PDB-9d5z: Crystal structure of the human WDR5 in complex with LH168 compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d5z

タイトル

Crystal structure of the human WDR5 in complex with LH168 compound

要素

WD repeat-containing protein 5

キーワード

TRANSCRIPTION / WD-repeat / WDR / WDR5 / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kimani, S. / Dong, A. / Hoffmann, L. / Nemec, V. / Ackloo, S. / Muller-Knapp, S. / Knapp, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human WDR5 in complex with LH168 compound
著者: Kimani, S. / Dong, A. / Hoffmann, L. / Nemec, V. / Ackloo, S. / Muller-Knapp, S. / Knapp, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d5z.cif.gz	271.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d5z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.951, 61.185, 64.605
Angle α, β, γ (deg.)	110.41, 91.22, 112.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34289.887 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物	ChemComp-A1A16 / (3P)-N-[(2S)-1-(6,7-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-5(4H)-yl)-1-oxopentan-2-yl]-3-[1-ethyl-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-5-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]benzamide 分子量: 584.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₁F₃N₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M Ammonium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18049 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.18049 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 63599 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 1.225 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 218124

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	3.2	0.316	2681	0.936	0.983	0.2	0.376	0.7	80.6
1.73-1.76	3.2	0.28	2898	0.95	0.987	0.182	0.336	0.713	85
1.76-1.79	3.3	0.243	3089	0.965	0.991	0.154	0.289	0.715	90.3
1.79-1.83	3.5	0.236	3057	0.973	0.993	0.147	0.279	0.721	92.9
1.83-1.87	3.5	0.196	3217	0.979	0.995	0.122	0.232	0.721	93.7
1.87-1.91	3.3	0.155	3172	0.986	0.997	0.099	0.185	0.722	94
1.91-1.96	3.4	0.133	3182	0.988	0.997	0.085	0.159	0.74	94.1
1.96-2.02	3.5	0.116	3198	0.992	0.998	0.071	0.137	0.739	95
2.02-2.07	3.4	0.104	3179	0.992	0.998	0.066	0.124	0.785	94.4
2.07-2.14	3.4	0.093	3221	0.993	0.998	0.06	0.111	0.83	94.3
2.14-2.22	3.6	0.079	3185	0.995	0.999	0.048	0.093	0.738	94.9
2.22-2.31	3.6	0.076	3252	0.995	0.999	0.047	0.09	0.769	95.7
2.31-2.41	3.3	0.066	3216	0.994	0.998	0.044	0.08	1.166	96.3
2.41-2.54	3.6	0.057	3287	0.996	0.999	0.035	0.067	0.969	96.5
2.54-2.7	3.4	0.048	3264	0.996	0.999	0.031	0.057	1.294	96.8
2.7-2.91	3.6	0.04	3292	0.997	0.999	0.025	0.047	1.288	96.8
2.91-3.2	3.5	0.035	3274	0.998	0.999	0.022	0.041	0.994	97.3
3.2-3.66	3.4	0.028	3298	0.998	1	0.017	0.033	0.758	97.5
3.66-4.61	3.5	0.026	3306	0.997	0.999	0.016	0.031	2.544	97.8
4.61-50	3.5	0.031	3331	0.996	0.999	0.02	0.036	6.029	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→42.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.53 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18872	1212	1.9 %	RANDOM
R_work	0.1394	-	-	-
obs	0.14033	62385	93.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0.25 Å²	-0.91 Å²
2-	-	1.88 Å²	0.31 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→42.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4711	0	0	474	5185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	4919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.305	1.776	6702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.475	1.769	10404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.353	5	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.241	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.541	10	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.28	2.42	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.272	2.42	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.527	4.34	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.527	4.341	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.589	2.596	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.589	2.598	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.921	4.696	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.649	25.57	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.381	23.13	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.24	3	9418
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	85	-
R_work	0.203	3885	-
obs	-	-	79.16 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)