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- PDB-9d3y: Crystal structure of the catalytic region of human MASP-2 with sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d3y
タイトルCrystal structure of the catalytic region of human MASP-2 with specific inhibitor Compound S2
要素Mannan-binding lectin serine protease 2 B chain
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / MASP2
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan-binding lectin-associated serine protease-2 / complement component C4b binding / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / complement activation, lectin pathway / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...mannan-binding lectin-associated serine protease-2 / complement component C4b binding / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / complement activation, lectin pathway / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : / Calcium-binding EGF domain / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) ...Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : / Calcium-binding EGF domain / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mannan-binding lectin serine protease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Sawyer, T.K. / Wibowo, A.S. / Carter, J. / Moussa, S.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Small molecule inhibitors of mannan-binding lectin-associated serine Proteases-2 and-3.
著者: Nakhla, M.C. / Comita, J. / Shapiro, A.B. / Moussa, S.H. / Chen, A. / Eyermann, C.J. / O'Donnell, J.P. / Miller, A.A. / Granger, B.A.
履歴
登録2024年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannan-binding lectin serine protease 2 B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3658
ポリマ－35,3661
非ポリマー9997
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.770, 41.050, 102.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Mannan-binding lectin serine protease 2 B chain


分子量: 35365.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MASP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle(DE3) pLysS
参照: UniProt: O00187, mannan-binding lectin-associated serine protease-2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-A1A1Y / (2S)-N-[2-(2-amino-1H-1,3-benzimidazol-5-yl)ethyl]-1-[(2R,4S)-4-phenylpiperidine-2-carbonyl]azetidine-2-carboxamide


分子量: 446.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0 uL of protein (0.62 mg/mL MASP2) was mixed with 1.0 uL of reservoir solution (0.1 M Tris-HCl pH 7.8, 0.16 M NaCl, 31% (w/v) PEG 6000, 10% (v/v) glycerol, and 200 uM Compound S2) and ...詳細: 1.0 uL of protein (0.62 mg/mL MASP2) was mixed with 1.0 uL of reservoir solution (0.1 M Tris-HCl pH 7.8, 0.16 M NaCl, 31% (w/v) PEG 6000, 10% (v/v) glycerol, and 200 uM Compound S2) and equilibrated against reservoir at 20 C. Crystals were cryoprotected in reservoir supplemented with 20% (v/v) glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95355 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95355 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→35.67 Å / Num. obs: 18318 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1555 / Net I/σ(I): 6.44
反射 シェル解像度: 2.08→2.154 Å / Rmerge(I) obs: 1.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1815 / CC1/2: 0.348

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→35.67 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 951 -
Rwork0.2066 17361 -
obs-18312 99.57 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2429 0 69 67 2565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.190.35681370.3122457X-RAY DIFFRACTION99.5
2.19-2.330.30131620.26832423X-RAY DIFFRACTION99.61
2.33-2.510.27941170.24542453X-RAY DIFFRACTION99.5
2.51-2.760.28871190.23342513X-RAY DIFFRACTION99.51
2.76-3.160.27411540.21142456X-RAY DIFFRACTION99.73
3.16-3.980.22171280.1782479X-RAY DIFFRACTION99.43
3.98-35.670.24671340.17972580X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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