PDB-9d4i: Crystal structure of Ni(II)-bound polysaccharide deacetylase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d4i

タイトル

Crystal structure of Ni(II)-bound polysaccharide deacetylase from Bacteroides ovatus

要素

Phage tail component domain protein

キーワード

HYDROLASE / esterase

機能・相同性

Putative polysaccharide deacetylase / Putative polysaccharide deacetylase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / NICKEL (II) ION / Phage tail component domain protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Dzuong, E. / McLaughlin, K.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Carbohydrate Deacetylase Unique to Gut Microbe Bacteroides Reveals Atypical Structure.
著者: Schwartz, L.A. / Norman, J.O. / Hasan, S. / Adamek, O.E. / Dzuong, E. / Lowenstein, J.C. / Yost, O.G. / Sankaran, B. / McLaughlin, K.J.

履歴

登録	2024年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d4i.cif.gz	248 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d4i.ent.gz	154.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d4i_validation.pdf.gz	945.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d4i_full_validation.pdf.gz	947 KB	表示
XML形式データ	9d4i_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	9d4i_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d44C 9d5tC 9d60C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phage tail component domain protein

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.945, 73.041, 95.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phage tail component domain protein 分子量: 55602.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / BCRC 10623 / CCUG 4943 / NCTC 11153) (バクテリア) 株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / BCRC 10623 / CCUG 4943 / NCTC 11153 遺伝子: BACOVA_03992 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAN3A5R0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.17 NaOAc, 0.1 M Tris pH 8.5, 15% glycerol, 25.5% PEG 4000, [Protein]=16.5 mg/mL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→47.58 Å / Num. obs: 80482 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.0722 / R_pim(I) all: 0.0263 / Net I/σ(I): 19.95
反射シェル	解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 68163 / CC_1/2: 0.778 / CC star: 0.936 / R_pim(I) all: 0.35 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→47.58 Å / SU ML: 0.1609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.0853
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1931	1996	2.48 %
R_work	0.1663	78463	-
obs	0.167	80459	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3745	0	25	649	4419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	3890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8247	5273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0789	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2008	1444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.52	0.3149	143	0.2934	5517	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.52-1.56	0.2439	131	0.2387	5532	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.56-1.6	0.229	154	0.1901	5508	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.6-1.66	0.2218	133	0.1827	5534	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.66-1.71	0.24	151	0.184	5548	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.71-1.78	0.2107	134	0.1946	5581	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.78-1.86	0.2074	134	0.1777	5611	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.86-1.96	0.2091	148	0.1739	5524	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.96-2.09	0.1841	144	0.1631	5590	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.09-2.25	0.1877	140	0.1612	5585	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.25-2.47	0.2148	148	0.1663	5629	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.83	0.2019	143	0.1652	5661	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.83-3.57	0.1738	145	0.1526	5718	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.00234757413022	0.00210596047531	0.00140760373604	0.00108241269889	0.00186254866419	0.00259837868677	-0.00125313181776	0.00031457498801	0.00252134501686	-0.000152002521842	-0.000805569754584	0.00168750000687	0.00284468001634	0.00705833950157	3.51561251337E-8	0.0473075381171	0.0106235391396	-0.00023154954457	0.0497842130017	-0.000550369157316	0.0574505059513	16.5009641018	2.34166861235	8.6944714856
2	-0.00134804228361	-0.00286131904536	-0.000539709045101	-0.000427331827937	7.88487813121E-5	9.68304830303E-5	-0.00387999120245	-0.00755313152771	0.00512099708155	-0.0019321626983	0.00621499672404	0.00626407996123	-0.00695742680575	-0.0116426972376	-2.98522053834E-9	-0.0329846616382	0.0487120101619	0.0180579361562	-0.0466222635281	-0.0123575969739	-0.0223677533995	-3.82176127889	10.9645381901	9.56190834553
3	0.00223372053613	-0.000241826093431	0.0021014958439	0.000303727399664	0.00133650834605	0.00256346556127	0.00798124341609	0.00214335833391	-0.0121592638757	-0.00923515044793	-0.00386947839009	0.00560775044756	-0.00201961707226	-0.00853565617213	-9.26980388729E-9	0.0471349807264	-0.0105442258872	-0.00305220215384	0.0454232390869	0.00161396715743	0.0380926764956	-4.86584939823	-4.15295386365	-4.2535961797
4	0.00456467948196	-0.00320333460645	0.00298575435923	0.00238736740727	-0.00411907833995	0.00396286006091	-0.00993756339071	-0.022778951598	0.00130139872402	0.0038256042848	0.01338363748	-0.00252700733351	0.00264452712491	0.00340407930255	2.21734086096E-10	0.0345219842649	-0.00365399505215	0.00464951552104	0.0385680639652	0.00211670803972	0.0393634983556	13.6957156459	-2.36376545885	12.1254697497

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 40 through 88 )	40 - 88	1 - 49
2	2	chain 'A' and (resid 89 through 212 )	89 - 212	50 - 173
3	3	chain 'A' and (resid 213 through 323 )	213 - 323	174 - 284
4	4	chain 'A' and (resid 324 through 499 )	324 - 499	285 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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