[日本語] English
万見
- PDB-9d71: Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d71
タイトルCrystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in complex with methotrexate (P1 form)
要素Prostaglandin reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Prostaglandin reductase 1 / methotrexate
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process ...leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / prostaglandin metabolic process / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Prostaglandin reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in complex with methotrexate (P1 form)
著者: Lovell, S. / Enayati, P. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin reductase 1
B: Prostaglandin reductase 1
C: Prostaglandin reductase 1
D: Prostaglandin reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,2387
ポリマ－143,8754
非ポリマー1,3633
水6,431357
1
A: Prostaglandin reductase 1
C: Prostaglandin reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8464
ポリマ－71,9372
非ポリマー9092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
2
B: Prostaglandin reductase 1
D: Prostaglandin reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3923
ポリマ－71,9372
非ポリマー4541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.356, 67.806, 84.762
Angle α, β, γ (deg.)70.62, 87.04, 84.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Prostaglandin reductase 1 / PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible ...PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible gene 1 protein / DIG-1 / Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase / NAD(P)H-dependent alkenal/one oxidoreductase


分子量: 35968.734 Da / 分子数: 4 / 断片: T4-A329 / 変異: A27S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGR1, LTB4DH / プラスミド: HosaA.00871.a.A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14914, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase, 2-alkenal reductase [NAD(P)+]
#2: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. HosaA.00871.a.A2.PW39298 at 16.1 mg/mL. His tag removed with 3C protease. 2mM ...詳細: Morpheus A1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. HosaA.00871.a.A2.PW39298 at 16.1 mg/mL. His tag removed with 3C protease. 2mM methotrexate added to the protein prior to crystallization. Plate 14264 well A1 drop 2, Puck: PSL0116, Cryo: Direct.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月4日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.19 Å / Num. obs: 87261 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 309181
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Num. measured all: 17196 / Num. unique obs: 4722 / CC1/2: 0.793 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 0.738 / Χ2: 0.64 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5421精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.19 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 4385 5.03 %
Rwork0.2124 --
obs0.2144 87233 91.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10004 0 99 357 10460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54513971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1863853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041799
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.37871600.32862923X-RAY DIFFRACTION97
2.02-2.050.32721740.3092908X-RAY DIFFRACTION97
2.05-2.060.3376650.3171437X-RAY DIFFRACTION88
2.07-2.10.33291480.30652451X-RAY DIFFRACTION94
2.1-2.130.31931520.29052940X-RAY DIFFRACTION97
2.13-2.150.36691610.29142869X-RAY DIFFRACTION97
2.15-2.190.32661390.28382978X-RAY DIFFRACTION97
2.19-2.220.34551480.2882922X-RAY DIFFRACTION97
2.22-2.250.28741120.29562078X-RAY DIFFRACTION69
2.25-2.290.36981510.28672925X-RAY DIFFRACTION97
2.29-2.330.37011580.28532934X-RAY DIFFRACTION97
2.33-2.370.29791300.27532868X-RAY DIFFRACTION96
2.37-2.420.29551520.2562946X-RAY DIFFRACTION97
2.42-2.470.28121690.26412928X-RAY DIFFRACTION98
2.47-2.520.27511720.27092924X-RAY DIFFRACTION98
2.52-2.580.31351720.26632959X-RAY DIFFRACTION98
2.58-2.640.32411470.26612935X-RAY DIFFRACTION98
2.64-2.710.2965940.25961812X-RAY DIFFRACTION60
2.71-2.790.29221560.26912934X-RAY DIFFRACTION98
2.79-2.880.31631700.27462928X-RAY DIFFRACTION98
2.88-2.990.30131800.25522934X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.110.291430.24462967X-RAY DIFFRACTION98
3.11-3.250.34431500.23582986X-RAY DIFFRACTION98
3.25-3.420.27081380.23372874X-RAY DIFFRACTION97
3.45-3.630.22351100.21182526X-RAY DIFFRACTION97
3.63-3.910.24481310.18952217X-RAY DIFFRACTION74
3.91-4.310.17051620.16042896X-RAY DIFFRACTION96
4.31-4.930.18191440.14472884X-RAY DIFFRACTION96
4.93-6.210.20711340.16393025X-RAY DIFFRACTION99
6.21-48.190.19581630.15422940X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る