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- PDB-9d2x: SpiD ETS-domain (168-273) in complex with the DNA sequence d(AATA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2x
タイトルSpiD ETS-domain (168-273) in complex with the DNA sequence d(AATAAAAGGAAGTGGG)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
  • SpiD
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / protein-DNA complex / ETS family / ETS / PU.1 / TRANSCRIPTION-DNA complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / SpiD
類似検索 - 構成要素
生物種Raja eglanteria (エイ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Terrell, J.R. / Vernon, T.N. / Poon, G.M.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL155178 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2028902 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137160 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The Structure of the DNA-binding Domain of the Class III ETS-Family Member SpiD from Raja eglanteria
著者: Terrell, J.R. / Vernon, T.N. / Poon, G.M.K.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
F: SpiD
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
E: SpiD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6327
ポリマ－45,3946
非ポリマー2381
水79344
1
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
F: SpiD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6973
ポリマ－22,6973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
E: SpiD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9354
ポリマ－22,6973
非ポリマー2381
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.934, 42.939, 62.534
Angle α, β, γ (deg.)79.209, 81.529, 76.185
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2(chain "B" and resid 17 through 32)
d_2ens_2chain "D"
d_1ens_3(chain "E" and (resid 169 through 180 or (resid 181...
d_2ens_3(chain "F" and (resid 169 through 185 or (resid 186...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1DADADGDGAD1 - 81 - 8
d_2ens_1DADADGDGCA1 - 81 - 8
d_1ens_2DTDTDTDTBE171
d_2ens_2DTDTDTDTDB171
d_1ens_3LYSLYSLEULEUEF169 - 2566 - 93
d_2ens_3LYSLYSLEULEUFC169 - 2566 - 93

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.15956437626, 0.622034393903, -0.766558818768), (0.355121249336, -0.760693791631, -0.543354261641), (-0.921101573171, -0.185521341564, -0.342277261479)-8.18748546142, -26.4908540132, -23.2481550824
2given(0.0988348481796, 0.564859708768, -0.819246716317), (0.41238473029, -0.772505204921, -0.482881499535), (-0.905632655666, -0.290119316454, -0.309289953298)-11.3282384599, -24.0660363556, -24.4943069345
3given(0.169100904478, 0.561754631147, -0.809837402501), (0.492887326731, -0.759744392348, -0.424087893536), (-0.853502763471, -0.32744494603, -0.405355202342)-10.7812637001, -21.6799277134, -28.2596442761

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5044.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4750.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 SpiD


分子量: 12902.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Raja eglanteria (エイ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DEW5
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Looped directly from Index HT (Hampton Research) condition F12 from a robot screen - 200 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH=7.5, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920119 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射モノクロメーター: vertical DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→32.35 Å / Num. obs: 15141 / % possible obs: 91.92 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 45.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03905 / Rpim(I) all: 0.03905 / Rrim(I) all: 0.05522 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 2.29→2.372 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3318 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 1543 / CC1/2: 0.854 / CC star: 0.96 / Rpim(I) all: 0.3318 / Rrim(I) all: 0.4692 / % possible all: 93.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→32.35 Å / SU ML: 0.3536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.3408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 1509 10.01 %
Rwork0.2207 13568 -
obs0.2256 15077 91.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→32.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 1300 15 44 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01242973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86294257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0403453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.93011214
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.1516198759
ens_2d_2EBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.56303375668
ens_3d_2FEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.26091830806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.360.32151400.29521258X-RAY DIFFRACTION93.32
2.36-2.450.34891400.29551260X-RAY DIFFRACTION93.9
2.45-2.550.36181390.29221246X-RAY DIFFRACTION93.64
2.55-2.660.35371420.30041281X-RAY DIFFRACTION94.87
2.66-2.80.36681410.29961264X-RAY DIFFRACTION95.06
2.8-2.980.36541400.29451267X-RAY DIFFRACTION94.18
2.98-3.210.30441340.26851216X-RAY DIFFRACTION91.65
3.21-3.530.27661350.21651201X-RAY DIFFRACTION89.07
3.53-4.040.25621340.20281192X-RAY DIFFRACTION88.7
4.04-5.090.20581300.17761182X-RAY DIFFRACTION87.99
5.09-32.350.211340.16151201X-RAY DIFFRACTION89.18
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.606883705746 Å / Origin y: -7.04124576259 Å / Origin z: -19.2550655523 Å
111213212223313233
T0.23363447757 Å20.0300172609498 Å20.0261013849355 Å2-0.37867631175 Å20.0698817617099 Å2--0.359687160284 Å2
L0.900850931302 °20.915057934445 °20.316708008484 °2-1.57101625049 °20.799920548882 °2--1.59086843457 °2
S-0.0344619681392 Å °-0.00997905148723 Å °0.0097233075956 Å °0.012757883136 Å °0.00996969258663 Å °0.056463288133 Å °0.0149226771277 Å °0.0781758867125 Å °0.0386946911202 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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