PDB-9d41: Crystal structure of N-terminal domain of Borealin (20-88) in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d41

タイトル

Crystal structure of N-terminal domain of Borealin (20-88) in complex with synthetic antibody fragment

要素

Borealin
Fab Heavy Chain
Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Borealin / CPC core / Fab

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / chromosome passenger complex / mitotic metaphase chromosome alignment / spindle midzone / mitotic cytokinesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Hou, J. / Mukherjee, S. / Kossiakoff, A.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of N-terminal domain of Borealin (20-88) in complex with synthetic antibody fragment
著者: Filippova, E.V. / Hou, J. / Mukherjee, S. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2024年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9d41.ent.gz	174.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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XML形式データ	9d41_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	9d41_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d41	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (6)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Borealin

H: Fab Heavy Chain

L: Fab Light Chain

ヘテロ分子

57.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.432, 72.432, 243.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Borealin / Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell- ...Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell-related gene 3 protein 分子量: 8149.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA8, PESCRG3 / プラスミド: pHFT2 / 詳細 (発現宿主): PET based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53HL2

#1: タンパク質

Borealin / Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell- ...

分子量: 8149.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA8, PESCRG3 / プラスミド: pHFT2 / 詳細 (発現宿主): PET based / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53HL2

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	Fab Heavy Chain 分子量: 25161.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: engineered Elbow region FNQIKG / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(gold)
#3: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 23283.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: engineered Crystal Kappa region / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(gold)

-
非ポリマー , 3種, 374分子

#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: 0.1 M CAPS, 40 % v/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月26日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: a double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→34.06 Å / Num. obs: 65038 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.84→1.87 Å / Num. unique obs: 3190 / CC_1/2: 0.353 / R_pim(I) all: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→34.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 6.963 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19732	3300	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15536	-	-	-
obs	0.15748	61029	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.84→34.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3803	0	81	363	4247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.65	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.448	1.573	8497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.507	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.118	22.849	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.41	15	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.315	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.693	4.11	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.717		1985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.522	6.139	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.521	9.233	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.162	4.905	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.16	4.908	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.785	7.074	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.794		4410
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.76		4325
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.013	3	3943
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.843→1.891 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	216	-
R_work	0.342	3818	-
obs	-	-	85.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2759	0.1198	-0.1325	0.161	-0.0342	0.1664	-0.0164	-0.056	-0.0989	-0.0156	0.0069	-0.0509	0.0378	0.0138	0.0094	0.0244	0.0046	-0.0063	0.0546	0.0189	0.0506	-17.664	11.181	36.657
2	0.8896	0.6124	-0.6825	1.5704	-0.2425	1.3062	-0.0172	0.0352	0.0362	-0.0519	0.0361	0.0613	-0.0631	-0.0605	-0.0189	0.0357	0.0006	-0.0036	0.0468	-0.0013	0.0029	-22.077	24.74	33.115
3	0.551	0.1221	-0.0732	0.0884	-0.0177	0.0166	0.0117	-0.0571	-0.0217	0.0308	-0.0121	-0.0095	0.0102	0.0025	0.0004	0.0389	-0.0007	-0.0056	0.0521	0.0019	0.0058	-20.802	17.898	40.51
4	0.874	0.8549	0.7645	0.8981	0.79	0.7002	-0.0542	0.0606	-0.0988	-0.0027	0.0785	-0.0278	-0.0145	0.0433	-0.0243	0.0932	-0.0128	0.068	0.0895	-0.0122	0.0956	-24.098	14.88	26.934
5	0.21	-0.0469	-0.0576	0.1072	0.2265	0.6214	-0.0356	0.03	-0.0155	0.0095	-0.0031	0.0121	0.0977	-0.0657	0.0387	0.0704	-0.0318	0.0131	0.0486	-0.0041	0.0082	-27.126	15.153	3.917
6	0.4873	-0.1863	-0.2992	0.1132	0.103	0.474	0.0099	-0.0028	0.0092	0.0078	-0.006	0.0044	0.0031	-0.0014	-0.004	0.044	-0.0083	-0.0025	0.0328	-0.0001	0.0024	-20.472	14.441	5.309
7	0.4683	0.1656	-0.2542	0.4396	-0.1081	0.6369	0.0412	0.087	-0.0226	-0.0473	0.0208	0.0151	0.0395	-0.0236	-0.062	0.0515	-0.0092	-0.0053	0.0488	-0.0052	0.021	-18.321	10.971	-6.251
8	4.3453	1.4549	-2.786	0.4907	-0.8345	5.7294	0.1118	0.0451	0.3263	0.0305	0.0078	0.1148	-0.1323	-0.255	-0.1196	0.0289	0.0113	-0.0106	0.0609	0.0014	0.04	-17.788	39.86	38.359
9	0.2225	0.1159	0.1003	0.1292	-0.0172	0.487	-0.0113	-0.0299	0.0168	0.0019	0.0102	-0.0133	0.042	0.0131	0.0011	0.0362	-0.0011	-0.0055	0.0453	-0.0064	0.0157	-6.292	33.169	35.17
10	0.2071	0.0617	0.0063	0.0533	0.0854	0.6672	-0.0199	-0.0001	0.0052	0.0124	-0.0163	-0.0019	0.0207	0.0176	0.0362	0.0379	-0.0045	-0.0042	0.0559	0.0073	0.0046	-1.468	37.654	35.086
11	0.1246	0.0399	0.0272	0.0834	0.1391	0.2474	-0.0127	-0.0266	0.003	-0.0169	0.0063	0.0046	-0.0265	0.0173	0.0064	0.0322	-0.0033	-0.0045	0.0348	0.0024	0.0093	-11.985	29.999	27.941
12	0.056	0.1576	0.012	0.5246	-0.0471	0.116	0.0021	-0.0129	0.0224	0.0347	-0.0305	0.0453	0.0111	-0.0116	0.0284	0.0494	-0.0025	0.0031	0.0497	-0.0053	0.0143	-24.516	27.168	3.753
13	2.3812	1.543	1.8711	2.065	1.0812	1.6662	-0.0496	0.0399	-0.0385	-0.0378	0.0334	0.0146	-0.1147	0.0177	0.0162	0.0504	-0.0084	-0.0077	0.0463	-0.0059	0.0256	-21.393	35.134	0.548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	35 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	47 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	101 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	108 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	126 - 181
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	182 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 10
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	11 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	68 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	90 - 138
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	139 - 210
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	211 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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