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- PDB-9d6n: Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d6n
タイトルLoop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor
要素
  • DNA Primer
  • DNA Template
  • DNA polymerase theta
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Polymerase Theta / DNA Polymerase / Allosteric Inhibitor / Protein-DNA Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / mitochondrial nucleoid / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes ...double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / mitochondrial nucleoid / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / DNA helicase activity / base-excision repair / protein homooligomerization / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / site of double-strand break / double-strand break repair / damaged DNA binding / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / Domain of unknown function (DUF7898) / DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. ...: / : / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / Domain of unknown function (DUF7898) / DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Fried, W. / Chen, X.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM130889 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor
著者: Fried, W. / Chen, X.S.
履歴
登録2024年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase theta
E: DNA Template
F: DNA Primer
B: DNA polymerase theta
C: DNA Template
D: DNA Primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,62312
ポリマ－168,4596
非ポリマー2,1646
水5,549308
1
A: DNA polymerase theta
E: DNA Template
F: DNA Primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3116
ポリマ－84,2293
非ポリマー1,0823
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32350 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase theta
C: DNA Template
D: DNA Primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3116
ポリマ－84,2293
非ポリマー1,0823
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area32270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.119, 171.119, 118.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase theta / DNA polymerase eta


分子量: 72589.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLQ, POLH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75417, DNA helicase, DNA-directed DNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ECFD

#2: DNA鎖 DNA Template


分子量: 7372.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA Primer


分子量: 4266.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 314分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 化合物 ChemComp-A1A2C / 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate


分子量: 566.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25F7N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月10日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→92.39 Å / Num. obs: 75169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 55.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 3.956 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 7435 / CC1/2: 0.376 / Rpim(I) all: 0.883 / Rrim(I) all: 4.054 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Coot0.9.8.92モデル構築
DIALS3.8データ削減
DIALS3.8データスケーリング
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→92.32 Å / SU ML: 0.3644 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8805
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 3794 5.05 %
Rwork0.21 71360 -
obs0.2114 75154 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→92.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10004 1554 140 308 12006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002712079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52216644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.20154578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.460.34191540.31762587X-RAY DIFFRACTION99.71
2.46-2.490.331390.30622623X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.530.2861180.28472619X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.560.33291400.28572643X-RAY DIFFRACTION99.96
2.56-2.60.32321460.28452626X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.640.31621470.2872597X-RAY DIFFRACTION99.96
2.64-2.690.31421470.29662631X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.730.36881060.33292630X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.780.33991580.30712589X-RAY DIFFRACTION99.96
2.78-2.830.35131540.29472625X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.890.2761450.28812647X-RAY DIFFRACTION99.96
2.89-2.960.32961110.26132634X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.020.31161210.25742650X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.10.27961510.25682654X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.180.3011190.24942619X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.280.28231260.2472634X-RAY DIFFRACTION99.96
3.28-3.380.30621200.26242656X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.50.29351410.22452644X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.640.22651610.19642632X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.810.21331200.18552679X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.010.21141510.17962617X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.260.22991670.17422639X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.590.1781460.15772641X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.050.18391840.16142640X-RAY DIFFRACTION100
5.05-5.780.18011220.18212704X-RAY DIFFRACTION100
5.78-7.290.21671490.19562697X-RAY DIFFRACTION100
7.29-92.320.18221510.1592803X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.14725985255 Å / Origin y: -60.3650517121 Å / Origin z: 45.957447345 Å
111213212223313233
T0.36604592112 Å2-0.0531134872952 Å20.0784080434519 Å2-0.356858134653 Å2-0.00180787655335 Å2--0.460255546512 Å2
L0.20232446965 °20.0997218160666 °20.0815498667111 °2-0.34638775698 °20.0868493820412 °2--0.873783495412 °2
S0.0765101763096 Å °-0.0608929201888 Å °0.0514350858112 Å °0.00514082211715 Å °0.00720466026786 Å °0.00241139256819 Å °0.190544969881 Å °-0.0882240808088 Å °-0.0853091923247 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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