PDB-9d4e: Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d4e

タイトル

Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41103

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / WD-repeat / WDR / DCAF1 / SGC / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / histone H2AT120 kinase activity / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Al-awar, R. / Mamai, A. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-1103
著者: Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Al-awar, R. / Mamai, A. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d4e.cif.gz	263.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d4e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d4e_validation.pdf.gz	1023.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d4e_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9d4e_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	9d4e_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.574, 87.975, 73.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP / Cell (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1A1Q / (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide 分子量: 575.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₆Cl₂F₂N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18049 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.18049 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 67209 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 433136

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	6	0.981	3357	0.716	0.913	0.424	1.071	1.079	99.1
1.73-1.76	5.9	0.854	3323	0.753	0.927	0.376	0.935	1.093	99.7
1.76-1.79	6.3	0.706	3355	0.805	0.944	0.302	0.769	1.087	99.6
1.79-1.83	6.5	0.6	3315	0.841	0.956	0.251	0.651	1.073	99.7
1.83-1.87	6.5	0.467	3356	0.905	0.975	0.197	0.508	1.106	99.7
1.87-1.91	6.2	0.385	3317	0.932	0.982	0.166	0.42	1.124	99.8
1.91-1.96	6.2	0.3	3352	0.959	0.989	0.13	0.328	1.123	99.8
1.96-2.02	6.5	0.241	3373	0.972	0.993	0.101	0.261	1.127	99.9
2.02-2.07	6.3	0.194	3323	0.98	0.995	0.083	0.212	1.118	99.9
2.07-2.14	6.3	0.155	3354	0.986	0.997	0.067	0.169	1.111	99.9
2.14-2.22	6.7	0.128	3375	0.992	0.998	0.053	0.138	1.106	100
2.22-2.31	6.7	0.103	3354	0.994	0.998	0.043	0.112	1.078	100
2.31-2.41	6.3	0.09	3345	0.995	0.999	0.039	0.098	1.021	100
2.41-2.54	6.8	0.072	3384	0.997	0.999	0.029	0.078	0.966	100
2.54-2.7	6.5	0.061	3362	0.997	0.999	0.026	0.067	0.941	100
2.7-2.91	6.8	0.049	3352	0.998	1	0.02	0.054	0.887	100
2.91-3.2	6.7	0.041	3407	0.999	1	0.017	0.044	0.805	100
3.2-3.66	6.6	0.034	3365	0.999	1	0.014	0.037	0.734	99.9
3.66-4.61	6.6	0.031	3392	0.999	1	0.013	0.034	0.684	99.8
4.61-50	6.5	0.03	3448	0.998	1	0.013	0.032	0.838	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→48.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 5.012 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20634	3333	5 %	RANDOM
R_work	0.17842	-	-	-
obs	0.1798	63834	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.504 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	-1.17 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→48.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4711	0	0	303	5014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.328	1.789	6793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.48	1.757	10153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.592	5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.714	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.003	10	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.477	2.043	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.476	2.043	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.442	3.656	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.441	3.656	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.732	2.241	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.732	2.241	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.798	4.028	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.11	22.55	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.043	21.77	5168
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.741 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	219	-
R_work	0.294	4524	-
obs	-	-	95.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9014	0.0225	1.4177	1.0656	-0.1325	2.2613	0.165	-0.1281	-0.0116	0.0194	-0.0003	0.0013	0.1661	0.0082	-0.1647	0.0398	0.0077	-0.0008	0.0402	-0.005	0.0194	3.0518	-13.0586	31.7294
2	0.7763	-0.4536	0.298	2.0947	-0.7668	2.7405	0.0019	0.0983	0.0218	-0.2361	0.02	0.1187	0.0581	0.0446	-0.0219	0.0304	-0.0096	-0.0182	0.0193	-0.0011	0.0396	18.2923	4.7993	2.6702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1079 - 1402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1079 - 1401

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