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- PDB-9d5i: Crystal structure of the ILK mutant (R225A)/alpha-parvin core com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d5i
タイトルCrystal structure of the ILK mutant (R225A)/alpha-parvin core complex bound to MgATP
要素
  • Alpha-parvin
  • Integrin-linked protein kinase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Pseudokinase / Complex / Scaffolding / ATP-binding / CELL ADHESION / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actin-mediated cell contraction / smooth muscle cell chemotaxis / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / protein localization to cell cortex / caveola assembly / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / negative regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of signal transduction / nerve development ...actin-mediated cell contraction / smooth muscle cell chemotaxis / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / protein localization to cell cortex / caveola assembly / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / negative regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of signal transduction / nerve development / fibroblast migration / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / myelination in peripheral nervous system / Cell-extracellular matrix interactions / positive regulation of BMP signaling pathway / cell projection organization / outflow tract septum morphogenesis / sprouting angiogenesis / neural precursor cell proliferation / heterotypic cell-cell adhesion / branching involved in ureteric bud morphogenesis / protein kinase inhibitor activity / establishment or maintenance of cell polarity / outflow tract morphogenesis / cilium assembly / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / sarcomere / cell-matrix adhesion / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / mitotic spindle organization / integrin-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / platelet aggregation / integrin binding / Z disc / cell morphogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / cell differentiation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein kinase activity / protein stabilization / cadherin binding / signaling receptor binding / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integrin-linked protein kinase, pseudokinase domain / Parvin / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / : / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. ...Integrin-linked protein kinase, pseudokinase domain / Parvin / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / : / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Scaffold protein ILK / Alpha-parvin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fukuda, K. / Qin, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)2R01HL058758-23A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ILK mutant (R225A)/alpha-parvin core complex bound to MgATP
著者: Fukuda, K. / Qin, J.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin-linked protein kinase
B: Alpha-parvin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2604
ポリマ－45,7292
非ポリマー5312
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.822, 116.334, 47.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Integrin-linked protein kinase / 59 kDa serine/threonine-protein kinase / Beta-integrin-linked kinase / ILK-1 / ILK-2 / p59ILK


分子量: 30885.896 Da / 分子数: 1 / 変異: R225A, C346S, C422S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ILK, ILK1, ILK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13418, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Alpha-parvin / Actopaxin / CH-ILKBP / Calponin-like integrin-linked kinase-binding protein / Matrix-remodeling- ...Actopaxin / CH-ILKBP / Calponin-like integrin-linked kinase-binding protein / Matrix-remodeling-associated protein 2


分子量: 14843.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Vector sequence (GSHM) at the N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARVA, MXRA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVD7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 17% PEG3350, 5% 1-Propanol, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 72513 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 28.34
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 3421 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→40.37 Å / SU ML: 0.2101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.8509
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 3662 5.07 %
Rwork0.228 68511 -
obs0.2299 72173 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3176 0 32 374 3582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05774470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3231243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.3711460.31412451X-RAY DIFFRACTION91.64
1.52-1.540.32781080.29262539X-RAY DIFFRACTION93.4
1.54-1.560.31341480.28122564X-RAY DIFFRACTION93.84
1.56-1.590.33551510.27792506X-RAY DIFFRACTION93.62
1.59-1.610.28441400.25652598X-RAY DIFFRACTION95.57
1.61-1.640.25551350.25642567X-RAY DIFFRACTION93.98
1.64-1.670.28671210.25332609X-RAY DIFFRACTION96.33
1.67-1.70.29061290.26462592X-RAY DIFFRACTION95.11
1.7-1.730.3211250.24832610X-RAY DIFFRACTION97.26
1.73-1.760.29721660.25822617X-RAY DIFFRACTION95.8
1.76-1.80.26991440.25692619X-RAY DIFFRACTION97.74
1.8-1.840.2881290.25352634X-RAY DIFFRACTION96.98
1.84-1.890.25571290.26032691X-RAY DIFFRACTION98.09
1.89-1.940.28711380.24972679X-RAY DIFFRACTION98.15
1.94-20.27641550.25392659X-RAY DIFFRACTION98.12
2-2.060.28911230.24982680X-RAY DIFFRACTION98.21
2.06-2.140.2811600.24372633X-RAY DIFFRACTION98.69
2.14-2.220.27441340.23422669X-RAY DIFFRACTION98.63
2.22-2.320.28781350.23832707X-RAY DIFFRACTION98.68
2.32-2.450.28381450.23692682X-RAY DIFFRACTION98.71
2.45-2.60.30251690.23452678X-RAY DIFFRACTION99.23
2.6-2.80.25681740.23032664X-RAY DIFFRACTION99.13
2.8-3.080.24421570.22772694X-RAY DIFFRACTION99.48
3.08-3.530.26061390.2082724X-RAY DIFFRACTION99.79
3.53-4.440.23751280.18242746X-RAY DIFFRACTION99.52
4.44-40.370.23291340.21022699X-RAY DIFFRACTION97.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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