PDB-9d6z: Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d6z

タイトル

Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in complex with methotrexate (Orthorhombic C form)

要素

Prostaglandin reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Prostaglandin reductase 1 / methotrexate

機能・相同性

機能・相同性情報

leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in complex with methotrexate (Orthorhombic C form)
著者: Enayati, P. / Lovell, S. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d6z.cif.gz	278.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d6z.ent.gz	223.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d6z_validation.pdf.gz	959.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d6z_full_validation.pdf.gz	960.8 KB	表示
XML形式データ	9d6z_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	9d6z_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d6z	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin reductase 1

B: Prostaglandin reductase 1

ヘテロ分子

77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.473, 98.209, 174.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-558- HOH
2	1	B-794- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Prostaglandin reductase 1 / PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible ...PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible gene 1 protein / DIG-1 / Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase / NAD(P)H-dependent alkenal/one oxidoreductase 分子量: 37959.938 Da / 分子数: 2 / 断片: T4-A329 / 変異: A27S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGR1, LTB4DH / プラスミド: HosaA.00871.a.A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14914, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase, 2-alkenal reductase [NAD(P)+]

#1: タンパク質

Prostaglandin reductase 1 / PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible ...

分子量: 37959.938 Da / 分子数: 2 / 断片: T4-A329 / 変異: A27S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGR1, LTB4DH / プラスミド: HosaA.00871.a.A2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14914, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase, 2-alkenal reductase [NAD(P)+]

-
非ポリマー , 5種, 670分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley B2: 30% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 400 mM Sodium chloride. HosaA.00871.a.A2.PW39298 at 16.1 mg/mL. His tag removed with 3C protease. 20 hour ...詳細: Berkeley B2: 30% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 400 mM Sodium chloride. HosaA.00871.a.A2.PW39298 at 16.1 mg/mL. His tag removed with 3C protease. 20 hour soak in 5mM methotrexate in crystallant. Plate01-Clover A2, Puck: PSL0602, Cryo: Direct.

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley B2: 30% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 400 mM Sodium chloride. HosaA.00871.a.A2.PW39298 at 16.1 mg/mL. His tag removed with 3C protease. 20 hour ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→49.1 Å / Num. obs: 79264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.181 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 1039140
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.574 / Num. measured all: 55882 / Num. unique obs: 4303 / CC_1/2: 0.658 / R_pim(I) all: 0.451 / R_rim(I) all: 1.639 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5421	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→47.27 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	4027	5.09 %
R_work	0.1662	-	-
obs	0.1676	79192	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5020	0	107	651	5778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.926	7117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.353	1995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	795
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	918

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3795	132	0.335	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.3604	152	0.3216	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.3091	149	0.2857	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2952	126	0.2657	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2586	128	0.2235	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2316	140	0.2107	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2107	118	0.1907	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2316	123	0.1685	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2274	149	0.1649	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2022	165	0.1619	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2201	161	0.1576	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2075	127	0.1638	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.1983	138	0.1745	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2024	142	0.1792	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.233	144	0.1828	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.29	0.184	146	0.1723	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.35	0.1912	150	0.1476	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.1798	144	0.1466	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.5	0.1981	160	0.1424	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.58	0.1717	132	0.1481	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.69	0.1756	117	0.1497	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.81	0.2049	119	0.1578	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.96	0.1867	125	0.1639	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.14	0.1715	143	0.1682	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.39	0.1737	139	0.1572	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.73	0.1679	147	0.1502	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.27	0.1478	127	0.1377	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-5.37	0.1528	140	0.1352	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.37-47.27	0.2166	144	0.1928	2778	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0594	0.4774	-1.4223	0.8047	-0.7964	4.416	-0.0414	-0.0257	-0.0925	-0.0328	0.067	-0.0402	0.3619	-0.0165	-0.0048	0.1333	0.0002	-0.0301	0.1195	-0.0008	0.133	15.2445	-1.9092	-21.2353
2	2.6318	3.0997	2.514	4.2493	4.4166	5.9425	0.1607	-0.2302	-0.2372	0.329	0.2313	-0.3715	0.2292	0.1593	-0.3354	0.2337	0.0173	0.0396	0.3065	0.0189	0.2107	16.5406	2.3422	-6.445
3	4.844	2.5537	-1.5442	3.2731	-0.57	1.9512	0.0866	-0.1263	0.1055	0.1584	-0.0632	-0.0301	-0.0233	-0.0059	-0.0168	0.1406	0.0185	-0.0093	0.0889	-0.0086	0.0964	32.3688	17.0659	-12.7973
4	3.304	-0.069	2.2831	2.5531	0.0036	7.6479	-0.0305	-0.082	0.1295	0.1129	0.2137	0.2613	-0.3171	-0.5342	-0.1801	0.1574	0.0081	0.0297	0.1114	0.0545	0.1946	30.2401	27.2914	-18.8683
5	2.66	-0.179	0.4248	3.242	-0.0645	2.2768	-0.0515	0.165	0.217	-0.0754	-0.0048	-0.144	-0.1238	0.0401	0.0462	0.1276	-0.005	0.0085	0.0863	0.0167	0.1231	41.2137	22.6575	-24.8899
6	1.2993	0.022	0.4256	0.3937	-0.0025	0.5411	-0.0242	-0.0212	-0.0194	0.0672	-0.0049	-0.0106	0.0233	-0.0499	0.0287	0.1937	-0.0043	0.0108	0.1346	-0.0014	0.1668	29.6752	12.3053	-19.4851
7	1.2934	0.3832	0.6646	1.0727	0.2225	1.9226	-0.0434	-0.0614	0.0649	0.0505	0.0051	-0.091	-0.2833	0.0859	0.051	0.1359	-0.0113	0.0116	0.1238	0.0066	0.1517	80.7136	17.1319	-29.6429
8	1.5455	0.0735	-0.4283	0.4906	0.003	0.4658	0.0045	-0.0114	-0.0997	0.0284	-0.0243	-0.0062	0.0417	0.0227	-0.0083	0.151	0.0002	-0.0132	0.1165	0.0152	0.1563	62.5856	-0.4594	-25.328

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 185 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 243 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 244 through 329 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 113 through 329 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)