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- PDB-9d8b: High-resolution crystal structure of Vibrio cholerae NFeoB in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d8b
タイトルHigh-resolution crystal structure of Vibrio cholerae NFeoB in the GDP-bound form
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Feo / iron / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Lee, M. / Magante, K.D. / Smith, A.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133497 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1844624 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-resolution crystal structure of Vibrio cholerae NFeoB in the GDP-bound form
著者: Lee, M. / Magante, K.D. / Smith, A.T.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
C: Ferrous iron transport protein B
D: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,81615
ポリマ－117,3984
非ポリマー2,41711
水4,107228
1
A: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9774
ポリマ－29,3501
非ポリマー6273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8853
ポリマ－29,3501
非ポリマー5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0695
ポリマ－29,3501
非ポリマー7194
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8853
ポリマ－29,3501
非ポリマー5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.046, 59.024, 89.481
Angle α, β, γ (deg.)94.390, 92.980, 113.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Ferrous iron transport protein B


分子量: 29349.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: feoB_1, ERS013165_00117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655NVH2
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M bicine (pH 8.4), 0.2 M ammonium acetate, 0.003 M GDP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979361 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979361 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.818→32.645 Å / Num. obs: 85262 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 37.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.818→1.849 Å / Num. unique obs: 4302 / CC1/2: 0.452

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→30.83 Å / SU ML: 0.2844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.5775
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 4096 4.82 %
Rwork0.2029 80820 -
obs0.205 84916 93.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→30.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7817 0 154 228 8199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00838086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.122110932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06751279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01621386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.15041132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.840.33141210.38872649X-RAY DIFFRACTION88.05
1.84-1.860.39061320.38252694X-RAY DIFFRACTION90.46
1.86-1.890.39641490.35332803X-RAY DIFFRACTION94.71
1.89-1.910.33481370.31872845X-RAY DIFFRACTION94.88
1.91-1.940.33411360.31212810X-RAY DIFFRACTION94.24
1.94-1.960.32211480.29262832X-RAY DIFFRACTION94.9
1.96-1.990.32831380.27952805X-RAY DIFFRACTION94.84
1.99-2.020.32461360.27212861X-RAY DIFFRACTION95.02
2.02-2.060.31421570.26652811X-RAY DIFFRACTION94.85
2.06-2.090.31161430.25742876X-RAY DIFFRACTION95.36
2.09-2.130.3171470.24562827X-RAY DIFFRACTION95.26
2.13-2.170.2741290.23982861X-RAY DIFFRACTION95.19
2.17-2.220.28321410.25142794X-RAY DIFFRACTION94.68
2.22-2.260.27591260.24212742X-RAY DIFFRACTION91.08
2.26-2.320.27521370.22322825X-RAY DIFFRACTION94.97
2.32-2.370.28611800.22792799X-RAY DIFFRACTION94.96
2.37-2.440.26051260.2242812X-RAY DIFFRACTION93.69
2.44-2.510.27361500.232781X-RAY DIFFRACTION94.34
2.51-2.590.24031290.22692849X-RAY DIFFRACTION94.15
2.59-2.680.28741340.22762818X-RAY DIFFRACTION93.74
2.68-2.790.26451430.22662790X-RAY DIFFRACTION93.68
2.79-2.920.25261630.21142742X-RAY DIFFRACTION93.56
2.92-3.070.26931630.20112735X-RAY DIFFRACTION92.85
3.07-3.260.24011490.20222761X-RAY DIFFRACTION92.41
3.26-3.520.20551230.19252726X-RAY DIFFRACTION91.31
3.52-3.870.22661540.17452712X-RAY DIFFRACTION91.1
3.87-4.430.19311300.15682724X-RAY DIFFRACTION91.07
4.43-5.570.21121470.16592752X-RAY DIFFRACTION92.83
5.57-30.830.24051280.17412784X-RAY DIFFRACTION92.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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