PDB-9d6x: Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d6x

タイトル

Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in complex with methotrexate (Monoclinic P form)

要素

Prostaglandin reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Prostaglandin reductase 1 / methotrexate

機能・相同性

機能・相同性情報

leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Human Prostaglandin reductase 1 (PTGR1) in complex with methotrexate (Monoclinic P form)
著者: Lovell, S. / Enayati, P. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d6x.cif.gz	518.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d6x.ent.gz	425.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9d6x_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d6x_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9d6x_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	9d6x_validation.cif.gz	74.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d6x	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin reductase 1

B: Prostaglandin reductase 1

C: Prostaglandin reductase 1

D: Prostaglandin reductase 1

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prostaglandin reductase 1

B: Prostaglandin reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Prostaglandin reductase 1

D: Prostaglandin reductase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.273, 83.863, 98.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Prostaglandin reductase 1 / PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible ...PRG-1 / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / Dithiolethione-inducible gene 1 protein / D3T-inducible gene 1 protein / DIG-1 / Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase / NAD(P)H-dependent alkenal/one oxidoreductase 分子量: 37959.938 Da / 分子数: 4 / 断片: T4-A329 / 変異: A27S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGR1, LTB4DH / プラスミド: HosaA.00871.a.A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14914, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase, 2-alkenal reductase [NAD(P)+]
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE 分子量: 454.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley A12: 35% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 10% (v/v) 2-Propanol. HosaA.00871.a.A2.PW39293 at 24.7 mg/mL. 2mM methotrexate added to the protein prior to ...詳細: Berkeley A12: 35% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 10% (v/v) 2-Propanol. HosaA.00871.a.A2.PW39293 at 24.7 mg/mL. 2mM methotrexate added to the protein prior to crystallization. Plate 14259 well A12 drop 2, Puck: PSL0103, Cryo: Direct.

