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万見
- PDB-9d2q: Crystal structure of E. coli Threonine dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2q
タイトルCrystal structure of E. coli Threonine dehydratase
要素L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
キーワードLYASE / Escherichia coli / threonine dehydratase / IlvA / isoleucine / branched-chain amino acids / regulation / allostery / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / threonine metabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid binding / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Yun, M. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM034496 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Isoleucine binding and regulation of Escherichia coli and Staphylococcus aureus threonine dehydratase (IlvA).
著者: Yun, M.D. / Subramanian, C. / Miller, K. / Jackson, P. / Radka, C.D. / Rock, C.O.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1966
ポリマ－58,5311
非ポリマー6655
水4,107228
1
A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
ヘテロ分子

A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
ヘテロ分子

A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
ヘテロ分子

A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,78424
ポリマ－234,1254
非ポリマー2,65920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.018, 93.099, 161.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-907-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA / Threonine deaminase


分子量: 58531.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN LYS 62 AND PLP / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ilvA, b3772, JW3745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04968, threonine ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, magnesium chloride, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→60.68 Å / Num. obs: 50171 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 36.32 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 3.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2340 / CC1/2: 0.719

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→60.68 Å / SU ML: 0.2166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.0098 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 2000 3.99 %
Rwork0.1758 48144 -
obs0.1769 50144 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→60.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3796 0 58 228 4082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79695299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.352343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.920.33681410.31293398X-RAY DIFFRACTION99.92
1.92-1.970.30651400.2843360X-RAY DIFFRACTION99.91
1.97-2.030.26571430.24473451X-RAY DIFFRACTION99.94
2.03-2.090.25381400.22023360X-RAY DIFFRACTION99.91
2.09-2.170.27451420.20513419X-RAY DIFFRACTION99.94
2.17-2.250.24421420.19833428X-RAY DIFFRACTION99.97
2.25-2.360.21321420.18873417X-RAY DIFFRACTION99.92
2.36-2.480.2481420.18573409X-RAY DIFFRACTION99.97
2.48-2.640.21931410.18223402X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.840.25111440.18263456X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.120.19831430.18093445X-RAY DIFFRACTION99.94
3.12-3.580.19141430.16663466X-RAY DIFFRACTION99.92
3.58-4.510.15651460.14273503X-RAY DIFFRACTION100
4.51-60.680.17921510.16623630X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.727062890804-0.2430106310320.1610032571292.32052769311-0.1340768296441.34065028410.0393574387616-0.0465121854954-0.02477847265140.077160079597-0.006038766223890.0531590603122-0.0917115815082-0.0654546001314-0.02668908485640.266748780064-0.007252971120730.03563227654970.314459302315-0.02443111430.245411341193-16.75068961897.2531427465519.4718646508
23.79101646831.03218377186-0.2052335407222.550650428380.4234142241960.852591914863-0.20730331958-0.107016024608-0.5030085294680.08150594798330.0873865372538-0.2068961093090.2438729434810.03618882290130.1161398508890.5122612046220.03362908458190.03626607165680.3103280624660.04424795536530.3469691658197.19026480952-9.581126471355.5195303561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 334 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 335 through 514 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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