PDB-9d2r: Crystal structure of E. coli Threonine dehydratase regulatory dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d2r

タイトル

Crystal structure of E. coli Threonine dehydratase regulatory domain in complex with isoleucine

要素

L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA

キーワード

LYASE / Escherichia coli / threonine dehydratase / IlvA / isoleucine / branched-chain amino acids / regulation / allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / threonine metabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid binding / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Rock, C.O. / Yun, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Isoleucine Binding and Regulation of Escherichia coli and Staphylococcus aureus Threonine Dehydratase (IlvA).
著者: Yun, M.K. / Subramanian, C. / Miller, K. / Jackson, P. / Radka, C.D. / Rock, C.O.

履歴

登録	2024年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb9d2r.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9d2r_validation.pdf.gz	766.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d2r_full_validation.pdf.gz	766.5 KB	表示
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CIF形式データ	9d2r_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/9d2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/9d2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d2qC 9d2sC 9d2tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA

ヘテロ分子

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA

ヘテロ分子

A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.357, 99.357, 50.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-807- HOH
2	1	A-847- HOH

#1: タンパク質	L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA / Threonine deaminase 分子量: 22791.521 Da / 分子数: 1 / 断片: Regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ilvA, b3772, JW3745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04968, threonine ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium acetate, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→28.68 Å / Num. obs: 37700 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.8 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2684 / CC_1/2: 0.787

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→28.68 Å / SU ML: 0.1473 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.0624 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1663	1897	5.03 %
R_work	0.153	35782	-
obs	0.1537	37679	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1442	0	43	198	1683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0129	1527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1561	2056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0815	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	272
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.835	894

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2651	132	0.2446	2465	X-RAY DIFFRACTION	97.05
1.64-1.69	0.245	136	0.2089	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2261	134	0.1825	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.73-1.79	0.174	133	0.17	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.2084	134	0.1647	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.93	0.2018	130	0.1656	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.02	0.1726	135	0.1541	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.1626	136	0.149	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.26	0.1949	134	0.1565	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.1664	139	0.1531	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.67	0.1711	135	0.156	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-3.06	0.1773	138	0.1487	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.85	0.1395	136	0.1355	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-28.68	0.1438	145	0.1482	2678	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.68194135484	0.148816113786	-0.277443625017	3.17292885602	0.818958989754	2.30680393978	0.0565788065463	0.0376258987598	-0.111986927928	0.039805743919	0.0324305811564	0.0139863755554	0.101488206778	-0.0386226283792	-0.0737600253856	0.134928390773	-0.00845226580375	-0.0118071565855	0.125383862885	0.0197694474483	0.124488165536	-38.816	35.274	-8.222
2	2.15605441195	-0.200202663798	-0.223123560777	3.00377521247	2.88449905669	2.76680406764	0.0417195978604	0.159185863816	-0.13714539755	-0.054682712717	0.060815491591	-0.0025483452377	0.083936679363	-0.0686577319571	-0.101577118871	0.172412495312	-0.00948650085084	-0.012072807698	0.198458944293	0.0244674371146	0.161877600069	-38.989	32.506	-14.711
3	2.01118797967	0.515796074573	-0.283300767936	1.07402400663	-0.297671778272	1.23796194691	0.0831751284173	-0.11593908925	-0.0768953695307	0.128563047186	-0.0412951679723	0.00716494164807	0.003220923239	-0.0288534946123	-0.0379335386146	0.172432646695	-0.0112298064924	-0.00601407544048	0.164222180809	0.0038287952202	0.181934647842	-34.308	39.333	-3.604
4	3.77112995358	1.35697180657	1.06851201617	1.69008715875	-2.24279412833	6.01997786923	0.221847371736	-0.0631727747556	-0.676023878945	-0.20505613993	-0.149536995492	-0.18421752627	0.625330294967	0.491385082359	-0.0620013387857	0.226665208251	-0.0226253672662	-0.0141144314601	0.217113129166	0.0195322986091	0.254729340112	-30.454	34.85	2.241
5	6.18455667513	-3.07110727261	-0.376907833832	5.51544930647	1.97445646379	1.05556752622	0.153180020953	-1.11666106357	0.154316515667	1.3955326653	0.0329965515091	0.0273446652975	-0.209930880218	0.275579542962	-0.209281258121	0.550330860132	-0.11592646132	0.0813637640432	0.613917304837	-0.0635981982428	0.234000912242	-39.542	42.747	14.197
6	8.53677244896	8.08438448326	-2.81532169375	8.40080372642	-3.22238152771	3.61699077352	0.578356191248	-0.872238964222	-0.334464645983	0.795466379389	-0.492266140256	-0.380726593949	0.0398477225496	0.17434464238	-0.0396899693323	0.309614250462	-0.0806825875042	-0.0463522695745	0.351641370145	0.0220285947092	0.201339800085	-30.296	39.914	10.991
7	8.64443896433	-0.73280546967	4.31747544808	4.26658833363	-3.90507329817	5.13418821375	0.0200754632936	-0.663743253416	0.546010794025	0.406745695167	0.0406597120667	0.219608019823	-0.619123712149	-0.0910114706597	-0.129435864773	0.217073504334	-0.0336498800069	0.0259447910313	0.198459113383	-0.0490288909083	0.19015389342	-24.686	51.307	1.476
8	4.29660421841	-1.8178781015	-2.46255569519	2.00004317892	-0.520878171819	8.15291898432	-0.121706774473	0.182499082456	2.07991551868	0.0469771055252	1.63286877215	0.40729921235	0.79731243353	-0.63296147943	-1.98666320576	0.181370846867	-0.00950912192787	0.0297685981061	0.196291429798	0.00873484059304	0.208109160735	-42.587	43.039	-2.652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 335:370 )	A	335 - 370
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 371:401 )	A	371 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 402:466 )	A	402 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 467:480 )	A	467 - 480
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 481:494 )	A	481 - 494
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 495:505 )	A	495 - 505
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 506:514 )	A	506 - 514
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 601:601 )	A	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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