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley A12: 35% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes free acid/ Sodium hydroxide pH 7.5, 10% (v/v) 2-Propanol. HosaA.00871.a.A2.PW39293 at 24.7 mg/mL. 2mM methotrexate added to the protein prior to ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.14 Å / Num. obs: 105715 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.125 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 727429
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.07 / Num. measured all: 34597 / Num. unique obs: 5140 / CC_1/2: 0.742 / R_pim(I) all: 0.445 / R_rim(I) all: 1.16 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5421	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→45.14 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	5277	4.99 %
R_work	0.1837	-	-
obs	0.1853	105675	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10008	0	135	507	10650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10374
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.721	14050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.531	3896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.2782	177	0.2711	3274	X-RAY DIFFRACTION	98
1.97-2	0.3223	165	0.2618	3322	X-RAY DIFFRACTION	98
2-2.02	0.285	170	0.2374	3337	X-RAY DIFFRACTION	98
2.02-2.05	0.2746	197	0.2266	3271	X-RAY DIFFRACTION	98
2.05-2.07	0.2668	170	0.2287	3268	X-RAY DIFFRACTION	98
2.07-2.1	0.2977	190	0.227	3363	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1-2.13	0.2432	182	0.2227	3264	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.16	0.2518	190	0.2072	3331	X-RAY DIFFRACTION	98
2.16-2.2	0.2221	153	0.1987	3359	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2-2.23	0.2375	208	0.1909	3263	X-RAY DIFFRACTION	98
2.23-2.27	0.2516	174	0.1941	3334	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.31	0.2609	163	0.198	3330	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.36	0.2209	174	0.1886	3339	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.4	0.2417	182	0.1786	3330	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4-2.46	0.2081	162	0.1806	3365	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.51	0.2405	178	0.1817	3331	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.58	0.2618	199	0.1873	3327	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.65	0.2323	176	0.191	3364	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.72	0.2529	122	0.2016	3400	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.81	0.2442	179	0.2025	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.81-2.91	0.2095	153	0.1926	3385	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-3.03	0.2088	236	0.1931	3304	X-RAY DIFFRACTION	99
3.03-3.17	0.255	184	0.1928	3364	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-3.33	0.2252	210	0.2004	3351	X-RAY DIFFRACTION	99
3.33-3.54	0.2183	123	0.1859	3390	X-RAY DIFFRACTION	99
3.54-3.82	0.2199	228	0.1681	3328	X-RAY DIFFRACTION	98
3.82-4.2	0.1634	175	0.1543	3322	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2-4.81	0.1472	135	0.1446	3457	X-RAY DIFFRACTION	99
4.81-6.05	0.176	151	0.1689	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-45.14	0.1976	171	0.1824	3486	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7893	1.2268	0.7989	3.6834	1.2637	1.8321	-0.0795	0.5568	0.4074	-0.4469	-0.0307	-0.0263	-0.2847	0.1041	0.0963	0.2854	0.001	0.0253	0.4538	0.0806	0.2812	-9.0009	9.1696	-20.2813
2	3.0706	-0.2929	0.9575	0.9385	-0.2063	1.2205	0.0326	0.0624	-0.1884	-0.0673	0.0198	0.069	0.0772	0.0056	-0.0463	0.2336	0.0042	0.0145	0.2247	-0.0105	0.2062	-32.1749	-0.6644	-4.8305
3	3.2178	-1.0564	-0.9789	3.0413	3.0578	5.9011	-0.0925	0.1891	-0.0155	-0.0043	0.0661	-0.0751	0.1339	0.4222	0.0254	0.2261	-0.0286	-0.0058	0.3081	0.0042	0.2152	-14.1619	2.8594	-6.4451
4	3.8035	-1.036	-1.2894	3.4719	1.5127	2.4755	-0.1453	-0.2448	-0.2772	0.5055	0.0496	0.0617	0.2766	-0.0558	0.098	0.2672	-0.0196	-0.0095	0.2473	0.0092	0.2898	-75.351	-0.0824	-6.3864
5	2.6303	-0.1754	0.0199	1.1328	-0.3008	1.3673	0.0031	0.5363	0.1893	-0.0739	-0.0872	-0.0653	-0.0443	0.1327	0.0834	0.233	-0.005	-0.0192	0.3463	0.0359	0.223	-53.9721	12.5679	-23.4819
6	3.9588	-0.0264	0.698	0.8312	0.114	1.0216	0.0196	0.1289	0.0339	0.1206	-0.0644	0.0956	-0.0463	-0.0126	0.0425	0.294	0.0034	0.0125	0.2635	0.0188	0.2226	-60.8298	8.048	-16.6635
7	2.6243	0.6272	0.6896	4.2528	1.6096	2.5935	-0.0785	0.3858	0.0726	-0.6743	0.0496	0.0959	-0.2348	-0.099	0.0176	0.2913	-0.0037	0.0208	0.3827	-0.0135	0.2923	-73.0972	-23.8416	-42.8831
8	6.0083	-0.2376	2.1312	1.643	-1.0591	3.2036	-0.0089	0.0566	-0.365	0.0228	-0.0791	0.0813	0.1208	0.0627	0.0962	0.2666	-0.0512	0.0406	0.2682	-0.0835	0.2749	-56.8966	-39.9943	-32.4368
9	3.7834	0.1989	-1.3907	0.8065	-0.4252	1.7198	0.0703	-0.2709	-0.0366	0.0405	-0.0813	0.0097	-0.0399	0.1813	0.0124	0.2572	-0.0408	0.0161	0.2865	-0.0244	0.2182	-47.11	-32.6443	-25.4428
10	3.7783	-0.9563	-0.3814	5.2934	0.5734	1.5075	-0.0387	0.1605	-0.1461	-0.0435	-0.0333	0.2991	0.0593	-0.1697	0.0814	0.2424	-0.058	0.0085	0.2889	-0.0587	0.2905	-67.7772	-34.2988	-32.0164
11	3.3655	-1.0678	-0.8701	3.6238	1.5357	2.2391	-0.1778	-0.5554	-0.3996	0.3898	0.0258	-0.0298	0.1977	0.1117	0.1572	0.2421	-0.0296	-0.0008	0.483	0.0827	0.3078	-6.3633	-33.1802	-28.8132
12	4.5318	-0.1285	-0.3531	1.0585	0.2162	1.5377	0.0596	0.3127	0.4556	-0.0302	0.0055	-0.0048	-0.0748	-0.0785	-0.0667	0.2263	-0.0405	0.0023	0.3111	0.0358	0.2311	-28.6467	-22.0246	-45.1788
13	4.0009	0.9783	-0.0996	0.7415	0.0289	0.5933	-0.0136	0.1139	-0.1315	0.0365	0.0567	-0.1293	-0.0067	0.0302	-0.0522	0.2705	0.0066	-0.0107	0.3469	-0.0004	0.2014	-19.5243	-28.2149	-41.6652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 112 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 277 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 278 through 329 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 112 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 113 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 246 through 329 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 113 through 164 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 165 through 276 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 277 through 329 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 112 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 113 through 256 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 257 through 329 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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