PDB-9d3f: Water and chloride as allosteric inhibitors in WNK kinase osmosensing

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d3f

タイトル

Water and chloride as allosteric inhibitors in WNK kinase osmosensing

要素

Serine/threonine-protein kinase WNK1

キーワード

TRANSFERASE / WNK1 / kinase / PEG400 / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of mRNA export from nucleus / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / potassium channel inhibitor activity / cellular response to chemokine / potassium ion homeostasis / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / intracellular membraneless organelle / positive regulation of systemic arterial blood pressure / protein kinase activator activity / negative regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatase binding / regulation of sodium ion transport / monoatomic ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of autophagy / cellular response to calcium ion / GABA-ergic synapse / modulation of chemical synaptic transmission / molecular condensate scaffold activity / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / heart development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Akella, R. / Goldsmith, E.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Water and chloride as allosteric inhibitors in WNK kinase osmosensing.
著者: Teixeira, L.R. / Akella, R. / Humphreys, J.M. / He, H. / Goldsmith, E.J.

履歴

登録	2024年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d3f.cif.gz	74.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d3f.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/9d3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/9d3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase WNK1

33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.323, 56.812, 65.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.379, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1 分子量: 33511.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Wnk1, Hsn2, Prkwnk1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.74 % / 解説: plates
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 400mM Potassium formate, 20% PEG3350, crystals soaked in 15% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→42.774 Å / Num. obs: 18236 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / CC_1/2: 0.76 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.7 % / Num. unique obs: 900 / CC_1/2: 0.55 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000	722	データ削減
HKL-3000	722	データスケーリング
MOLREP	8.0.013	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→42.774 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.146 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	939	5.149 %
R_work	0.2044	17297	-
all	0.206	-	-
obs	-	18236	95.828 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.193 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.024 Å²	-0 Å²	0.025 Å²
2-	-	-0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.774 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2135	0	0	145	2280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.284	1.663	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.118	1.578	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.944	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.741	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.678	10	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.751	10	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.249	0.2	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.448	5.174	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.446	5.175	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.577	9.291	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.583	9.292	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.415	5.85	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.413	5.853	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.489	10.461	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.487	10.462	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.366	63.379	9081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.387	63.292	9034

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.283	78	0.258	1202	0.259	1382	0.938	0.954	92.6194	0.201
2.052-2.108	0.268	69	0.22	1267	0.222	1384	0.954	0.97	96.5318	0.189
2.108-2.169	0.223	71	0.211	1188	0.211	1306	0.956	0.973	96.4012	0.186
2.169-2.235	0.256	66	0.194	1168	0.197	1283	0.954	0.977	96.1808	0.178
2.235-2.309	0.25	48	0.196	1153	0.198	1249	0.967	0.976	96.1569	0.18
2.309-2.389	0.227	70	0.184	1098	0.186	1216	0.967	0.978	96.0526	0.168
2.389-2.479	0.237	64	0.171	1053	0.174	1156	0.968	0.981	96.6263	0.161
2.479-2.58	0.183	38	0.171	1035	0.172	1128	0.98	0.982	95.1241	0.163
2.58-2.694	0.251	64	0.183	962	0.187	1072	0.964	0.98	95.709	0.175
2.694-2.825	0.223	42	0.187	953	0.188	1027	0.966	0.98	96.8841	0.19
2.825-2.977	0.2	42	0.197	927	0.197	1004	0.975	0.978	96.5139	0.202
2.977-3.157	0.279	42	0.187	855	0.191	922	0.959	0.979	97.2885	0.195
3.157-3.374	0.286	39	0.205	786	0.209	858	0.942	0.972	96.1538	0.216
3.374-3.642	0.262	49	0.203	733	0.207	828	0.96	0.973	94.4444	0.218
3.642-3.987	0.179	31	0.186	666	0.186	746	0.982	0.978	93.4316	0.206
3.987-4.453	0.179	35	0.178	633	0.178	680	0.975	0.98	98.2353	0.198
4.453-5.132	0.21	33	0.194	561	0.195	613	0.975	0.976	96.9005	0.221
5.132-6.263	0.316	26	0.258	472	0.262	521	0.939	0.961	95.5854	0.298
6.263-8.764	0.307	13	0.248	361	0.25	402	0.96	0.962	93.0348	0.301
8.764-42.774	0.216	19	0.27	218	0.265	246	0.976	0.96	96.3415	0.347

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関連情報:EMDBヘッダ

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