PDB-9d5w: Crystal Structure of the Substrate Binding Domain Protein of the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d5w

タイトル

Crystal Structure of the Substrate Binding Domain Protein of the ABC Transporter PBP2_YxeM from Vibrio cholerae

要素

Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / type 2 periplasmic binding protein fold / ABC transporter / CSBID / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases

機能・相同性

Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / : / S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Substrate Binding Domain Protein of the ABC Transporter PBP2_YxeM from Vibrio cholerae
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d5w.cif.gz	420.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d5w.ent.gz	331.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP01356

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

B: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

C: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

D: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

E: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

F: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

G: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

H: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

I: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

ヘテロ分子

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1

A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

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2

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ヘテロ分子

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3

C: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

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4

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ヘテロ分子

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5

E: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

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6

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7

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9

I: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.044, 105.816, 118.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.922, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質	Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion 分子量: 25661.883 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 遺伝子: VC_0010 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9KVX8

#1: タンパク質

Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion

分子量: 25661.883 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: VC_0010 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9KVX8

-
非ポリマー , 6種, 684分子

#2: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Lithium sulfate, 150 mM Cacodylate pH 6.5, 1.0 % v/v 1,2 propanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→59.11 Å / Num. obs: 107373 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.8764 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.082 / R_rim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4978 / CC_1/2: 0.565 / R_pim(I) all: 0.333 / R_rim(I) all: 0.578

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→59.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	5579	5.2 %
R_work	0.1938	101718	-
all	0.196	-	-
obs	-	107297	95.487 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.931 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.861 Å²	-0 Å²	1.701 Å²
2-	-	35.709 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.849 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15930	0	88	648	16666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	16243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	15631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.261	1.809	21937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.579	1.773	35898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.161	5	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	0.787	5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.133	10	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.337	10	783
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	19314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	15493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	8404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	9007
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.231	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.767	2.948	8163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.767	2.948	8163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.75	5.291	10188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.749	5.291	10189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.234	2.923	8080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.233	2.922	8069
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.847	5.382	11749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.846	5.381	11732
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.215	26.798	18053
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.2	26.756	17998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.356	0.271	367	0.242	7005	X-RAY DIFFRACTION	88.7231
2.356-2.421	0.311	471	0.231	7312	X-RAY DIFFRACTION	96.7433
2.421-2.491	0.277	422	0.233	7143	X-RAY DIFFRACTION	97.3742
2.491-2.567	0.28	371	0.232	7100	X-RAY DIFFRACTION	97.1269
2.567-2.651	0.274	361	0.243	6751	X-RAY DIFFRACTION	97.3846
2.651-2.744	0.314	359	0.233	6536	X-RAY DIFFRACTION	95.9638
2.744-2.847	0.264	324	0.23	5866	X-RAY DIFFRACTION	89.7752
2.847-2.963	0.26	361	0.215	6080	X-RAY DIFFRACTION	97.5318
2.963-3.095	0.249	324	0.208	5939	X-RAY DIFFRACTION	97.783
3.095-3.245	0.207	309	0.195	5606	X-RAY DIFFRACTION	97.1424
3.245-3.42	0.231	244	0.21	5378	X-RAY DIFFRACTION	97.5703
3.42-3.627	0.214	328	0.196	4789	X-RAY DIFFRACTION	92.817
3.627-3.876	0.208	205	0.176	4667	X-RAY DIFFRACTION	94.3089
3.876-4.185	0.191	278	0.157	4501	X-RAY DIFFRACTION	98.5767
4.185-4.583	0.155	257	0.14	4086	X-RAY DIFFRACTION	98.1026
4.583-5.12	0.209	147	0.148	3746	X-RAY DIFFRACTION	96.171
5.12-5.904	0.215	155	0.188	3100	X-RAY DIFFRACTION	90.8203
5.904-7.213	0.205	166	0.173	2761	X-RAY DIFFRACTION	97.9257
7.213-10.126	0.17	108	0.149	2110	X-RAY DIFFRACTION	94.0229
10.126-59.11	0.193	22	0.209	1242	X-RAY DIFFRACTION	91.8605

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