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- PDB-9d5k: Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d5k
タイトルHuman Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing an expanded cytidine analog at the -1 position of the guide strand
要素
  • Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1
  • RNA Bottom Strand
  • RNA Top Strand
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Adenosine Deaminase / dsRNA / Complex / RNA editing / cytidine analog / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / base conversion or substitution editing / neuromuscular process controlling posture / neuromuscular synaptic transmission / innervation / motor neuron apoptotic process / motor behavior / RNA processing / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / mRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADAR2, first double-stranded RNA binding domain / ADAR2, second double-stranded RNA binding domain / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Cytokine IL1/FGF / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Double-stranded RNA-specific editase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.697 Å
データ登録者Fisher, A.J. / Cheng, J. / Manjunath, A. / Campbell, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM149799 米国
Other privateProQR
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: Nucleoside Analogs in ADAR Guide Strands Enable Editing at 5'-G A Sites.
著者: Manjunath, A. / Cheng, J. / Campbell, K.B. / Jacobsen, C.S. / Mendoza, H.G. / Bierbaum, L. / Jauregui-Matos, V. / Doherty, E.E. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1
B: Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1
C: RNA Top Strand
D: RNA Bottom Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9339
ポリマ－128,4584
非ポリマー1,4755
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area43010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.775, 63.112, 141.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.538, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 316 through 328 or resid 330...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 316 through 328 or resid 330 through 699 or resid 801 through 802))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLNGLNSERSERAA316 - 328102 - 114
d_12LEULEUILEILEAA330 - 463116 - 249
d_13ALAALAASNASNAA476 - 496262 - 282
d_14GLUGLULEULEUAA509 - 699295 - 485
d_15IHPIHPIHPIHPAE801
d_21GLNGLNSERSERBB316 - 328102 - 114
d_22LEULEULEULEUBB330 - 699116 - 485
d_23IHPIHPIHPIHPBH801

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.566426017942, 0.80366903184, 0.182421636489), (-0.204966393588, 0.0770176687178, -0.975734111428), (-0.798216977831, -0.59007149225, 0.121100331692)ベクター: 18. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.566426017942, 0.80366903184, 0.182421636489), (-0.204966393588, 0.0770176687178, -0.975734111428), (-0.798216977831, -0.59007149225, 0.121100331692)
ベクター: 18.4102082964, 56.5592921002, 92.0003540344)

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1 / RNA-editing deaminase 1 / RNA-editing enzyme 1 / dsRNA adenosine deaminase


分子量: 53932.664 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 215-701 / 変異: E488Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADARB1, ADAR2, DRADA2, RED1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P78563, double-stranded RNA adenine deaminase
#2: RNA鎖 RNA Top Strand


分子量: 10355.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: strand bearing 8-azanebularine (8AZ) / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA/RNAハイブリッド RNA Bottom Strand


