PDB-9d65: Nitrile hydratase BR52A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d65

タイトル

Nitrile hydratase BR52A mutant

要素

Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

キーワード

LYASE / nitrile hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrile catabolic process / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / cobalt ion binding / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudonocardia thermophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Miller, C.G. / Holz, R.C. / Liu, D. / Kaley, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Inorg Biochem / 年: 2024
タイトル: Role of second-sphere arginine residues in metal binding and metallocentre assembly in nitrile hydratases.
著者: Miller, C. / Huntoon, D. / Kaley, N. / Ogutu, I. / Fiedler, A.T. / Bennett, B. / Liu, D. / Holz, R.

履歴

登録	2024年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d65.cif.gz	205 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d65.ent.gz	163.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d65_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d65_full_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示
XML形式データ	9d65_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	9d65_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/9d65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d6jC 9d6kC 9d6mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha

B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.964, 65.964, 186.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-328- HOH
2	1	B-310- HOH
3	1	B-490- HOH
4	1	B-510- HOH
5	1	B-517- HOH

#1: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 23187.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7SID2, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 26084.031 Da / 分子数: 1 / Mutation: R52A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2 M sodium citrate tribasic in 0.1 M HEPES at pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→31.22 Å / Num. obs: 84526 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.45→3.925 Å / R_merge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8359 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5156: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
Adxv		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→31.22 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2789	4306	5.09 %
R_work	0.2399	-	-
obs	0.2419	84526	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3460	0	0	468	3928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.82
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.311	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.46	0.3242	105	0.2995	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.48	0.3475	173	0.2786	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2987	133	0.2564	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.3181	149	0.2483	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.3301	149	0.2645	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.3595	108	0.239	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2901	127	0.2234	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2809	152	0.223	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.3008	120	0.2221	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2886	167	0.2266	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.2937	178	0.2239	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2783	141	0.2297	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.75	0.3182	144	0.2172	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2718	159	0.2339	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.3007	128	0.2199	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2453	147	0.2426	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.3051	128	0.2289	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.3246	122	0.2519	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.293	137	0.2415	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.2847	142	0.2365	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.2742	140	0.2429	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.25	0.2727	158	0.2432	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.35	0.2835	174	0.2432	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.47	0.2657	148	0.2449	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.63	0.3349	155	0.2473	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.83	0.3284	114	0.2546	2238	X-RAY DIFFRACTION	82
2.83-3.11	0.2601	145	0.2509	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.56	0.2388	157	0.2388	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.49	0.2696	152	0.2189	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-10	0.2424	154	0.2424	2948	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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