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- PDB-9d2t: Crystal structure of S. aureus Threonine deaminase regulatory domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2t
タイトルCrystal structure of S. aureus Threonine deaminase regulatory domain
要素L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
キーワードLYASE / Staphylococcus aureus / threonine dehydratase / IlvA / isoleucine / branched-chain amino acids / regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / threonine metabolic process / L-serine ammonia-lyase activity / L-threonine catabolic process / L-serine catabolic process / isoleucine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rock, C.O. / Yun, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM034496 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Isoleucine Binding and Regulation of Escherichia coli and Staphylococcus aureus Threonine Dehydratase (IlvA).
著者: Yun, M.K. / Subramanian, C. / Miller, K. / Jackson, P. / Radka, C.D. / Rock, C.O.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
B: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
C: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
D: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
E: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
F: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
H: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
G: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2498
ポリマ－99,2498
非ポリマー00
水25214
1
A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
B: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
C: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
D: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6244
ポリマ－49,6244
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
2
E: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
F: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
H: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
G: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6244
ポリマ－49,6244
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.921, 88.921, 213.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA / Threonine deaminase


分子量: 12406.063 Da / 分子数: 8 / 断片: Regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: ilvA, SAUSA300_2014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FF63, threonine ammonia-lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: CAPSO, ammonium sulfate, sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.5 Å / Num. obs: 20172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1410 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→44.46 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 322.28 / 位相誤差: 35.9495 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1002 4.98 %
Rwork0.192 19116 -
obs0.1938 20118 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5415 0 0 14 5429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4277471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003974
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.03873329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.960.36281490.30242706X-RAY DIFFRACTION94.15
2.96-3.140.32751420.27862710X-RAY DIFFRACTION94.95
3.14-3.380.26671440.24872735X-RAY DIFFRACTION94.97
3.38-3.720.24411400.22972713X-RAY DIFFRACTION94.79
3.72-4.260.26291420.19322728X-RAY DIFFRACTION94.76
4.26-5.360.20971390.15742737X-RAY DIFFRACTION94.97
5.36-30.160.21051460.16282746X-RAY DIFFRACTION94.72
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.84608598 Å / Origin y: -3.31062466305 Å / Origin z: 38.5782177711 Å
111213212223313233
T0.684096735898 Å2-0.0145007898475 Å2-0.0869413938562 Å2-0.711307061022 Å20.0369361183718 Å2--0.420983541304 Å2
L0.126689448635 °20.118943813314 °2-0.299970263761 °2-0.80335232752 °2-0.334201760813 °2--0.729072717981 °2
S0.00887590417027 Å °-0.0289012885066 Å °0.0087991047775 Å °0.072194627892 Å °0.0040292290762 Å °-0.031491653837 Å °-0.13364996047 Å °0.265297619652 Å °-0.00182819785763 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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