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- PDB-9d7y: Crystal structure of scFv corresponding to human autoantibody b96.11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d7y
タイトルCrystal structure of scFv corresponding to human autoantibody b96.11
要素scFv corresponding to human autoantibody b96.11
キーワードIMMUNE SYSTEM / Autoantibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Buckle, A.M. / McGowan, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and dynamics of GAD65 in complex with an autoimmune polyendocrine syndrome type 2-associated autoantibody.
著者: Susanne H D Ständer / Cyril F Reboul / Sarah N Le / Daniel E Williams / Peter G Chandler / Mauricio G S Costa / David E Hoke / John D T Jimma / James Fodor / Gustavo Fenalti / Stuart I ...著者: Susanne H D Ständer / Cyril F Reboul / Sarah N Le / Daniel E Williams / Peter G Chandler / Mauricio G S Costa / David E Hoke / John D T Jimma / James Fodor / Gustavo Fenalti / Stuart I Mannering / Benjamin T Porebski / Peter Schofield / Daniel Christ / Malcolm Buckle / Sheena McGowan / Dominika Elmlund / Kasper D Rand / Ashley M Buckle /
要旨: The enzyme glutamate decarboxylase (GAD) produces the neurotransmitter GABA, using pyridoxal-5'-phosphate (PLP). GAD exists as two isoforms, GAD65 and GAD67. Only GAD65 acts as a major autoantigen, ...The enzyme glutamate decarboxylase (GAD) produces the neurotransmitter GABA, using pyridoxal-5'-phosphate (PLP). GAD exists as two isoforms, GAD65 and GAD67. Only GAD65 acts as a major autoantigen, frequently implicated in type 1 diabetes and other autoimmune diseases. Here we characterize the structure and dynamics of GAD65 and its interaction with the autoimmune polyendocrine syndrome type 2-associated autoantibody b96.11. Using hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX), X-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and computational approaches, we examine the conformational dynamics of apo- and holoGAD65 and the GAD65-autoantibody complex. HDX reveals local dynamics accompanying autoinactivation, with the catalytic loop promoting collective motions at the CTD-PLP domain interface. In the GAD65-b96.11 complex, heavy chain CDRs dominate the interaction, with a long CDRH3 bridging the GAD65 dimer via electrostatic interactions with the PEVKEKmotif. This bridging links structural elements controlling GAD65's conformational flexibility to its autoantigenicity. Thus, intrinsic dynamics, rather than sequence differences within epitopes, appear to be responsible for the contrasting autoantigenicities of GAD65 and GAD67. Our findings elucidate the structural and dynamic factors that govern the varying autoantibody reactivities of GAD65 and GAD67, offering a revised rationale for the autoimmune response to GAD65.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structure and dynamics of the autoantigen GAD65 in complex with the human autoimmune polyendocrine syndrome type 2-associated autoantibody b96.11
著者: Stander, S.H.D. / Reboul, C.F. / Le, S.N. / Williams, D.E. / Chandler, P.G. / Costa, M.G.S. / Hoke, D.E. / Jimma, J.D.T. / Fodor, J. / Fenalti, G. / Mannering, S.I. / Porebski, B.T. / ...著者: Stander, S.H.D. / Reboul, C.F. / Le, S.N. / Williams, D.E. / Chandler, P.G. / Costa, M.G.S. / Hoke, D.E. / Jimma, J.D.T. / Fodor, J. / Fenalti, G. / Mannering, S.I. / Porebski, B.T. / Schofield, P. / Christ, D. / Buckle, M. / McGowan, S. / Elmlund, D. / Rand, K.D. / Buckle, A.M.
履歴
登録2024年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: scFv corresponding to human autoantibody b96.11
B: scFv corresponding to human autoantibody b96.11
C: scFv corresponding to human autoantibody b96.11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3027
ポリマ－83,9183
非ポリマー3844
水2,828157
1
A: scFv corresponding to human autoantibody b96.11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1653
ポリマ－27,9731
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: scFv corresponding to human autoantibody b96.11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0692
ポリマ－27,9731
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: scFv corresponding to human autoantibody b96.11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0692
ポリマ－27,9731
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.544, 103.963, 85.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUVALVALAA1 - 2572 - 258
d_21GLUGLUVALVALBB1 - 2572 - 258
d_31GLUGLUSERSERCC1 - 1272 - 128
d_32ALAALAVALVALCC150 - 257151 - 258

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.529310793158, 0.0173995231744, -0.848249574618), (0.0216716666279, 0.999186199809, 0.0340187739016), (0.848151179397, -0.0363894861945, 0.528502963268)75.9491220777, 13.2296283517, -52.4041533939
2given(-0.473016962854, 0.0268311128504, -0.880644675357), (0.0346147338096, 0.999330418807, 0.0118547142535), (0.880373087421, -0.0248758000867, -0.473628991421)163.77929511, 31.5160042877, 73.0556116284

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要素

#1: 抗体 scFv corresponding to human autoantibody b96.11


分子量: 27972.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1(-) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The hanging drop contained 1 microliter of mother liquor combined with 1 microliter of 20 mg/mL b96.11 scFv protein solution. Crystals formed as shards within 24 hours at 293 K, with final ...詳細: The hanging drop contained 1 microliter of mother liquor combined with 1 microliter of 20 mg/mL b96.11 scFv protein solution. Crystals formed as shards within 24 hours at 293 K, with final crystals being selected from well conditions containing 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 2.5M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.77 Å / Num. obs: 26242 / % possible obs: 85.66 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 32.73 Å2 / CC1/2: 0.968 / CC star: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1372 / Net I/σ(I): 3.92
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 2526 / CC1/2: 0.362 / CC star: 0.729 / Rpim(I) all: 0.94 / % possible all: 70.06

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.77 Å / SU ML: 0.4245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.2931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 1806 7.73 %
Rwork0.2271 21571 -
obs0.2329 23377 86.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5343 0 20 157 5520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00955500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31597473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0728790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.009778
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.88154554133
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.902326567525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.38781100.32981307X-RAY DIFFRACTION68.79
2.67-2.750.42311210.33211433X-RAY DIFFRACTION76.51
2.75-2.840.42571240.31841510X-RAY DIFFRACTION79.94
2.84-2.940.39191230.30181526X-RAY DIFFRACTION81.07
2.94-3.060.3591330.27861547X-RAY DIFFRACTION81.71
3.06-3.20.36731300.2591617X-RAY DIFFRACTION86.36
3.2-3.360.31681490.24611679X-RAY DIFFRACTION87.93
3.37-3.580.30781350.22061805X-RAY DIFFRACTION93.99
3.58-3.850.261550.21151776X-RAY DIFFRACTION93.47
3.85-4.240.27721580.19221817X-RAY DIFFRACTION95.5
4.24-4.850.22381480.1661814X-RAY DIFFRACTION94.28
4.85-6.110.25241550.19661858X-RAY DIFFRACTION93.76
6.11-45.770.28511650.21531882X-RAY DIFFRACTION92.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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