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万見
- PDB-9d89: E. coli 50S ribosomal subunit in complex with PrAMP rumicidin-2 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d89
タイトルE. coli 50S ribosomal subunit in complex with PrAMP rumicidin-2 (focused refinement)
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 21
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 7
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Rumicidin-2 (12-27)
キーワードRIBOSOME / Proline-rich antimicrobial peptides / PrAMP / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to radiation / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to radiation / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type ...Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 ...: / (2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Beatragus hunteri (ヒロラダマリスクス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pichkur, E.B. / Panteleev, P.V. / Konevega, A.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Rumicidins are a family of mammalian host-defense peptides plugging the 70S ribosome exit tunnel.
著者: Pavel V Panteleev / Eugene B Pichkur / Roman N Kruglikov / Alena Paleskava / Olga V Shulenina / Ilia A Bolosov / Ivan V Bogdanov / Victoria N Safronova / Sergey V Balandin / Valeriya I Marina ...著者: Pavel V Panteleev / Eugene B Pichkur / Roman N Kruglikov / Alena Paleskava / Olga V Shulenina / Ilia A Bolosov / Ivan V Bogdanov / Victoria N Safronova / Sergey V Balandin / Valeriya I Marina / Tatiana I Kombarova / Olga V Korobova / Olga V Shamova / Alexander G Myasnikov / Alexander I Borzilov / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Alexey A Bogdanov / Olga A Dontsova / Andrey L Konevega / Tatiana V Ovchinnikova /
要旨: The antimicrobial resistance crisis along with challenges of antimicrobial discovery revealed the vital necessity to develop new antibiotics. Many of the animal proline-rich antimicrobial peptides ...The antimicrobial resistance crisis along with challenges of antimicrobial discovery revealed the vital necessity to develop new antibiotics. Many of the animal proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) inhibit the process of bacterial translation. Genome projects allowed to identify immune-related genes encoding animal host defense peptides. Here, using genome mining approach, we discovered a family of proline-rich cathelicidins, named rumicidins. The genes encoding these peptides are widespread among ruminant mammals. Biochemical studies indicated that rumicidins effectively inhibited the elongation stage of bacterial translation. The cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with one of the representatives of the family revealed that the binding site of rumicidins span the ribosomal A-site cleft and the nascent peptide exit tunnel interacting with its constriction point by the conservative Trp23-Phe24 dyad. Bacterial resistance to rumicidins is mediated by knockout of the SbmA transporter or modification of the MacAB-TolC efflux pump. A wide spectrum of antibacterial activity, a high efficacy in the animal infection model, and lack of adverse effects towards human cells in vitro make rumicidins promising molecular scaffolds for development of ribosome-targeting antibiotics.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
B: 50S ribosomal protein L35
C: 50S ribosomal protein L36
D: 23S rRNA
E: 5S rRNA
F: 50S ribosomal protein L2
G: 50S ribosomal protein L3
H: 50S ribosomal protein L4
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L17
K: Large ribosomal subunit protein uL23
L: 50S ribosomal protein L27
M: 50S ribosomal protein L32
f: 50S ribosomal protein L5
g: Large ribosomal subunit protein uL6
h: 50S ribosomal protein L9
i: Large ribosomal subunit protein uL13
j: 50S ribosomal protein L14
l: 50S ribosomal protein L16
n: 50S ribosomal protein L18
o: 50S ribosomal protein L19
p: Large ribosomal subunit protein bL20
q: 50S ribosomal protein L21
r: 50S ribosomal protein L22
t: Large ribosomal subunit protein uL24
u: Large ribosomal subunit protein bL25
w: 50S ribosomal protein L28
x: Large ribosomal subunit protein uL29
y: 50S ribosomal protein L30
T: Rumicidin-2 (12-27)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,280,905330
ポリマ－1,272,09431
非ポリマー8,811299
水77,6094308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 01BCFGHIJLMfhjlnoqrwy

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SME7
#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#4: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQU2
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1AGK6
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13505.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8419.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828UBL8
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8BX24
#17: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L9


分子量: 4028.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1NW45
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15196.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1PSA3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSG2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2KZD0
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#5: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 885064.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#6: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38483.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1815787944

-
Large ribosomal subunit protein ... , 7種, 7分子 Kgiptux

#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQV2
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR17
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA12
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T7Q7
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9LWC1
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 T

#31: タンパク質・ペプチド Rumicidin-2 (12-27)


分子量: 2008.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Beatragus hunteri (ヒロラダマリスクス)

-
非ポリマー , 5種, 4607分子

#32: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#35: 化合物 ChemComp-MS6 / (2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol / (S)-2-アミノ-4-(メチルチオ)ブタン-1-チオ-ル


分子量: 151.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13NS2
#36: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF ChimeraX1.7モデルフィッティング
12cryoSPARC3.3３次元再構成
13Servalcat0.4.77モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 1.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 8B0X

8b0x


Accession code: 8B0X / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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