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万見
- PDB-9d2h: Stigmatella aurantica bacteriophytochrome protein 2 (SaBphP2), ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2h
タイトルStigmatella aurantica bacteriophytochrome protein 2 (SaBphP2), photosensory core module, investigated at ESRF(EBS) ID29. Dark Structure.
要素histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoreceptor Kinase / Myxobacterial Phytochrome / Photosensory Core Module.
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / BILIVERDINE IX ALPHA / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmidt, M. / Malla, T.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2423601 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Exploiting fourth-generation synchrotron radiation for enzyme and photoreceptor characterization.
著者: Malla, T.N. / Muniyappan, S. / Menendez, D. / Ogukwe, F. / Dale, A.N. / Clayton, J.D. / Weatherall, D.D. / Karki, P. / Dangi, S. / Mandella, V. / Pacheco, A.A. / Stojkovic, E.A. / Rose, S.L. ...著者: Malla, T.N. / Muniyappan, S. / Menendez, D. / Ogukwe, F. / Dale, A.N. / Clayton, J.D. / Weatherall, D.D. / Karki, P. / Dangi, S. / Mandella, V. / Pacheco, A.A. / Stojkovic, E.A. / Rose, S.L. / Orlans, J. / Basu, S. / de Sanctis, D. / Schmidt, M.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
B: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9305
ポリマ－105,6452
非ポリマー1,2853
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area42040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.690, 83.400, 86.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 52822.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
遺伝子: STIAU_8420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09E27, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 5.6
詳細: 0.085 M Na-citrate, 25.5 % PEG 4000, 15 % glycerol, 3% benzamidine hydrochloride, pH 5.6. 2:3 protein/precipitant ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月12日
放射モノクロメーター: multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→119 Å / Num. obs: 50696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 486 % / Biso Wilson estimate: 37.02 Å2 / CC1/2: 0.99 / R split: 0.096 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 3314 / CC1/2: 0.64 / R split: 9.9
Serial crystallography measurementSource size: 8 µm2
Serial crystallography sample delivery解説: chip / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: chip scanning / Sample holding: mylar
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 252933 / Lattices indexed: 83498

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→58.76 Å / SU ML: 0.4815 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 33.513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 2447 4.83 %
Rwork0.1922 48247 -
obs0.1954 50694 76.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→58.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 95 381 7796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01157593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.080510362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01641363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.22882812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.4756990.44591954X-RAY DIFFRACTION52.45
2.14-2.190.4185860.41361863X-RAY DIFFRACTION50.1
2.19-2.240.426940.38352061X-RAY DIFFRACTION55.51
2.24-2.30.36741350.35652013X-RAY DIFFRACTION55.45
2.3-2.360.40261170.32962182X-RAY DIFFRACTION59.13
2.36-2.430.35341280.30892372X-RAY DIFFRACTION64.32
2.43-2.510.34331350.2912514X-RAY DIFFRACTION67.71
2.51-2.60.35831390.27222645X-RAY DIFFRACTION71.22
2.6-2.70.38461320.24962727X-RAY DIFFRACTION73.48
2.7-2.820.31951470.23872972X-RAY DIFFRACTION79.69
2.82-2.970.29111380.21643152X-RAY DIFFRACTION84.08
2.97-3.160.29891810.20393366X-RAY DIFFRACTION90.95
3.16-3.40.24851860.18433530X-RAY DIFFRACTION94.97
3.4-3.740.26111820.16223630X-RAY DIFFRACTION96.85
3.74-4.290.2151750.13893704X-RAY DIFFRACTION98.93
4.29-5.40.18321800.13823760X-RAY DIFFRACTION99.34
5.4-58.760.21831930.15533802X-RAY DIFFRACTION99.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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