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- PDB-9d75: Human p38alpha MAP Kinase in complex with 1-(Cyclohexylmethyl)-1H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d75
タイトルHuman p38alpha MAP Kinase in complex with 1-(Cyclohexylmethyl)-1H-indazole derivative; OSF346
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / P38 / KINASE / INHIBITOR / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / stress-activated protein kinase signaling cascade / CD163 mediating an anti-inflammatory response / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA ...positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / stress-activated protein kinase signaling cascade / CD163 mediating an anti-inflammatory response / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / : / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Platelet sensitization by LDL / NFAT protein binding / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / fatty acid oxidation / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of hippo signaling / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / skeletal muscle tissue development / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / p38MAPK events / signal transduction in response to DNA damage / striated muscle cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / stem cell differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / platelet activation / cellular response to virus / response to insulin / positive regulation of protein import into nucleus / bone development / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell morphogenesis / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / transcription by RNA polymerase II / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-[3-(4-FLUOROPHENYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]PYRIDINE / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Benetik, S.F. / Roy, S.M. / Watterson, D.M. / Gobec, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Targeting Neuroinflammation and Cognitive Decline: First-in-Class Dual Butyrylcholinesterase and p38 alpha Mitogen-Activated Protein Kinase Inhibitors.
著者: Ferjancic Benetik, S. / Proj, M. / Knez, D. / Kosak, U. / Meden, A. / Krajsek, K. / Pislar, A. / Horvat, S. / Svajger, U. / Tesic, N. / Pulkrabkova, L. / Soukup, O. / Skarka, A. / Andrys, R. ...著者: Ferjancic Benetik, S. / Proj, M. / Knez, D. / Kosak, U. / Meden, A. / Krajsek, K. / Pislar, A. / Horvat, S. / Svajger, U. / Tesic, N. / Pulkrabkova, L. / Soukup, O. / Skarka, A. / Andrys, R. / Brazzolotto, X. / Igert, A. / Nachon, F. / Dias, J. / Detka, J. / Gdula-Argasinska, J. / Wyska, E. / Szafarz, M. / Manik, A. / Plachtij, N. / Musilek, K. / Salat, K. / Obreza, A. / Gobec, S.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4413
ポリマ－39,7481
非ポリマー6942
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.906, 75.480, 78.923
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID- ...MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 39747.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1A2L / 1-(cyclohexylmethyl)-5-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-N-[2-(dimethylamino)ethyl]-1H-indazole-6-carboxamide


分子量: 454.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H32F2N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GG5 / 4-[3-(4-FLUOROPHENYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]PYRIDINE


分子量: 239.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10FN3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Ammonium Acetate, 0.1M BisTris (pH 5.5), 20% PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→42.02 Å / Num. obs: 22682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 47.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.13→2.2 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 2.17 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2178 / CC1/2: 0.653 / Rpim(I) all: 0.865 / Rrim(I) all: 2.399 / Χ2: 0.87 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→42.02 Å / SU ML: 0.2512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.5307
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 1155 5.1 %
Rwork0.2065 21473 -
obs0.2081 22628 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→42.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2708 0 51 65 2824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00372878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66463915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6587409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.230.33051360.29222650X-RAY DIFFRACTION99.93
