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万見
- PDB-9d3g: Cryo-EM structure of CCR6 bound by SQA1 and OXM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d3g
タイトルCryo-EM structure of CCR6 bound by SQA1 and OXM1
要素
  • (anti-BRIL Fab ...) x 3
  • CCR6, Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Antagonist / CCR6 / BRIL
機能・相同性: / CHOLESTEROL / Chem-EBX
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Wasilko, D.J. / Wu, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for CCR6 modulation by allosteric antagonists.
著者: David Jonathan Wasilko / Brian S Gerstenberger / Kathleen A Farley / Wei Li / Jennifer Alley / Mark E Schnute / Ray J Unwalla / Jorge Victorino / Kimberly K Crouse / Ru Ding / Parag V ...著者: David Jonathan Wasilko / Brian S Gerstenberger / Kathleen A Farley / Wei Li / Jennifer Alley / Mark E Schnute / Ray J Unwalla / Jorge Victorino / Kimberly K Crouse / Ru Ding / Parag V Sahasrabudhe / Fabien Vincent / Richard K Frisbie / Alpay Dermenci / Andrew Flick / Chulho Choi / Gary Chinigo / James J Mousseau / John I Trujillo / Philippe Nuhant / Prolay Mondal / Vincent Lombardo / Daniel Lamb / Barbara J Hogan / Gurdeep Singh Minhas / Elena Segala / Christine Oswald / Ian W Windsor / Seungil Han / Mathieu Rappas / Robert M Cooke / Matthew F Calabrese / Gabriel Berstein / Atli Thorarensen / Huixian Wu /
要旨: The CC chemokine receptor 6 (CCR6) is a potential target for chronic inflammatory diseases. Previously, we reported an active CCR6 structure in complex with its cognate chemokine CCL20, revealing the ...The CC chemokine receptor 6 (CCR6) is a potential target for chronic inflammatory diseases. Previously, we reported an active CCR6 structure in complex with its cognate chemokine CCL20, revealing the molecular basis of CCR6 activation. Here, we present two inactive CCR6 structures in ternary complexes with different allosteric antagonists, CCR6/SQA1/OXM1 and CCR6/SQA1/OXM2. The oxomorpholine analogues, OXM1 and OXM2 are highly selective CCR6 antagonists which bind to an extracellular pocket and disrupt the receptor activation network. An energetically favoured U-shaped conformation in solution that resembles the bound form is observed for the active analogues. SQA1 is a squaramide derivative with close-in analogues reported as antagonists of chemokine receptors including CCR6. SQA1 binds to an intracellular pocket which overlaps with the G protein site, stabilizing a closed pocket that is a hallmark of inactive GPCRs. Minimal communication between the two allosteric pockets is observed, in contrast to the prevalent allosteric cooperativity model of GPCRs. This work highlights the versatility of GPCR antagonism by small molecules, complementing previous knowledge of CCR6 activation, and sheds light on drug discovery targeting CCR6.
履歴
登録2024年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR6, Soluble cytochrome b562
H: anti-BRIL Fab Heavy chain
K: anti-BRIL Fab Nanobody
L: anti-BRIL Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7927
ポリマ－124,5544
非ポリマー1,2383
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, SEC, SDS-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CCR6, Soluble cytochrome b562


分子量: 54623.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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抗体 , 3種, 3分子 HKL

#2: 抗体 anti-BRIL Fab Heavy chain


分子量: 28832.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 anti-BRIL Fab Nanobody


分子量: 15755.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 anti-BRIL Fab Light chain


分子量: 25343.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#6: 化合物 ChemComp-EBX / 4-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[(1~{R})-1-(4-propan-2-ylfuran-2-yl)propyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N},~{N}-dimethyl-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide


分子量: 426.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-A1A2A / 1-(4-chlorophenyl)-N-{[(2R)-4-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-5-oxomorpholin-2-yl]methyl}cyclopropane-1-carboxamide


分子量: 424.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25ClN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CCR6-BRIL/Fab/Nb in complex with SQA1 and OXM1 / タイプ: COMPLEX
詳細: CCR6-BRIL/Fab/Nb complex co-purified with SQA1 and OXM1.
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 120 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.003% LMNG, 0.0003% CHS, 50 uM OXM1 and 50 uM of SQA1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: CCR6-BRIL/Fab/Nb complex co-purified with SQA1 and OXM1.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
2EPU3.2画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.4モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
10PHENIX1.20_4459:モデル精密化
11cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1分類
14cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5332464
3次元再構成解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 482484 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047575
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85310302
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1171082
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491168
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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