / ACVR1
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity / smooth muscle cell differentiation ...endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity / smooth muscle cell differentiation / activin receptor complex / endocardial cushion formation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / pharyngeal system development / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / cellular response to BMP stimulus / negative regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor signaling pathway / embryonic heart tube morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / dorsal/ventral pattern formation / transforming growth factor beta binding / determination of left/right symmetry / neural crest cell migration / atrioventricular valve morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / SMAD binding / germ cell development / positive regulation of intracellular signal transduction / peptide hormone binding / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of ossification / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of signal transduction / positive regulation of osteoblast differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / apical part of cell / heart development / in utero embryonic development / cell differentiation / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Activin receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ta, H.M. / Kim, C. / Jimmidi, R. / Matzuk, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01-HD032067 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Discovery of highly potent and ALK2/ALK1 selective kinase inhibitors using DNA-encoded chemistry technology.
著者: Jimmidi, R. / Monsivais, D. / Ta, H.M. / Sharma, K.L. / Bohren, K.M. / Chamakuri, S. / Liao, Z. / Li, F. / Hakenjos, J.M. / Li, J.Y. / Mishina, Y. / Pan, H. / Qin, X. / Robers, M.B. / ...著者: Jimmidi, R. / Monsivais, D. / Ta, H.M. / Sharma, K.L. / Bohren, K.M. / Chamakuri, S. / Liao, Z. / Li, F. / Hakenjos, J.M. / Li, J.Y. / Mishina, Y. / Pan, H. / Qin, X. / Robers, M.B. / Sankaran, B. / Tan, Z. / Tang, S. / Vasquez, Y.M. / Wilkinson, J. / Young, D.W. / Palmer, S.S. / MacKenzie, K.R. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
履歴
登録2024年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-1
B: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,47514
ポリマ－75,4262
非ポリマー2,04912
水4,612256
1
A: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6436
ポリマ－37,7131
非ポリマー9305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8338
ポリマ－37,7131
非ポリマー1,1197
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.438, 71.205, 158.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Activin receptor type-1 / Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine- ...Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine-protein kinase receptor R1 / SKR1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I


分子量: 37713.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1, ACVRLK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1A3D / 1-[(1r,3r)-3-(methylcarbamoyl)cyclobutyl]-N-[(1-methylpiperidin-4-yl)methyl]-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-1,3-benzimidazole-6-carboxamide


分子量: 549.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H39N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.77 Å / Num. obs: 51695 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 8.2 % / Num. unique obs: 3643 / CC1/2: 0.361 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5049: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→43.77 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 2000 3.87 %
Rwork0.1889 --
obs0.1902 51695 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4849 0 130 256 5235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2251894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.35341410.33733502X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.31251410.30733496X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.31831410.27313491X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.28961400.25143497X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.140.2531410.23743510X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.230.2451420.22343514X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.330.27321420.20333527X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.22991420.19313536X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.610.21241430.18823548X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.22721410.18813520X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.090.21961450.18623598X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.540.21311430.17043566X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.460.19011460.14593616X-RAY DIFFRACTION100
4.46-43.770.20881520.18583774X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.12291.26273.23183.7494-1.23076.40750.23630.1302-0.44880.0085-0.13440.48440.6742-0.3839-0.03390.31630.00420.0160.3877-0.14220.3089-4.2381-5.945312.9082
23.41860.664-1.22432.15230.18485.99070.10050.65840.0004-0.0894-0.03560.2662-0.0521-0.8241-0.02370.25560.0597-0.04580.4509-0.10120.3076-1.709-1.54866.581
33.46-0.09230.14252.72941.20183.65250.14310.4194-0.0945-0.19530.0717-0.4659-0.22830.2291-0.18130.2793-0.00930.03490.3309-0.04670.305117.24641.91352.326
44.7187-1.1934-0.45588.46072.47256.2932-0.2927-0.46990.08820.26990.18980.6650.1308-0.02570.09850.3073-0.01690.00680.34380.05040.2662-7.891931.638443.5001
52.9161.7402-0.81993.8035-1.30064.58130.1629-0.05020.18760.1138-0.06110.20770.0710.0391-0.05710.21460.0312-0.00170.189-0.01940.2701-1.645433.295843.3135
61.07650.2756-0.94911.9972-0.39081.5264-0.03220.2089-0.0074-0.13410.0387-0.00110.0848-0.2682-0.00920.22530.0113-0.05770.2118-0.00340.20074.878537.023632.7826
71.6279-1.5918-1.6796.37390.01872.5864-0.1385-0.84870.40571.17880.2074-1.0548-0.03260.528-0.15090.49520.063-0.17320.4772-0.06320.428516.70736.957848.1424
82.4267-0.22070.83722.69040.09393.57260.18310.2913-0.0424-0.155-0.0054-0.41310.40090.4509-0.1050.27170.07170.00740.2702-0.03150.280621.492233.551727.2342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 203 through 254 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 255 through 301 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 302 through 499 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 193 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 220 through 273 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 274 through 352 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 353 through 376 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 377 through 499 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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