PDB-9d6m: Nitrile hydratase BR157K mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d6m

タイトル

Nitrile hydratase BR157K mutant

要素

Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

キーワード

LYASE / nitrile hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrile catabolic process / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / cobalt ion binding / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudonocardia thermophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Miller, C.G. / Holz, R.C. / Liu, D. / Kaley, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Inorg Biochem / 年: 2024
タイトル: Role of second-sphere arginine residues in metal binding and metallocentre assembly in nitrile hydratases.
著者: Miller, C. / Huntoon, D. / Kaley, N. / Ogutu, I. / Fiedler, A.T. / Bennett, B. / Liu, D. / Holz, R.

履歴

登録	2024年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d6m.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d6m.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d65C 9d6jC 9d6kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha

B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.910, 65.910, 184.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-607- HOH

#1: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 23171.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7SID2, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 26142.135 Da / 分子数: 1 / Mutation: R157K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2 M sodium citrate tribasic in 0.1 M HEPES at pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→19.54 Å / Num. obs: 67530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.56→1.583 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.737 / Num. unique obs: 3352 / R_pim(I) all: 0.286 / R_rim(I) all: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5156: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→19.54 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	3422	5.07 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1705	67530	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→19.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3463	0	0	670	4133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.177	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.58	0.278	141	0.2403	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
1.58-1.6	0.2576	144	0.2261	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2333	160	0.2124	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2611	153	0.2047	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2523	109	0.2041	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.1936	137	0.1928	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.75	0.2137	152	0.1958	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2144	139	0.1921	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.2066	153	0.1909	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2152	119	0.1838	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.23	139	0.1823	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.1952	150	0.1835	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.2201	152	0.1725	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.08	0.2089	173	0.1723	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.16	0.1849	132	0.1697	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.1902	128	0.1662	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.35	0.1805	111	0.1653	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.47	0.1918	167	0.167	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.62	0.1909	120	0.1708	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.83	0.2101	148	0.1669	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.11	0.1863	160	0.1683	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.56	0.1628	146	0.1506	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-4.47	0.1553	145	0.1494	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-10	0.1954	144	0.1712	2913	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5065	0.2247	1.2012	0.8893	-0.889	2.2608	-0.1203	0.1234	0.0009	0.0178	0.0425	-0.0412	-0.4608	0.3094	0.0351	0.2215	-0.0425	-0.0325	0.1115	0.021	0.1544	-36.7713	44.4234	11.2141
2	0.5178	-0.3175	-0.4354	2.1754	0.608	0.9424	-0.0813	-0.0753	-0.1252	0.1627	0.0257	-0.1206	0.1258	0.1036	0.058	0.2381	0.0238	-0.0445	0.1456	0.0526	0.1908	-29.472	16.6232	25.3886
3	3.4482	0.5421	0.9208	0.3017	-0.6322	3.0417	-0.0931	0.0593	-0.2638	-0.0439	0.0499	-0.071	0.1802	0.0406	0.116	0.2781	-0.0126	0.0065	0.0924	0.0016	0.1882	-36.418	11.6499	11.951
4	2.5587	0.3479	0.0823	2.157	-0.3133	1.3238	-0.1027	0.3249	-0.1468	-0.2268	0.0197	-0.0928	0.2295	0.0652	0.087	0.2372	-0.0105	0.0043	0.1224	0.0028	0.1433	-35.7154	14.9488	6.2455
5	6.8179	-2.9376	2.6636	4.1254	-2.1572	3.7343	0.0407	0.2977	-0.0343	-0.0667	-0.327	-0.5941	0.1636	0.4828	0.2499	0.2904	0.0477	0.013	0.1746	0.0569	0.3043	-19.8663	8.5275	11.8962
6	1.5275	0.6746	1.4152	1.6052	0.9362	2.7299	-0.1607	0.2214	0.0118	-0.1142	0.1865	-0.0596	0.0427	0.1884	-0.0425	0.2731	-0.0285	-0.0088	0.176	0.0381	0.2308	-37.3703	27.064	5.1286
7	1.179	0.207	-0.4558	1.7689	-0.0119	1.1651	-0.0093	-0.0158	-0.0027	0.2285	0.079	0.0233	0.0484	-0.0915	-0.0742	0.2261	-0.0047	-0.0185	0.109	0.0283	0.1504	-43.1877	34.2992	17.8875
8	5.1537	4.6491	-4.0441	4.2457	-3.7005	3.3865	0.3108	-0.1433	0.9573	0.54	0.0658	0.6718	-0.6837	-0.1095	-0.3701	0.3909	0.0407	0.0338	0.1679	0.0173	0.3149	-43.5513	50.871	21.1257
9	1.2956	0.1444	-0.1176	7.6157	-2.2968	3.6625	0.0009	-0.2618	0.0374	0.4858	0.1051	0.4544	-0.2608	-0.036	-0.1043	0.151	-0.0067	-0.0149	0.1787	0.0088	0.1425	-33.0056	37.9294	32.3409
10	1.3855	1.7532	0.453	4.2302	1.053	3.0613	0.041	-0.1007	-0.2022	0.2495	-0.0323	0.0582	0.4182	-0.3173	-0.0015	0.2283	-0.0234	0.0233	0.137	0.0323	0.1951	-53.7043	7.1383	21.5148
11	1.4413	-0.5089	-0.2386	1.71	1.1808	2.9157	-0.0768	0.0575	-0.0693	-0.1377	0.0886	0.1543	-0.0205	-0.1	-0.0035	0.2203	-0.0574	-0.0097	0.1267	0.0377	0.1789	-54.2725	16.1753	15.2738
12	2.8166	-0.2154	-1.3521	3.1714	-0.4547	5.9084	-0.0919	0.3404	-0.2202	-0.4614	0.205	-0.0642	0.8971	-0.0684	-0.0461	0.3101	-0.1022	-0.0321	0.1382	-0.0044	0.2129	-49.8264	8.0737	6.0643
13	2.8726	-0.7026	-0.9338	1.8688	-0.0886	0.7777	-0.0179	0.3929	-0.3874	-0.0026	-0.0265	0.1042	0.4903	-0.2964	0.0604	0.3785	-0.0694	-0.0375	0.1795	-0.0204	0.2254	-51.1433	6.8763	9.2074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 172 through 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 28 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 100 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 125 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 126 through 147 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 148 through 190 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 191 through 207 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 208 through 228 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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