分子量: 10237.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: with base-expanded cytidine analog (A1BBA) complementary to a guanosine adjacent to the target site
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50 mM MOPS pH 7.0, 100 mM NaCl, 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射モノクロメーター: Liquid / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→61.962 Å / Num. obs: 27371 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 79.89 Å2 / CC1/2: 0.897 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.69→2.879 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1369 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.739 / % possible all: 64.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.697→49.46 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 35.5211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 3495 4.93 %
Rwork0.2209 67333 -
obs0.2234 27371 96.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 116.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.697→49.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6474 1362 75 34 7945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01348206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.634611420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07471335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01171216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.47693480
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.17250121086 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.697-2.730.46221360.45982269X-RAY DIFFRACTION80.76
2.73-2.770.5241460.44122661X-RAY DIFFRACTION98.42
2.77-2.810.4371490.43322814X-RAY DIFFRACTION98.34
2.81-2.850.40451490.40442690X-RAY DIFFRACTION97.56
2.86-2.90.40031670.38742679X-RAY DIFFRACTION98.07
2.9-2.950.32841460.35682707X-RAY DIFFRACTION97.94
2.95-3.010.35861580.33782789X-RAY DIFFRACTION97.71
3.01-3.060.37871190.33252675X-RAY DIFFRACTION97.49
3.06-3.130.36831130.30512720X-RAY DIFFRACTION96.85
3.13-3.190.33291170.29932678X-RAY DIFFRACTION96.58
3.19-3.270.34151630.28042522X-RAY DIFFRACTION91.61
3.27-3.350.3381310.2912699X-RAY DIFFRACTION96.13
3.35-3.440.32111290.26772771X-RAY DIFFRACTION98.04
3.44-3.540.29861320.23012722X-RAY DIFFRACTION98.48
3.54-3.660.26421240.22132753X-RAY DIFFRACTION98.33
3.66-3.790.22821480.20762768X-RAY DIFFRACTION98.68
3.79-3.940.25571540.20592719X-RAY DIFFRACTION98.32
3.94-4.120.30261150.21772746X-RAY DIFFRACTION98.52
4.12-4.330.26551550.19682713X-RAY DIFFRACTION98.35
4.33-4.610.22531430.1762756X-RAY DIFFRACTION97.81
4.61-4.960.18761200.17982547X-RAY DIFFRACTION91.4
4.96-5.460.26231340.19742788X-RAY DIFFRACTION99.25
5.46-6.250.27771570.19922760X-RAY DIFFRACTION99.25
6.25-7.870.25511430.2072758X-RAY DIFFRACTION98.84
7.87-49.460.1911470.15232629X-RAY DIFFRACTION95.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25197390980.210420236666-0.3649525167181.61904705453-0.2450570732541.30376295690.07779639563060.1196106852850.213506795217-0.315014163902-0.0316884328394-0.3780526178790.06394876543190.09602449698743.58306128567E-50.7006091081580.05359912082870.1182499902980.759548917605-0.02380637238830.66302242227157.67053645515.455417941627.0642587445
20.654959648231-0.529971380014-0.03287970384110.426914350624-0.28345370427-0.0646919467063-0.126892070190.1799132986060.5217402310520.9080331204710.2405313185790.20852403511-0.19013375108-0.2637624291990.0006450620708250.8654074961320.0131885631766-0.01949692757250.672717278957-0.01284279883880.6634910592846.070481485431.33493970244.3579660693
32.07215780801-0.565464221226-0.04646765718911.986060911770.6608417131041.72142142321-0.01320142726990.1039258886890.1051284772440.1469806002930.0980747667711-0.0920221194995-0.1181237460340.108009753522-0.0001102349833330.6781086458010.02321494097380.009823606975770.589913641079-0.001990467155180.58553711577252.368869995719.265619539835.1305270523
41.32734000042-0.372642704936-0.2317208680290.4014820019140.275541441886-0.07914835922050.244560680150.103354597616-0.2530525798610.2399315399870.0691536323590.1034370000360.1822812279570.1399307510568.26146599286E-51.015842713590.064424670359-0.1064040025790.674429332402-0.03076156755440.71936318517545.16992672414.8760504039337.1234265013
5-0.256270240533-0.08407395612780.03477599441520.06506556046280.1365418046280.0489880768261-0.326747893827-0.3163974227960.1750694035370.1993399292310.1861063792590.787457791311-0.245631651134-0.630304412737-7.52793961268E-61.31040370821-0.0673803189025-0.1999217899291.591644154960.1584569065671.5229948636313.305508231325.567394152715.0932579013
60.2676259465760.1709638575851.21122762360.695075054701-1.111495487521.38785046261-0.1234583844330.194469889054-0.05314407660190.131221664940.4409037398480.508754166423-0.03345521563310.05542042795440.2854133280420.8147579215940.1072392274120.09838481363351.037336763450.2254160251471.316621765814.7266429375521.938553316740.2414911191
70.7347247990710.2862297948550.5304398787170.7924087024321.043230326710.6795308619610.134174413253-0.0435408900772-0.1539937402970.0008712119005150.2027007859970.08268642932420.469211487475-0.2482845876870.1464500076040.662467978955-0.0651462875453-0.05005460089750.9312717331430.2093644012590.9938143277288.3728344858211.30009129343.02930279
81.896018817-0.6712837323320.2757019604310.5232739392310.9359598172960.6928476068-0.0290919642216-0.285015891385-0.3133417339460.03855052721570.1349120081460.17140686843-0.00799210673189-0.2533970831314.13375314197E-50.8652849696410.01016682795690.1858941391930.9564193446720.192184551381.088231907236.2124077961512.560346569248.8863657621
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 316 through 463 )AA316 - 4631 - 148
22chain 'A' and (resid 464 through 501 )AA464 - 501149 - 186
33chain 'A' and (resid 502 through 617 )AA502 - 617187 - 302
44chain 'A' and (resid 618 through 699 )AA618 - 699303 - 384
55chain 'B' and (resid 235 through 310 )BD235 - 3101 - 76
66chain 'B' and (resid 311 through 415 )BD311 - 41577 - 181
77chain 'B' and (resid 416 through 531 )BD416 - 531182 - 273
88chain 'B' and (resid 532 through 700 )BD532 - 700274 - 442
99chain 'C' and (resid 1 through 16 )CG1 - 16
1010chain 'C' and (resid 17 through 32 )CG17 - 32
1111chain 'D' and (resid 1 through 16 )DH1 - 16
1212chain 'D' and (resid 17 through 32 )DH - J17 - 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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