2.23-2.340.3151360.26042639X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.490.23511310.25442642X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.680.30631330.25452662X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.950.27591450.22582676X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.380.29311480.2362673X-RAY DIFFRACTION100
3.38-4.260.19671530.18152712X-RAY DIFFRACTION100
4.26-42.020.20571730.17812819X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98603895255-0.861659551842-0.574880289271.29627921758-0.5141461230081.05543545096-0.189886585676-0.3002335619960.1045859324290.3975935367410.2174242456470.775632786663-0.665911911470.234868525413-0.0001645339620650.6583455710080.03611066583080.1205827216560.68088038790.140828500040.869680563035-17.22755193633.1168246931222.4043717367
20.864450573736-0.08358474551210.3754550851040.290744934875-0.2652160271880.444136970002-0.03114055574670.661970879677-1.064332989280.1059609572430.2202708877081.181219047220.396733045091-0.363126337908-0.002162691760040.4985150284330.03547750557640.08530013652440.4658891478350.1117438664050.75557522453-11.6539253474-5.9374664695621.656209882
32.373410546940.1719801811350.005308545599891.51370139724-1.123699709652.179794520220.175448033080.026372938228-0.09869881157370.172079881608-0.099142898280.129621810974-0.219491366269-0.005445497876510.0002851739134830.3686173171440.003451352583640.01204622226020.3087173607340.006681627571920.287794376933-5.116733059586.2954653621710.8056193416
41.823501749490.249187969897-1.213515395621.00531620046-1.943649855792.50666907969-0.1226400893490.36136415878-0.05876650081910.2597322849640.2612674651360.648137526417-0.476634633163-0.467710355783-0.01440561824440.4740867624470.0386986234804-0.03713263529790.4585734626260.0768760146380.586850890047-11.67390127393.8095376916715.5530296415
50.3028991801310.7965654697370.2464404972722.427723866630.6330197561160.183883582253-0.231441689659-0.04844802570930.0471861990750.3929797714140.236996393237-0.592988648671-0.404787884117-0.001131447812140.200048634811.10342807371-0.05143966244930.1303978273981.292358558850.2122513856040.67003714658511.1885419579-3.4186288422734.0773420647
61.875078675430.2190789485530.7405199930291.55193040077-0.09392791888361.422547226450.0963651617622-0.0263764487859-0.419435480603-0.0781342010347-0.1437497373150.006468335933320.252118800697-0.100529314054-0.0003206793314530.4029988427590.01020253899780.00589933501820.3916133988910.07061841012560.45039329724110.0307939424-3.6240214036417.4118242906
72.21943723235-1.83764248268-1.84437653163.156338997260.5750723724482.18105029377-0.363757365793-0.5707369542140.2375642168711.74488789059-0.1159831115510.713430859074-1.41551665769-0.732056875859-0.1511213751491.01512462042-0.0809686137736-0.1301694887050.6557478981870.06309321414990.6453679711117.382984181719.4935675904419.1818397848
81.875495156990.82428625447-0.5753334265331.246772182031.06410914281.241636659070.0966330302735-0.1013330798440.3257819340180.103045320291-0.06930894201620.148396563755-0.189733274332-0.0931044525851-0.0001476088285710.429227789098-0.04398168435530.01690580375010.4285198752050.05792884119330.40626160858318.468253635810.579172325820.0930542879
92.723910763680.2657424338580.3683277415832.22908228425-0.194739128341.26663883460.1552441347-0.206341973036-0.2023234425560.0535047573671-0.222296192346-0.614408574755-0.1157247065830.3996005378450.0007800056835410.482246602411-0.01469608831590.0303819589120.5731602538040.09612378907820.46130998333625.57159814214.5623967936115.638963625
101.60793808363-0.35463066271-1.119463281650.919444908323-0.6058362157013.129378603540.2418390920130.3237712065220.243513623347-0.433189792565-0.184040384550.243093545059-0.0139536906348-0.1412178218170.0002527307997260.4749279990090.0483591798676-0.1216015084180.5409148539490.01948480444560.458496521267-8.171763019497.904675150072.34774802563
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and resid 5:365 - 361 - 32
22chain A and resid 37:5237 - 5233 - 48
33chain A and resid 53:9053 - 9049 - 86
44chain A and resid 91:11491 - 11487 - 110
55chain A and resid 115:122115 - 122111 - 118
66chain A and resid 123:167123 - 167119 - 163
77chain A and resid 168:186168 - 186164 - 168
88chain A and resid 187:235187 - 235169 - 217
99chain A and resid 236:323236 - 323218 - 305
1010chain A and resid 324:353324 - 353306 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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